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- PDB-4qx1: Cry3A Toxin structure obtained by Serial Femtosecond Crystallogra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qx1
タイトルCry3A Toxin structure obtained by Serial Femtosecond Crystallography from in vivo grown crystals isolated from Bacillus thuringiensis and data processed with the CrystFEL software suite
要素Pesticidal crystal protein cry3Aa
キーワードTOXIN / in vivo crystals / microcrystals / serial femtosecond crystallography / SFX / LCLS / X-ray Free-electron laser / insecticidal toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily ...Pesticidal crystal protein, central domain / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain / Pesticidal crystal protein, central domain / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein, central domain superfamily / Pesticidal crystal protein, C-terminal / delta endotoxin / Pesticidal crystal protein / Pesticidal crystal protein, N-terminal / Pesticidal crystal protein, N-terminal domain superfamily / delta endotoxin, N-terminal domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Delta-Endotoxin; domain 1 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pesticidal crystal protein Cry3Aa
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis serovar tenebrionis (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Gingery, M. / Rodriguez, J. / Goldschmidt, L. / Colletier, J.-P. / Messerschmidt, M. / Boutet, S. / Koglin, J.E. / Williams, G.J. ...Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Gingery, M. / Rodriguez, J. / Goldschmidt, L. / Colletier, J.-P. / Messerschmidt, M. / Boutet, S. / Koglin, J.E. / Williams, G.J. / Brewster, A.S. / Nass, K. / Hattne, J. / Botha, S. / Doak, R.B. / Shoeman, R.L. / DePonte, D.P. / Park, H.-W. / Federici, B.A. / Sauter, N.K. / Schlichting, I. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Protein crystal structure obtained at 2.9 angstrom resolution from injecting bacterial cells into an X-ray free-electron laser beam.
著者: Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Gingery, M. / Rodriguez, J. / Goldschmidt, L. / Colletier, J.P. / Messerschmidt, M.M. / Boutet, S. / Koglin, J.E. / Williams, G.J. / Brewster, A.S. / Nass, K. / ...著者: Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Gingery, M. / Rodriguez, J. / Goldschmidt, L. / Colletier, J.P. / Messerschmidt, M.M. / Boutet, S. / Koglin, J.E. / Williams, G.J. / Brewster, A.S. / Nass, K. / Hattne, J. / Botha, S. / Doak, R.B. / Shoeman, R.L. / DePonte, D.P. / Park, H.W. / Federici, B.A. / Sauter, N.K. / Schlichting, I. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2014年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32018年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pesticidal crystal protein cry3Aa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6021
ポリマ－66,6021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.100, 135.400, 105.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Pesticidal crystal protein cry3Aa / 73 kDa crystal protein / Crystaline entomocidal protoxin / Insecticidal delta-endotoxin CryIIIA(a) ...73 kDa crystal protein / Crystaline entomocidal protoxin / Insecticidal delta-endotoxin CryIIIA(a) / delta endotoxin Cry3A


分子量: 66602.039 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 58-644 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar tenebrionis (バクテリア)
株: tenebrionis / 遺伝子: bt13, cry3A, cry3Aa, cryC, cryIIIa, cryIIIA(a) / プラスミド: pPFT3As
発現宿主: Bacillus thuringiensis subsp. israelensis (バクテリア)
株 (発現宿主): 4Q7 / 参照: UniProt: P0A379

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.88 %
結晶化温度: 303 K / 手法: in vivo crystallization
詳細: Cry3A crystallized within the bacterial cell, IN VIVO CRYSTALLIZATION, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.456 Å
検出器タイプ: Cornell-SLAC Pixel Array Detector (CSPAD) / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月11日
放射モノクロメーター: no monochromator, FEL beam with 20-30 eV bandwidth
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.456 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→88.6 Å / Num. all: 21038 / Num. obs: 21038 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1128 % / Biso Wilson estimate: 80.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 691.5 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1DLC

1dlc


解像度: 2.8→44.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9466 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9377 / SU R Cruickshank DPI: 0.695 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.624 / SU Rfree Blow DPI: 0.252 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.26 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1973 1038 4.94 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.179 21030 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 75.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.0141 Å20 Å20 Å2
2--7.6603 Å20 Å2
3----20.6744 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4659 0 0 0 4659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014782HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.026511HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1612SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes124HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes694HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4782HARMONIC50
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.75
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion618SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5229SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.94 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2639 145 5.25 %
Rwork0.2583 2619 -
all0.2586 2764 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.3377 Å / Origin y: 42.6468 Å / Origin z: 46.8855 Å
111213212223313233
T-0.1141 Å2-0.0035 Å20.0753 Å2--0.1241 Å2-0.0523 Å2---0.0403 Å2
L2.4573 °20.6997 °20.764 °2-0.9343 °20.1992 °2--0.5133 °2
S-0.0661 Å °0.1493 Å °-0.7256 Å °-0.0824 Å °0.249 Å °-0.2124 Å °-0.0328 Å °-0.0087 Å °-0.1829 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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