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- PDB-4qwp: co-crystal structure of chitosanase OU01 with substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qwp
タイトルco-crystal structure of chitosanase OU01 with substrate
要素Chitosanase
キーワードHYDROLASE / chitosan / glycoside hydrolase / Chitosanase OU01 / chito-oligomer / hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


chitosanase / chitosanase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitosanase; Chain A, domain 2 / Chitosanase, subunit A, domain 2 / Chitosanases families 46 and 80 active sites signature. / Chitosanase, subunit A; domain 1 / Chitosanase, subunit A, domain 1 / Glycoside hydrolase, family 46, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 46 / Glycoside hydrolase, family 46 / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle ...Chitosanase; Chain A, domain 2 / Chitosanase, subunit A, domain 2 / Chitosanases families 46 and 80 active sites signature. / Chitosanase, subunit A; domain 1 / Chitosanase, subunit A, domain 1 / Glycoside hydrolase, family 46, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 46 / Glycoside hydrolase, family 46 / Lysozyme-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chitosanase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. A-01 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lyu, Q. / Liu, W. / Han, B.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: Structural and biochemical insights into the degradation mechanism of chitosan by chitosanase OU01.
著者: Lyu, Q. / Shi, Y. / Wang, S. / Yang, Y. / Han, B. / Liu, W. / Jones, D.N. / Liu, W.
履歴
登録2014年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitosanase
B: Chitosanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1198
ポリマ－53,1232
非ポリマー1,9966
水6,539363
1
A: Chitosanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4634
ポリマ－26,5621
非ポリマー9013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chitosanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6574
ポリマ－26,5621
非ポリマー1,0953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.235, 40.885, 105.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chitosanase


分子量: 26561.664 Da / 分子数: 2 / 断片: chitosanase OU01 / 変異: Asp43Ala / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. A-01 (バクテリア)
株: Microbacterium sp. / 遺伝子: chitosanase OU01 / プラスミド: pGEX6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q8KZM5, chitosanase

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糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 340.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNb1-4DGlcpNb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*N]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpN]{[(4+1)][b-D-GlcpN]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2- ...2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 501.483 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNb1-4DGlcpNb1-4DGlcpNb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*N]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpN]{[(4+1)][b-D-GlcpN]{[(4+1)][b-D-GlcpN]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 365分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CRYSTALLIZED SEQUENCE REFERS TO CHITOSANASE OU01 DERIVED FROM THE MICROBACTERIUM SP. OU01 WITH ...THE CRYSTALLIZED SEQUENCE REFERS TO CHITOSANASE OU01 DERIVED FROM THE MICROBACTERIUM SP. OU01 WITH GENBANK ACCESSION: ABM91442. THE CORRECT SEQUENCE DESCRIPTION IS INDICATED IN THE MANUSCRIPT AS BELOW(LYQ. ET. AL., BIOCHEMICAL JOURNAL,. 461(2):335-45). THE AMINO ACID SEQUENCE ENCODED BY THE CLONED CHITOSANASE OU01 GENE HAD THREE DIFFERENT RESIDUES. (COMPARED TO THE PREVIOUS SUBMITTED CHITOSANASE OU01 SEQUENCE (GENBANK ACCESSION: ABM91442), RESIDUES IN POSITION 68, 91 AND 237 ARE TYR, ASP AND TYR, RESPECTIVELY, HOWEVER, IN THIS STUDY, THE CORRESPONDING RESIDUES ARE HIS, GLY AND PHE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 290 K
詳細: 0.05 M KH2PO4, 23% PEG 8000 using 0.7 M NaCl as the reservoir, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97869
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 53026 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4OLT

4olt


解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.492 / SU ML: 0.059 / Isotropic thermal model: 0.2047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 2765 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.168 51607 96.9 %-
all-53832 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å2-0.06 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3598 0 132 363 4093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193922
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.941.9785339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3755494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.55324.472199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.01115547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8311527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1951.2071950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7441.7982452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3071.4941972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.89211.5686511
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 195 -
Rwork0.203 3411 -
obs--88.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1894-0.0796-1.09950.86850.77593.35440.04610.0208-0.0694-0.00790.02780.00470.1477-0.0742-0.0740.0612-0.0106-0.01130.0241-0.0160.042245.329-6.09362.642
20.9568-0.4316-0.4411.25420.63820.7140.04650.2077-0.0075-0.0278-0.07530.02430.0239-0.1770.02870.0151-0.01870.01070.1266-0.02340.017424.5823.79564.296
35.24292.4039-1.08813.0455-0.38882.9731-0.09760.1181-0.04420.0357-0.06250.08710.2581-0.22580.160.0462-0.03780.00770.1079-0.05390.05428.386-5.60558.173
40.854-0.29480.06240.56540.37561.46820.02750.06370.0341-0.05250.0002-0.0395-0.1242-0.0125-0.02760.0532-0.00680.01250.0299-00.026148.1988.07957.97
53.9702-1.8309-2.91550.89241.27533.9685-0.0015-0.03460.1460.02680.0495-0.1006-0.12110.0368-0.0480.0549-0.0083-0.01120.04-0.02740.034553.39810.77566.465
61.6813-1.0339-1.15851.31551.0132.064-0.0532-0.08470.03680.04950.1081-0.03930.09170.1575-0.05490.04720.005-0.02350.0327-0.01980.025754.4520.42869.15
71.9459-1.2274-1.2833.87272.61153.9536-0.1081-0.1525-0.22350.26370.1155-0.06120.32440.0591-0.00740.09160.0033-0.02390.01480.02290.064349.577-8.09172.099
81.3633-1.1003-0.76931.19250.99692.14540.0033-0.0309-0.03670.05360.0486-0.0305-0.00770.0644-0.05190.0539-0.0082-0.00510.0064-0.00260.05163.7816.59194.299
91.56320.281-0.52510.4835-0.34071.55150.0303-0.02830.11960.04370.0074-0.0161-0.02550.102-0.03780.0148-0.00320.01170.0314-0.03290.053384.28612.11887.301
103.9588-2.5860.97515.6064-2.38773.54890.0297-0.06520.03830.132-0.1038-0.04460.23020.14980.0740.04040.00120.00610.0513-0.02160.027481.4837.23298.263
111.0683-0.22710.05620.4750.25740.6959-0.0160.02950.0262-0.06830.0314-0.0135-0.15140.018-0.01550.0817-0.00440.0010.0043-0.00110.043861.79320.89290.135
122.39630.0099-0.97041.38711.25062.1561-0.13540.1452-0.0617-0.1886-0.00890.1062-0.16-0.1160.14440.08020.0089-0.02280.03190.00860.032952.04719.91884.14
134.8211.1096-6.07194.36730.51788.55-0.1316-0.16050.09950.13610.22560.0550.2710.3084-0.0940.102-0.04470.0190.0767-0.01460.059265.49315.82873.143
141.01530.0391-0.14390.52950.45451.0594-0.03480.0875-0.0686-0.0131-0.01040.03890.0135-0.09790.04530.0505-0.0082-0.01090.017-0.00340.03155.9984.83386.594
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2A32 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3A109 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4A121 - 177
5X-RAY DIFFRACTION5A178 - 203
6X-RAY DIFFRACTION6A204 - 224
7X-RAY DIFFRACTION7A225 - 240
8X-RAY DIFFRACTION8B5 - 31
9X-RAY DIFFRACTION9B32 - 108
10X-RAY DIFFRACTION10B109 - 117
11X-RAY DIFFRACTION11B118 - 177
12X-RAY DIFFRACTION12B178 - 196
13X-RAY DIFFRACTION13B197 - 203
14X-RAY DIFFRACTION14B204 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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