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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4qw0 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | yCP beta5-A49T-A50V-double mutant in complex with bortezomib | ||||||
 Components | 
  | ||||||
 Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Cancer / Proteasome / Bortezomib / Drug Resistance / Binding Analysis / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
| Function / homology |  Function and homology informationproteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / proteasome endopeptidase complex / endopeptidase activator activity / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome assembly / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol Similarity search - Function  | ||||||
| Biological species | ![]()  | ||||||
| Method |  X-RAY DIFFRACTION /  SYNCHROTRON /  MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å  | ||||||
 Authors | Huber, E.M. / Heinemeyer, W. / Groll, M. | ||||||
 Citation |  Journal: Structure / Year: 2015Title: Bortezomib-Resistant Mutant Proteasomes: Structural and Biochemical Evaluation with Carfilzomib and ONX 0914. Authors: Huber, E.M. / Heinemeyer, W. / Groll, M.  | ||||||
| History | 
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule:  Molmil Jmol/JSmol | 
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| PDBx/mmCIF format |  4qw0.cif.gz | 2.4 MB | Display |  PDBx/mmCIF format | 
|---|---|---|---|---|
| PDB format |  pdb4qw0.ent.gz | 2 MB | Display |  PDB format | 
| PDBx/mmJSON format |  4qw0.json.gz | Tree view |  PDBx/mmJSON format | |
| Others |  Other downloads | 
-Validation report
| Summary document |  4qw0_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display |  wwPDB validaton report | 
|---|---|---|---|---|
| Full document |  4qw0_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
| Data in XML |  4qw0_validation.xml.gz | 197.2 KB | Display | |
| Data in CIF |  4qw0_validation.cif.gz | 269.5 KB | Display | |
| Arichive directory |  https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/4qw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/4qw0 | HTTPS FTP  | 
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4quxC ![]() 4quyC ![]() 4qv0C ![]() 4qv1C ![]() 4qv3C ![]() 4qv4C ![]() 4qv5C ![]() 4qv6C ![]() 4qv7C ![]() 4qv8C ![]() 4qv9C ![]() 4qvlC ![]() 4qvmC ![]() 4qvnC ![]() 4qvpC ![]() 4qvqC ![]() 4qvvC ![]() 4qvwC ![]() 4qvyC ![]() 4qw1C ![]() 4qw3C ![]() 4qw4C ![]() 4qw5C ![]() 4qw6C ![]() 4qw7C ![]() 4qwfC ![]() 4qwgC ![]() 4qwiC ![]() 4qwjC ![]() 4qwkC ![]() 4qwlC ![]() 4qwrC ![]() 4qwsC ![]() 4qwuC ![]() 4qwxC ![]() 4qxjC ![]() 4qz0C ![]() 4qz1C ![]() 4qz2C ![]() 4qz3C ![]() 4qz4C ![]() 4qz5C ![]() 4qz6C ![]() 4qz7C ![]() 4qzwC ![]() 4qzxC ![]() 4qzzC ![]() 4r00C ![]() 1rypS C: citing same article ( S: Starting model for refinement  | 
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| Similar structure data | 
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]() 
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 
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| Unit cell | 
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: 
  | ||||||||||||
| Details | AU contains one biological assembly. | 
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Components
-Proteasome subunit alpha type- ... , 6 types, 12 molecules AOBPCQDRESGU           
| #1: Protein | Mass: 27191.828 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A49, A50V / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)  ![]() References: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #2: Protein | Mass: 28748.230 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)  ![]() References: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #3: Protein | Mass: 28478.111 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)  ![]() References: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #4: Protein | Mass: 28649.086 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)  ![]() References: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #5: Protein | Mass: 25634.000 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)  ![]() References: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex #7: Protein | Mass: 28033.830 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)  ![]() References: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex  | 
|---|
-Protein , 1 types, 2 molecules FT 
| #6: Protein | Mass: 31575.068 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)  ![]() References: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex  | 
|---|
-Proteasome subunit beta type- ... , 7 types, 14 molecules HVIWJXKYLZMaNb             
| #8: Protein | Mass: 25114.459 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)  ![]() References: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #9: Protein | Mass: 22627.842 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)  ![]() References: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #10: Protein | Mass: 22545.676 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)  ![]() References: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #11: Protein | Mass: 23383.328 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: PRE2, DOA3, PRG1, YPR103W, P8283.10 / Production host: ![]() References: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #12: Protein | Mass: 24883.928 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)  ![]() References: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #13: Protein | Mass: 27200.893 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)  ![]() References: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex #14: Protein | Mass: 21517.186 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural)  ![]() References: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex  | 
|---|
-Non-polymers , 4 types, 212 molecules 






| #15: Chemical | ChemComp-MG / #16: Chemical | ChemComp-CL / #17: Chemical | ChemComp-BO2 / #18: Water |  ChemComp-HOH /  |  | 
|---|
-Details
| Has protein modification | Y | 
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method:  X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1  | 
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.67 Å3/Da / Density % sol: 66.52 % | 
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.8  Details: 20 MM MGAC2, 13% MPD, PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K  | 
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | 
|---|---|
| Diffraction source | Source:  SYNCHROTRON / Site:  SLS   / Beamline: X06SA / Wavelength: 1  / Wavelength: 1 Å | 
| Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 13, 2012 | 
| Radiation | Monochromator: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | 
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | 
| Reflection | Resolution: 2.9→30 Å / Num. all: 239156 / Num. obs: 233416 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.8 | 
| Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.1 | 
-
Processing
| Software | 
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| Refinement | Method to determine structure:  MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1RYP Resolution: 2.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 29.828 / SU ML: 0.239 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.298 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso  mean: 72.647 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→15 Å
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| Refine LS restraints | 
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| LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.972 Å / Total num. of bins used: 20 
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 
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| Refinement TLS group | 
  | 
Movie
Controller
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X-RAY DIFFRACTION
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