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- PDB-4qvk: Apo-crystal structure of Podospora anserina methyltransferase PaMTH1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qvk
タイトルApo-crystal structure of Podospora anserina methyltransferase PaMTH1
要素PaMTH1 Methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Methylase / S-adenosylmethionine
機能・相同性
機能・相同性情報


S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
O-methyltransferase / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative SAM-dependent O-methyltranferase
類似検索 - 構成要素
生物種Podospora anserina (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Kudlinzki, D. / Linhard, V.L. / Chatterjee, D. / Saxena, K. / Sreeramulu, S. / Schwalbe, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure and Biophysical Characterization of the S-Adenosylmethionine-dependent O-Methyltransferase PaMTH1, a Putative Enzyme Accumulating during Senescence of Podospora anserina.
著者: Chatterjee, D. / Kudlinzki, D. / Linhard, V. / Saxena, K. / Schieborr, U. / Gande, S.L. / Wurm, J.P. / Wohnert, J. / Abele, R. / Rogov, V.V. / Dotsch, V. / Osiewacz, H.D. / Sreeramulu, S. / Schwalbe, H.
履歴
登録2014年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22015年7月15日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PaMTH1 Methyltransferase
B: PaMTH1 Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3904
ポリマ－54,2662
非ポリマー1242
水7,332407
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.384, 79.719, 84.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PaMTH1 Methyltransferase


分子量: 27132.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Podospora anserina (菌類) / 遺伝子: mth1 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HGR1
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, 0.2M NaCl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.97626, 0.98401, 0.98004, 0.97989
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月29日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.976261
20.984011
30.980041
40.979891
反射解像度: 1.97→84.39 Å / Num. obs: 35566 / Observed criterion σ(F): 1.8 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 37.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.97→26.267 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 1587 4.48 %
Rwork0.1737 --
obs0.1752 35407 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→26.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3712 0 8 407 4127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2645158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6931394
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006666
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.03360.30441560.26793011X-RAY DIFFRACTION100
2.0336-2.10620.2891490.24793037X-RAY DIFFRACTION100
2.1062-2.19050.24971450.21593019X-RAY DIFFRACTION100
2.1905-2.29010.21881330.20193081X-RAY DIFFRACTION100
2.2901-2.41080.27161310.19753069X-RAY DIFFRACTION100
2.4108-2.56170.26241450.18993069X-RAY DIFFRACTION100
2.5617-2.75930.23671450.17983053X-RAY DIFFRACTION100
2.7593-3.03660.23751580.18263079X-RAY DIFFRACTION100
3.0366-3.47520.19531250.16543144X-RAY DIFFRACTION100
3.4752-4.37510.15041570.14163128X-RAY DIFFRACTION100
4.3751-26.26950.17571430.15293130X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6625-1.12080.80236.73460.63053.1479-0.1563-0.343-0.11360.21430.12180.4721-0.0343-0.4537-0.00340.17680.02330.02130.22420.0170.218392.341832.275284.3749
22.67240.69180.5432.27330.66143.2663-0.1671-0.9107-0.17880.65160.10380.0590.45190.23570.00860.41640.16960.01560.56960.10870.2646107.701426.3696103.8871
31.8129-0.1984-0.27972.03620.79623.2289-0.0004-0.33580.14320.03150.1751-0.2577-0.35430.5766-0.0960.1951-0.03960.00940.303-0.03790.1803110.385641.890194.8822
42.1638-0.6177-0.55512.18110.34432.01830.10710.26470.2197-0.49180.00620.0184-0.3674-0.0148-0.11050.3439-0.030.00550.20620.04280.2281106.948840.826575.5825
51.6522-0.2293-0.493.76160.25243.44720.1110.37920.0118-0.59960.0107-0.0702-0.05940.4194-0.08860.36650.02550.06820.33460.00490.2638116.620528.031165.2219
62.9007-0.36960.41361.7046-0.18291.98240.04830.1159-0.3482-0.1188-0.0020.04270.1408-0.0568-0.04130.2030.0036-0.00910.15820.01130.2197101.939722.427375.8135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 22 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 133 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 134 through 236 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 64 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 65 through 133 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 134 through 236 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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