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万見
- PDB-4qt8: Crystal Structure of RON Sema-PSI-IPT1 extracellular domains in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qt8
タイトルCrystal Structure of RON Sema-PSI-IPT1 extracellular domains in complex with MSP beta-chain
要素
  • Hepatocyte growth factor-like protein
  • Macrophage-stimulating protein receptor
キーワードHYDROLASE/SIGNALING PROTEIN / Growth Factor receptor/Growth factor / Receptor-ligand complex / RON receptor tyrosine kinase / Macrophage Stimulating Protein / HYDROLASE-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by MST1 / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / hepatocyte growth factor receptor activity / 膵臓 / 液胞 / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / single fertilization / negative regulation of gluconeogenesis / 食作用 ...Signaling by MST1 / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / hepatocyte growth factor receptor activity / 膵臓 / 液胞 / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / single fertilization / negative regulation of gluconeogenesis / 食作用 / stress fiber / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / basal plasma membrane / liver development / positive regulation of MAP kinase activity / response to virus / neuron differentiation / 受容体型チロシンキナーゼ / receptor tyrosine kinase binding / defense response / 遊走 / nervous system development / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / リン酸化 / 自然免疫系 / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / 細胞膜 / シグナル伝達 / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Macrophage stimulating protein / RON, Sema domain / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / divergent subfamily of APPLE domains / Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain ...Macrophage stimulating protein / RON, Sema domain / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / divergent subfamily of APPLE domains / Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Kringle-like fold / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Immunoglobulin E-set / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Trypsin-like serine proteases / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Thrombin, subunit H / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte growth factor-like protein / Macrophage-stimulating protein receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Herzberg, O. / Chao, K.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the binding specificity of human Recepteur d'Origine Nantais (RON) receptor tyrosine kinase to macrophage-stimulating protein.
著者: Chao, K.L. / Gorlatova, N.V. / Eisenstein, E. / Herzberg, O.
履歴
登録2014年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22015年4月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Macrophage-stimulating protein receptor
A: Macrophage-stimulating protein receptor
C: Hepatocyte growth factor-like protein
D: Hepatocyte growth factor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,6596
ポリマ－200,6484
非ポリマー1,0112
水0
1
A: Macrophage-stimulating protein receptor
C: Hepatocyte growth factor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7493
ポリマ－100,3242
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Macrophage-stimulating protein receptor
D: Hepatocyte growth factor-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,9113
ポリマ－100,3242
非ポリマー5871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.585, 63.775, 146.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNGLUGLUBA28 - 6836 - 661
21GLNGLNGLUGLUAB28 - 6836 - 661
12CYSCYSLEULEUCC468 - 7104 - 246
22CYSCYSLEULEUDD468 - 7104 - 246

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Macrophage-stimulating protein receptor / MSP receptor / CDw136 / Protein-tyrosine kinase 8 / p185-Ron / RON receptor tyrosine kinase


分子量: 71987.438 Da / 分子数: 2
断片: extracellular Sema-PSI-IPT1 domains (UNP residues 25-683)
変異: R306L, R307V, R308P, A311S, R322Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MST1R, PTK8, RON / プラスミド: pMT/BiP/V5-His
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2
参照: UniProt: Q04912, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: タンパク質 Hepatocyte growth factor-like protein / Macrophage stimulatory protein / Macrophage-stimulating protein / MSP


分子量: 28336.740 Da / 分子数: 2 / 断片: beta chain (UNP residues 465-711) / 変異: C672S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: D3F15S2, DNF15S2, HGFL, MSI1, MST1 / プラスミド: pMT/BiP/V5-His
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: P26927
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 20% w/v PEG4000, 8% v/v isopropanol, 4% v/v polypropylene glycol 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.577
11-h,-k,l20.423
反射解像度: 2.996→146.96 Å / Num. all: 39670 / Num. obs: 38960 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル最高解像度: 2.996 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4FWW & 2ASU

4fww

2asu


解像度: 3→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.818 / SU B: 13.688 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29077 1889 5.1 %RANDOM
Rwork0.23381 ---
obs0.23677 35063 92.37 %-
all-37299 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.191 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.43 Å2-0 Å2-30.05 Å2
2---18.97 Å2-0 Å2
3---6.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12550 0 67 0 12617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01912982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0211846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3911.96717769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.866327179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.53451701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95722.946482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.75151769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9251581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.22023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02114862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.475.3276858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4665.3276857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9427.9768541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8156.9838501
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.595.3716124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6644.6566263
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8426.9939415
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.35636.97513931
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.35536.97513932
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B328110.05
12A328110.05
21C130870.03
22D130870.03
LS精密化 シェル解像度: 2.997→3.075 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 118 -
Rwork0.305 2220 -
obs--79.77 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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