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- PDB-4qsg: Crystal structure of gas vesicle protein GvpF from Microcystis ae... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qsg
タイトルCrystal structure of gas vesicle protein GvpF from Microcystis aeruginosa
要素Gas vesicle protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / ferredoxin / gas vesicle
機能・相同性gas vesicle / gas vesicle organization / Gas vesicle protein GvpL/GvpF / Gas vesicle synthesis protein GvpL/GvpF / Gas vesicle protein F
機能・相同性情報
生物種Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Xu, B.Y. / Dai, Y.N. / Zhou, K. / Ren, Y.M. / Liu, Y.T. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the gas vesicle protein GvpF from the cyanobacterium Microcystis aeruginosa.
著者: Xu, B.Y. / Dai, Y.N. / Zhou, K. / Liu, Y.T. / Sun, Q. / Ren, Y.M. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2014年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gas vesicle protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5791
ポリマ－29,5791
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.920, 81.920, 87.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Gas vesicle protein


分子量: 29578.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microcystis aeruginosa PCC 7806 (バクテリア)
遺伝子: gvpF, IPF_5420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8Y9T3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.12 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10% (w/v) polyethylene glycol 20000, 0.1M sodium citrate tribasic, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月16日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→70.94 Å / Num. all: 9654 / Num. obs: 9485 / % possible obs: 98.25 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / % possible all: 98.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→55.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 13.103 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.885 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27322 455 4.8 %RANDOM
Rwork0.22867 ---
obs0.2307 9026 97.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.647 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20.51 Å2-0 Å2
2--1.03 Å2-0 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→55.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1985 0 0 17 2002
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.022026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9461.9622745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.625241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63124.757103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.1315365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9581512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211539
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 33 -
Rwork0.3 609 -
obs--97.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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