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- PDB-4qs7: Arabidopsis Hexokinase 1 (AtHXK1) structure in glucose-bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qs7
タイトルArabidopsis Hexokinase 1 (AtHXK1) structure in glucose-bound form
要素Hexokinase-1
キーワードTRANSFERASE / Hexokinase / ATP-dependent / sugar sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


hexose catabolic process / transpiration / regulation of secondary shoot formation / stomatal closure / sugar mediated signaling pathway / hexokinase activity / glucose mediated signaling pathway / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity ...hexose catabolic process / transpiration / regulation of secondary shoot formation / stomatal closure / sugar mediated signaling pathway / hexokinase activity / glucose mediated signaling pathway / hexokinase / fructokinase activity / glucokinase activity / programmed cell death / D-glucose binding / plant-type vacuole / core promoter sequence-specific DNA binding / glycolytic process / mitochondrial outer membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. ...Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Hexokinase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Feng, J. / Zhao, S. / Liu, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Biochemical and structural study of Arabidopsis hexokinase 1
著者: Feng, J. / Zhao, S. / Chen, X. / Wang, W. / Dong, W. / Chen, J. / Shen, J.-R. / Liu, L. / Kuang, T.
履歴
登録2014年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexokinase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9642
ポリマ－51,7841
非ポリマー1801
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.530, 90.742, 94.446
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hexokinase-1 / Protein GLUCOSE INSENSITIVE 2


分子量: 51784.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-496 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HXK1, GIN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q42525, hexokinase
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.93 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES, 22% PEG 3350, 50uM glucose, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月20日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 26533 / Num. obs: 26082 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 132739 / Observed criterion σ(I): 133077 / Biso Wilson estimate: 25.22 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3o6w

3o6w


解像度: 2.001→41.89 Å / FOM work R set: 0.8472 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2219 1319 5.07 %Random
Rwork0.1744 ---
all0.1768 26558 --
obs0.1768 26014 97.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.43 Å2 / Biso mean: 26.66 Å2 / Biso min: 11.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→41.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3404 0 12 287 3703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8294707
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7611263
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0011-2.08120.27371350.21912451258690
2.0812-2.17590.23881480.18872717286599
2.1759-2.29060.27061570.21982698285598
2.2906-2.43420.24711400.18472770291099
2.4342-2.62210.25181340.18332766290099
2.6221-2.88590.25761610.185127702931100
2.8859-3.30330.21011530.176627752928100
3.3033-4.16130.20061510.14782825297699
4.1613-41.89920.17831400.16242923306397
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.4723 Å / Origin y: 7.0838 Å / Origin z: 8.4843 Å
111213212223313233
T0.1351 Å2-0.0133 Å2-0.0082 Å2-0.139 Å20.017 Å2--0.1515 Å2
L0.4741 °2-0.2018 °2-0.1561 °2-0.6202 °20.4058 °2--0.9825 °2
S-0.0058 Å °-0.0308 Å °-0.0412 Å °0.0125 Å °0.0287 Å °-0.0326 Å °-0.0227 Å °0.0811 Å °-0.0181 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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