PDB-4qqf: Crystal structure of mitochondrial import inner membrane transloc...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 4qqf

タイトル

Crystal structure of mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM50

要素

Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM50

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / single domain / protein import / mitochondrial

機能・相同性

機能・相同性情報

TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / mitochondrion targeting sequence binding / protein insertion into mitochondrial inner membrane / regulation of mitochondrial membrane permeability / protein import into mitochondrial matrix / intracellular protein transport / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.672 Å

データ登録者

Li, J.Z.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: The structure of Tim50(164-361) suggests the mechanism by which Tim50 receives mitochondrial presequences.
著者: Li, J. / Sha, B.

履歴

登録	2014年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qqf.cif.gz	239.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qqf.ent.gz	194.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qqf_validation.pdf.gz	479.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qqf_full_validation.pdf.gz	503.4 KB	表示
XML形式データ	4qqf_validation.xml.gz	42.5 KB	表示
CIF形式データ	4qqf_validation.cif.gz	57.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qleS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qma-d 2pnl-10 2pnl-1 3kme-2 5j4k-d 4q0p-d 3qle-d 6aqs-d 2axo-d 4bqx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

D: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM50

A: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM50

B: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM50

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E: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM50

F: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM50

ヘテロ分子

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1

D: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM50

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F: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM50

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単位格子

Length a, b, c (Å)	164.287, 164.287, 150.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM50 分子量: 23731.064 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 164-361 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TIM50, YPL063W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02776
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.0 M magnesium sulfate, 100 mM Tris, pH 7.5, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月6日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.672→116.168 Å / Num. all: 58798 / Num. obs: 58660 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 42.2
反射シェル	解像度: 2.672→2.77 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / R_sym value: 0.714 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QLE

3qle

解像度: 2.672→38.519 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2522	2934	5.01 %
R_work	0.212	-	-
obs	0.2139	58620	99.75 %
all	-	58624	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.672→38.519 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9377	0	6	49	9432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	9594
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.584	13066
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.993	3625
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1377
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1691

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6724-2.7162	0.3792	137	0.2967	2591	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7162-2.763	0.3049	137	0.2875	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.763-2.8132	0.3056	138	0.2873	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8132-2.8673	0.3642	138	0.2891	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8673-2.9258	0.3583	138	0.2976	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9258-2.9894	0.3435	138	0.2826	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9894-3.059	0.3041	139	0.2824	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.059-3.1354	0.3506	138	0.2714	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1354-3.2202	0.3245	138	0.2603	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2202-3.3149	0.2909	138	0.2524	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3149-3.4218	0.2769	141	0.2408	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4218-3.544	0.3	137	0.2272	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.544-3.6858	0.2812	140	0.2163	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6858-3.8534	0.2602	139	0.2092	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8534-4.0563	0.2176	140	0.1964	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0563-4.3102	0.2178	140	0.1834	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3102-4.6425	0.2144	140	0.1672	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6425-5.1087	0.2035	141	0.1643	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1087-5.8457	0.2149	143	0.1869	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8457-7.3566	0.2466	145	0.2171	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3566-38.5229	0.2281	149	0.2025	2807	X-RAY DIFFRACTION	97

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関連情報:EMDBヘッダ

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