PDB-4qq2: Crystal structure of C1QL1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qq2

タイトル

Crystal structure of C1QL1

要素

C1q-related factor

キーワード

PROTEIN BINDING / Jelly roll fold / C1q / Brain-specific angiogenesis inhibitor G-protein coupled receptor / extracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

climbing fiber / motor learning / maintenance of synapse structure / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / regulation of synapse pruning / collagen trimer / neuron remodeling / synaptic cleft / presynapse / signaling receptor binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Ressl, S. / Brunger, A.T.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structures of C1q-like Proteins Reveal Unique Features among the C1q/TNF Superfamily.
著者: Ressl, S. / Vu, B.K. / Vivona, S. / Martinelli, D.C. / Sudhof, T.C. / Brunger, A.T.

履歴

登録	2014年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qq2.cif.gz	174.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qq2.ent.gz	140.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4qq2_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qq2_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	4qq2_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	4qq2_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qq2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4qpyC 4qqhC 4qqlC 4qqoC 4qqpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qqh-1 4d7y-1 4qql-2 4qqp-1 4qpy-d 4qqo-1 1joe-1 5ybz-d 1ylk-1 4yf6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: C1q-related factor

B: C1q-related factor

C: C1q-related factor

ヘテロ分子

46.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.072, 71.414, 85.972
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	C1q-related factor / C1q and tumor necrosis factor-related protein 14 / C1q/TNF-related protein 14 / CTRP14 / Complement ...C1q and tumor necrosis factor-related protein 14 / C1q/TNF-related protein 14 / CTRP14 / Complement component 1 Q subcomponent-like 1 分子量: 14945.423 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: C1ql1, C1qrf, Crf, Ctrp14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O88992
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.3 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3 詳細: 0.2M CdCl2, 40%MPD, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月7日
放射	モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→38.169 Å / Num. obs: 30852 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Ice	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.801→38.169 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1995	1548	5.03 %	random
R_work	0.1647	-	-	-
all	0.1665	-	-	-
obs	0.1665	30798	99.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→38.169 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3020	0	18	413	3451

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3160
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.208	4285
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.05	1117
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	441
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	567

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8011-1.8592	0.2651	145	0.1904	2567	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8592-1.9257	0.2088	111	0.1668	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9257-2.0028	0.199	120	0.1544	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0028-2.0939	0.1727	139	0.1498	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0939-2.2043	0.1791	150	0.1468	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2043-2.3424	0.1923	134	0.1569	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3424-2.5232	0.2127	153	0.1656	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5232-2.777	0.1835	140	0.1699	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.777-3.1787	0.2121	150	0.1649	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1787-4.0042	0.1992	154	0.1555	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0042-38.1773	0.1921	152	0.186	2822	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4938	-0.3393	-0.1358	4.9948	-0.543	1.4663	0.1445	0.0569	0.2465	-0.0698	-0.0759	0.0286	-0.1367	-0.0322	-0.0111	0.071	-0.0052	-0.0086	0.0775	0.0047	0.1334	24.3376	5.7421	-24.3461
2	0.7447	-0.527	-0.1566	2.2201	0.0497	2.4027	-0.0246	-0.0557	0.0163	0.0061	0.0149	-0.1644	0.1002	0.292	0.0059	0.1363	0.0169	-0.0031	0.1036	0.0028	0.1098	22.0604	-9.5612	-10.5028
3	1.7806	0.1768	-0.4261	2.3457	-0.5631	1.9527	0.0679	-0.1471	0.0193	0.3084	-0.034	-0.2961	-0.1335	0.2707	-0.0167	0.1009	-0.0171	-0.0389	0.1263	-0.0079	0.1408	27.2174	2.4148	-18.27
4	1.2878	-0.6213	0.3811	2.5315	-0.7476	1.393	-0.11	-0.08	0.2285	0.2354	-0.0467	-0.1355	-0.2943	0.1029	0.1545	0.1158	-0.0001	-0.0146	0.0823	-0.0123	0.1003	17.7608	6.9439	-18.7299
5	1.887	0.2567	-0.4516	3.3935	-0.4536	1.0986	-0.065	-0.0673	-0.0347	0.1408	0.1682	-0.0861	0.1115	-0.0157	-0.0878	0.0669	0.0151	-0.0026	0.066	-0.0142	0.0663	16.2526	-16.5892	-15.7541
6	0.8505	0.2555	0.189	2.2988	-0.1452	0.7589	0.0344	-0.0262	-0	0.253	-0.0346	-0.0225	-0.0572	-0.0414	-0.0094	0.0676	0.0073	0.0112	0.0648	0.0123	0.0698	11.5862	-9.6324	-17.6277
7	1.685	0.2883	0.6456	1.401	0.7464	0.8082	0.1083	0.1863	0.2932	-0.1681	0.2469	0.0245	-0.488	0.0162	0.1659	0.145	0.0351	0.0465	-0.0039	-0.0168	0.1023	10.8278	9.6158	-19.7414
8	0.6543	-0.3282	0.0231	2.3024	-0.8317	0.6385	-0.1366	-0.0566	0.1016	0.4505	0.1474	-0.22	-0.1762	0.0428	-0.0478	0.116	0.0204	-0.0124	0.1019	-0.0239	0.066	16.9497	-4.3107	-12.4293
9	0.6404	0.4775	-0.6574	3.332	0.9266	1.7927	-0.1951	0.0356	0.0069	0.043	0.197	-0.6285	-0.0867	0.3966	-0.0002	0.1079	-0.0109	0.0013	0.0873	-0.0042	0.1391	25.3843	-7.6009	-22.4548
10	3.4959	0.2719	1.2937	3.487	-1.336	1.3925	0.021	0.7273	0.1686	-0.6211	-0.0137	-0.4518	-0.2135	0.1415	-0.1942	0.1242	0.0335	-0.0438	0.0297	-0.0034	0.1196	14.8516	13.0494	-26.8544
11	4.7386	1.466	0.323	2.5814	0.1359	2.9249	-0.1421	0.1162	-0.0725	-0.0514	0.0549	-0.4092	-0.3501	0.1709	0.0813	0.0708	0.0164	0.0016	0.0961	0.0252	0.0535	18.2525	4.0138	-42.2346
12	1.7681	-2.5169	1.0056	4.617	-1.1831	1.0392	0.3497	0.3683	-0.0855	-0.6876	-0.2066	-0.0035	0.3615	0.0588	-0.0302	0.175	0.0009	0.0184	0.1111	0.0053	0.0932	16.994	-16.5758	-44.5904
13	2.5685	-0.4713	-0.3955	4.6023	0.0595	0.3461	-0.1011	-0.2277	-0.2712	-0.13	-0.0949	-0.1938	0.0855	0.2579	0.2454	0.1163	0.0615	0.0332	0.1729	0.0295	0.1132	25.9676	-18.127	-39.8672
14	0.6552	-0.0749	0.8463	3.7608	-0.8435	3.3454	0.0717	0.5191	-0.35	-0.1605	-0.1545	0.2834	0.16	0.07	0.0687	0.1342	0.0351	0.0048	0.1971	-0.0427	0.1166	17.489	-9.5247	-46.2667
15	1.0581	0.0926	0.3935	0.765	-0.0615	0.8978	0.047	0.1614	-0.0269	-0.0344	-0.0321	-0.0666	-0.0676	0.1197	-0.0101	0.0937	-0.0048	0.0231	0.1232	0.0098	0.1028	23.6292	-0.5823	-45.4678
16	0.8072	0.5425	-0.2776	2.0523	-0.4853	0.6038	-0.0124	-0.0433	-0.0492	-0.0793	-0.0505	0.0135	0.0658	0.0771	0.0734	0.0649	-0.002	-0.0056	0.0678	-0.0015	0.0465	19.8218	-12.879	-34.0075
17	2.221	0.8045	-2.3666	3.378	-3.0062	4.5331	-0.0183	-0.1421	-0.0201	-0.2874	-0.1914	-0.4307	-0.0569	0.4635	0.0802	0.089	-0	0.0118	0.106	0.0086	0.123	29.4105	-9.0792	-31.2544
18	1.8279	0.568	-0.0904	3.8272	-0.7568	1.6965	-0.0634	-0.0608	-0.1102	-0.3667	-0.0261	0.2384	0.1315	0.0025	0.0568	0.078	0.0043	-0.0072	0.0723	-0.0092	0.0804	12.0337	-23.3053	-29.246
19	0.6279	-0.0795	-0.0242	1.7286	-0.1927	0.9621	-0.0163	0.1161	-0.0246	-0.1176	-0.0155	-0.0542	0.0093	0.1533	0.0249	0.0356	0.0028	0.0038	0.0991	0.0013	0.0956	25.1139	-8.1796	-35.6868
20	2.4322	1.393	-0.0793	2.8746	-0.0909	0.5986	-0.1975	0.1421	-0.0038	-0.333	0.1421	0.0378	-0.2359	-0.0789	0.0235	0.0961	-0.0087	-0.0035	0.0841	0.0332	0.0516	16.3762	-2.7188	-38.6197
21	2.1243	-0.9013	-0.2774	0.5604	-0.6635	3.5581	-0.0575	-0.0658	0.1416	-0.0176	-0.0817	-0.0957	-0.2797	0.1289	0.1188	0.0864	0.0123	-0.023	0.0467	-0.0179	0.1023	5.1778	7.498	-27.566
22	1.0431	0.8171	0.3188	2.7199	0.5117	0.8947	0.0806	-0.1292	0.053	0.2522	-0.0869	0.5888	0.0724	-0.3296	0.0468	0.0752	-0.0101	0.0057	0.1401	0.0063	0.151	-4.4015	-3.6395	-25.8497
23	0.8112	-0.327	-0.2912	1.2139	0.1101	2.0022	-0.0931	-0.0381	0.0085	-0.007	0.1339	0.1465	-0.0756	-0.1619	-0.0384	0.0626	0.0366	0.0041	0.0963	0.007	0.1446	-1.6413	8.1176	-33.5092
24	0.5007	-0.0809	0.0333	2.4771	-0.8506	1.0893	0.0376	-0.0725	-0.0739	0.178	0.051	0.1975	-0.0179	-0.2012	-0.053	0.0589	0.0064	0.0017	0.1029	0.0209	0.0913	3.7234	-8.1191	-28.9605
25	0.9268	-1.2354	0.4923	4.6821	-0.6361	0.2549	0.0652	0.2102	0.0842	-0.2386	-0.0319	0.3923	0.1184	-0.0058	-0.051	0.0587	-0.0235	-0.0251	0.0768	0.0087	0.1147	1.8756	-8.504	-38.3437
26	1.3143	0.7214	-0.0541	2.596	-0.3787	1.4734	0.0608	-0.1969	-0.0445	0.0592	0.0138	0.1029	0.1143	-0.0566	-0.0176	0.0896	-0.0069	0.0037	0.0611	0.0034	0.0886	5.1582	-20.0461	-24.3303
27	0.6837	0.1503	-0.405	0.9049	-0.4736	0.8515	-0.0472	0.0379	-0.045	0.138	0.0131	0.0298	-0.2679	-0.1395	0.0239	0.0674	-0.0119	-0.0036	0.0786	0.0124	0.0569	6.0635	1.361	-39.6166
28	1.2376	0.4874	-0.1701	2.4654	-0.4832	0.9517	0.0335	-0.1627	0.1004	0.5557	0.1061	0.1436	-0.0628	-0.255	-0.0566	0.1315	0.0008	0.0056	0.1546	0.0005	0.1206	-2.9714	-8.2959	-29.6989
29	3.581	-0.212	1.7836	7.8602	-1.2123	3.9994	0.1044	-0.6925	0.2823	0.6539	-0.1215	0.3814	-0.4472	-0.4981	0.0239	0.127	0.0048	0.0232	0.1218	-0.0109	0.1139	2.671	-4.8284	-17.3389
30	1.4825	0.8753	-0.8264	1.3321	-0.6826	1.6985	-0.0249	-0.0115	0.1297	-0.1834	-0.0216	0.0121	0.025	0.0797	0.0394	0.085	0.0026	-0.0099	0.0545	-0.006	0.0824	9.1223	6.6205	-34.7544

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 7:14)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 15:25)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 26:40)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 41:57)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 58:70)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 71:98)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 99:104)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 105:120)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 121:131)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 132:137)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 7:12)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 13:20)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 21:25)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 26:30)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 31:49)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 50:74)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 75:84)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 85:94)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 95:120)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 121:137)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 8:14)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 15:33)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 34:50)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 51:67)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 68:83)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 84:94)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 95:107)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 108:122)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 123:127)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 128:137)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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