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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qq0 | ||||||
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タイトル | CdsD - The structural protein of the Type III secretion system of Chlamydia trachomatis: C-terminal domain | ||||||
![]() | Adenylate cyclase-like protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / BON-domain / type III secretion / membrane protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Merilainen, G. / Wierenga, R.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The extended structure of the periplasmic region of CdsD, a structural protein of the type III secretion system of Chlamydia trachomatis. 著者: Merilainen, G. / Koski, M.K. / Wierenga, R.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31257.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: D/UW-3/Cx / 遺伝子: CT_664 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50 mM MES; pH 6.5 - 22.5 % PEG-smear - 0.5 M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月20日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Bruker AXS Microstar optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2→30.3 Å / Num. all: 12058 / Num. obs: 12034 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.484 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.908→1.957 Å / Total num. of bins used: 20 |