[日本語] English
万見
- PDB-4qpr: CRYSTAL STRUCTURE OF GAF DOMAIN of POTASSIUM SENSOR HISTIDINE KIN... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qpr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF GAF DOMAIN of POTASSIUM SENSOR HISTIDINE KINASE KDPD FROM ESCHERICHIA COLI
要素Sensor protein KdpD
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / cellular response to potassium ion / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / signal transduction / protein homodimerization activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Signal transduction histidine kinase, osmosensitive K+ channel sensor, N-terminal / Sensor protein KdpD, transmembrane domain / KdpD, transmembrane domain superfamily / Osmosensitive K+ channel His kinase sensor domain / Domain of unknown function (DUF4118) / GAF domain / GAF domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain ...: / Signal transduction histidine kinase, osmosensitive K+ channel sensor, N-terminal / Sensor protein KdpD, transmembrane domain / KdpD, transmembrane domain superfamily / Osmosensitive K+ channel His kinase sensor domain / Domain of unknown function (DUF4118) / GAF domain / GAF domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensor protein KdpD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Kumar, S. / Yernool, D.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Gaf Domain of Potassium Sensor Histidine Kinase Kdpd from Escherichia Coli
著者: Kumar, S. / Yernool, D.A.
履歴
登録2014年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sensor protein KdpD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5141
ポリマ－16,5141
非ポリマー00
水1,78399
1
A: Sensor protein KdpD

A: Sensor protein KdpD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0282
ポリマ－33,0282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.310, 57.610, 61.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Sensor protein KdpD / Sensor protein KdpD


分子量: 16514.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
遺伝子: b0695, ECDH1ME8569_0654, EcDH1_2941, JW0683, kdpD
プラスミド: PHISP1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43/90 / 参照: UniProt: P21865, histidine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.52 %
結晶化詳細: 30-35% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.0-6.5 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97932
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月14日 / 詳細: U33S UNDULATOR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.548→30.5 Å / Num. obs: 18769 / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 16.63 Å2 / Net I/σ(I): 18.75
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE: DEV_1230)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→30.5 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 18.6 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 1881 10.02 %
Rwork0.185 --
obs0.187 18764 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→30.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1080 0 0 99 1179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081103
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.211503
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.146409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008196
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.548-1.58980.25791450.20091270X-RAY DIFFRACTION100
1.5898-1.63660.23091530.20431258X-RAY DIFFRACTION100
1.6366-1.68940.24091330.1891300X-RAY DIFFRACTION100
1.6894-1.74980.20891420.18951273X-RAY DIFFRACTION100
1.7498-1.81990.22511390.18231269X-RAY DIFFRACTION100
1.8199-1.90270.21541410.16571290X-RAY DIFFRACTION100
1.9027-2.0030.19271410.17661290X-RAY DIFFRACTION100
2.003-2.12840.18021460.18551272X-RAY DIFFRACTION100
2.1284-2.29270.20521420.17931300X-RAY DIFFRACTION100
2.2927-2.52340.18431480.18071322X-RAY DIFFRACTION100
2.5234-2.88830.23491470.19711299X-RAY DIFFRACTION100
2.8883-3.63790.19661470.17691337X-RAY DIFFRACTION100
3.6379-30.50590.18911570.18981403X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3760.23090.38920.75661.6784.6001-0.2711-0.00350.07810.3377-0.07110.4027-0.24480.04450.190.28540.01150.05450.1447-0.02860.23896.225627.3567-77.0027
22.3586-0.09340.68832.6914-0.2173.16210.1188-0.4628-0.34950.3541-0.00040.14390.2654-0.2948-0.08970.187-0.01990.00170.19750.02910.14648.62579.0338-74.7334
30.7851-0.8079-0.08241.53350.08161.8232-0.0063-0.0270.01990.05080.0249-0.26660.04730.1848-0.01090.07740.0044-0.00550.10030.0030.109515.413211.259-80.5862
46.62842.1238-0.79563.8261-0.74553.44750.20790.3228-0.2826-0.254-0.0851-0.03730.2503-0.2322-0.08520.10470.0009-0.01250.15940.00420.1129.185214.323-93.8935
51.5508-0.079-0.20692.08740.57767.204-0.0306-0.23170.01760.4225-0.0264-0.1034-0.42740.03510.02540.15320.0066-0.02340.13360.00920.124215.527523.4769-75.7321
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID -3:542)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 543:581)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 582:616)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 617:624)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 625:652)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る