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- PDB-4qo5: Hypothetical multiheme protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qo5
タイトルHypothetical multiheme protein
要素Hypothetical multiheme protein
キーワードHEME BINDING PROTEIN / multi-heme protein / membrane anchor
機能・相同性Cytochrome c-552/4 / Cytochrome c554 and c-prime / Seven times multi-haem cytochrome CxxCH / : / Multiheme cytochrome superfamily / metal ion binding / HEME C / Cytochrome c-552/4 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Ignicoccus hospitalis KIN4/I (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.697 Å
データ登録者Rajendran, C.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: In meso crystal structure of a novel membrane-associated octaheme cytochrome c from the Crenarchaeon Ignicoccus hospitalis.
著者: Parey, K. / Fielding, A.J. / Sorgel, M. / Rachel, R. / Huber, H. / Ziegler, C. / Rajendran, C.
履歴
登録2014年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.22016年11月23日Group: Database references
改定 1.32018年5月23日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical multiheme protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,49011
ポリマ－58,2811
非ポリマー5,20910
水7,332407
1
A: Hypothetical multiheme protein
ヘテロ分子

A: Hypothetical multiheme protein
ヘテロ分子

A: Hypothetical multiheme protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,47133
ポリマ－174,8433
非ポリマー15,62830
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area48920 Å2
ΔGint-705 kcal/mol
Surface area47050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.440, 136.440, 214.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-743-

HOH

21A-1030-

HOH

31A-1035-

HOH

41A-1054-

HOH

51A-1060-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical multiheme protein


分子量: 58280.895 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-549 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ignicoccus hospitalis KIN4/I (古細菌) / 参照: UniProt: A8AB33
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.76 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.7 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.697→43.726 Å / Num. all: 84827 / Num. obs: 84427 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル最高解像度: 1.697 Å

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.697→43.726 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2009 4212 5 %
Rwork0.165 --
obs0.1668 84427 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.697→43.726 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4054 0 359 407 4820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114579
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.546353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5541562
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009770
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.697-1.71640.4582360.39824490X-RAY DIFFRACTION86
1.7164-1.73650.31782740.31445212X-RAY DIFFRACTION100
1.7365-1.75770.34862760.29725200X-RAY DIFFRACTION100
1.7577-1.780.29582820.27215273X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.80340.23852730.25275206X-RAY DIFFRACTION100
1.8034-1.82810.30332760.24735182X-RAY DIFFRACTION100
1.8281-1.85420.25792740.2415212X-RAY DIFFRACTION100
1.8542-1.88190.27532780.22515233X-RAY DIFFRACTION100
1.8819-1.91130.27042760.2245202X-RAY DIFFRACTION100
1.9113-1.94260.28772770.23915225X-RAY DIFFRACTION100
1.9426-1.97610.25932770.1975256X-RAY DIFFRACTION100
1.9761-2.01210.21062750.18635208X-RAY DIFFRACTION100
2.0121-2.05080.21882750.18375235X-RAY DIFFRACTION100
2.0508-2.09260.21582750.17945203X-RAY DIFFRACTION100
2.0926-2.13810.20422770.17325235X-RAY DIFFRACTION100
2.1381-2.18790.20272740.16385185X-RAY DIFFRACTION100
2.1879-2.24260.212740.17425194X-RAY DIFFRACTION100
2.2426-2.30320.23022750.17565199X-RAY DIFFRACTION100
2.3032-2.3710.18882740.15215246X-RAY DIFFRACTION100
2.371-2.44750.19212760.15545220X-RAY DIFFRACTION100
2.4475-2.5350.22212740.15735214X-RAY DIFFRACTION100
2.535-2.63650.1962790.15555211X-RAY DIFFRACTION100
2.6365-2.75640.21182740.15545206X-RAY DIFFRACTION100
2.7564-2.90170.18042770.15945227X-RAY DIFFRACTION100
2.9017-3.08350.20552710.16275197X-RAY DIFFRACTION99
3.0835-3.32150.19752670.15275213X-RAY DIFFRACTION100
3.3215-3.65560.16382690.14185241X-RAY DIFFRACTION100
3.6556-4.18420.15382680.12825214X-RAY DIFFRACTION100
4.1842-5.27020.15232750.12365244X-RAY DIFFRACTION100
5.2702-43.74070.17822760.14045196X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4550.6059-0.55130.6671-0.09650.8732-0.07170.3735-0.183-0.17530.0767-0.06630.1685-0.01750.01130.2364-0.00570.01240.2331-0.03180.2156-45.853225.2099-28.6847
20.4810.0465-0.11680.40580.13390.9637-0.01080.0086-0.00890.00030.0235-0.1023-0.00360.1833-0.02580.13540.0007-0.01050.20720.00290.2143-38.275938.1884-13.2834
31.5945-0.2112-0.31511.16950.58471.38280.0065-0.2346-0.35870.19070.0137-0.03720.28630.04590.01970.2627-0.0127-0.06160.24660.04640.2575-44.464626.19667.7206
41.1610.28440.43850.52080.09911.4657-0.01340.017-0.150.00870.0052-0.14830.14160.1562-0.01490.15290.0273-0.00650.18780.00350.1923-42.102430.4583-8.1027
50.85460.0045-0.09930.32620.05170.85580.02060.00470.03410.0383-0.0124-0.0541-0.04110.00380.00160.151-0.0049-0.00510.1411-0.00930.2098-54.978951.4306-7.9986
60.8182-0.2751-1.01220.2262-0.12912.88670.0756-0.72460.35520.45970.0142-0.12020.06460.2595-0.03210.456-0.0782-0.05720.5813-0.11880.3227-44.738856.862926.5888
71.3046-0.11831.10850.4305-0.28061.0118-0.2428-0.01570.31890.1589-0.0318-0.1432-0.37140.16990.24480.2875-0.0287-0.03190.2586-0.04090.34-47.529163.5444.8096
80.7298-0.55321.19631.2334-1.7563.8078-0.0547-0.11580.11740.25760.0175-0.064-0.33530.13640.04120.2548-0.0187-0.010.2685-0.05440.2512-59.098859.325113.7434
90.9733-0.1202-0.18470.9566-0.42920.85480.0103-0.2029-0.00550.17080.0454-0.0405-0.0264-0.0021-0.06530.199-0.0175-0.01380.2164-0.03440.1788-60.839146.990619.7377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 58 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 175 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 176 through 213 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 214 through 253 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 254 through 361 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 362 through 396 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 397 through 440 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 441 through 475 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 476 through 549 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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