PDB-4qo2: Crystal structure of rhomboid intramembrane protease GlpG in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qo2

タイトル

Crystal structure of rhomboid intramembrane protease GlpG in complex with peptide derived inhibitor Ac-IATA-cmk

要素

6-AMINO-2-METHYL-1,7-DIHYDRO-8H-IMIDAZO[4,5-G]QUINAZOLIN-8-ONE
Rhomboid protease GlpG

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / alpha-helical / Rhomboid intramembrane protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

Rhomboid-like fold / Rhomboid-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha / ACE-ILE-ALA-THR-ALA-0QE / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zoll, S. / Strisovsky, K.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: Substrate binding and specificity of rhomboid intramembrane protease revealed by substrate-peptide complex structures.
著者: Zoll, S. / Stanchev, S. / Began, J. / Skerle, J. / Lepsik, M. / Peclinovska, L. / Majer, P. / Strisovsky, K.

履歴

登録	2014年6月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月29日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qo2.cif.gz	59.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qo2.ent.gz	41.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qo2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/4qo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/4qo2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qnzC 4qo0C 2ic8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3jwh-1 3l8d-d 7cce-d 4awh-3 4zyv-d 6fpx-3 6eoa-d 6fpx-2 3jwj-1 3d63-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Rhomboid protease GlpG

B: 6-AMINO-2-METHYL-1,7-DIHYDRO-8H-IMIDAZO[4,5-G]QUINAZOLIN-8-ONE

ヘテロ分子

27.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.990, 97.990, 66.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質

Rhomboid protease GlpG / Intramembrane serine protease

分子量: 22737.914 Da / 分子数: 1 / 断片: Rhomboid protease GlpG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: C41 / 遺伝子: glpG, BN896_3117 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U6NA71, rhomboid protease

#2: タンパク質・ペプチド

6-AMINO-2-METHYL-1,7-DIHYDRO-8H-IMIDAZO[4,5-G]QUINAZOLIN-8-ONE

タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 432.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: ACE-ILE-ALA-THR-ALA-0QE

#3: 糖

ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₃₀O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10% PEG 3000, 0.1 M Imidazole pH 8.0, 0.2 M Lithium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月25日
放射	モノクロメーター: Sagitally bended Si111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.99 Å / Num. all: 21337 / Num. obs: 21305 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.1→2.175 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0069	精密化
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IC8

2ic8

解像度: 2.1→48.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 4.911 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18011	1066	5 %	RANDOM
R_work	0.16303	-	-	-
obs	0.16387	20239	99.85 %	-
all	-	21337	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.137 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.28 Å²	-0.14 Å²	0 Å²
2-	-	-0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1486	0	123	50	1659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.019	1.996	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.545	3	3854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.31	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.133	1.885	730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.118	1.874	728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.742	2.804	911
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.744	2.806	911
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.636	2.799	913
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.634	2.804	914
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.356	3.853	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.908	21.844	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.832	21.721	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.178	79	-
R_work	0.179	1500	-
obs	-	-	99.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8971	-1.1426	0.9661	13.3877	0.4611	4.5703	-0.2198	-0.4374	0.3527	0.9247	0.0885	0.6934	-0.3748	-0.2828	0.1313	0.1738	0.0278	0.001	0.1734	0.0216	0.1638	-83.8136	52.0523	65.0084
2	1.7135	-0.7078	-0.6322	2.1491	1.1729	4.3844	0.0471	0.1953	0.0806	-0.1993	-0.0699	-0.2947	-0.1939	0.3397	0.0228	0.0652	0.0421	0.0447	0.1626	0.038	0.182	-77.3887	52.0521	44.7697
3	1.0691	-0.4764	-0.5192	1.0405	0.5771	2.6804	0.0019	0.0384	0.0115	-0.0367	0.04	-0.003	0.1853	0.1447	-0.0419	0.0486	0.0508	0.004	0.0927	0.0246	0.1246	-80.2582	42.9035	47.0287
4	1.873	0.1219	0.3108	3.4787	1.8736	11.253	0.0216	-0.1004	-0.2351	0.1337	-0.0541	0.0631	0.3052	-0.1208	0.0325	0.0493	0.0471	0.0031	0.0792	0.034	0.1523	-82.7194	37.2434	57.9303
5	3.8668	0.0058	-2.6458	1.4034	-0.5429	5.0306	0.0056	0.1743	-0.2957	0.0057	0.069	0.092	0.4479	-0.2885	-0.0746	0.1259	0.0134	-0.0306	0.1167	0.0233	0.1996	-89.6162	36.0319	51.7758
6	15.0169	-4.2843	11.9031	10.2123	-3.4343	24.244	-0.139	-0.812	-0.3243	0.8632	0.2466	0.3754	-0.2068	-0.1637	-0.1076	0.1173	-0.0298	0.0561	0.1936	0.008	0.0981	-97.0163	40.687	67.1305
7	1.9964	-1.1894	0.4365	0.7114	-0.2597	0.096	0.1107	0.1972	-0.0564	-0.0734	-0.1117	0.0572	0.0273	0.052	0.001	0.2025	-0.0199	0.0098	0.332	-0.0386	0.2824	-98.6228	42.1426	45.4749
8	3.0038	0.0505	-1.1159	4.8959	-2.836	10.7382	-0.0673	-0.0827	-0.649	0.0605	0.2302	0.0402	0.6211	-0.2279	-0.1629	0.1183	0.0063	0.0025	0.044	0.0575	0.2046	-90.8529	30.7337	58.5099

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	90 - 97
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	98 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	121 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	167 - 187
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	188 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	220 - 226
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	227 - 253
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	254 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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