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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qni | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an auxiliary nutrient binding protein (BT3507) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.30 A resolution | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Two domain protein / N-terminal- PF08522 family (DUF1735) / C-terminal - PF14274 family (DUF4361) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Uncharacterised protein PF14274, DUF4361 / Domain of unknown function DUF4361 / Domain of unknown function DUF4973 / BT_3044-like, C-terminal / Domain of unknown function (DUF4973) / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein (BT3507) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.30 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qni.cif.gz | 141.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qni.ent.gz | 113.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qni.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/4qni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/4qni | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
| x 8||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37941.039 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-353 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_3507 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q8A201 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-CIT / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CONSTRUCT (22-353) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (22-353) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.40M tri-Sodium Citrate, 0.1M sodium HEPES pH 7.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97932,0.95369,0.97903 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月26日 詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→28.576 Å / Num. obs: 17102 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 52.333 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 18.71 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→28.576 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9558 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9355 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. THE EXPERIMENTAL (MAD) PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 4. CITRATE (CIT) FROM THE CRYSTALLIZATION, CHLORIDE (CL) FROM THE PURIFICATION AND 1,2-ETHANEDIOL (EDO) FROM THE CRYOPROTECTANT HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 5. RAMACHANDRAN OUTLIER AT RESIDUE 36 IS IN A REGION OF SUBOPTIMAL ELECTRON DENSITY THAT IS DIFFICULT TO MODEL.
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原子変位パラメータ | Biso max: 132 Å2 / Biso mean: 58.5742 Å2 / Biso min: 30.61 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.302 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.576 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 44.5254 Å / Origin y: 19.78 Å / Origin z: 24.4276 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|29 - 353 } |