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- PDB-4qnd: Crystal structure of a SemiSWEET -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qnd
タイトルCrystal structure of a SemiSWEET
要素Chemical transport protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #290 / Monooxygenase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTADECANE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Sugar transporter SemiSWEET
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio sp. N418 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.698 Å
データ登録者Yan, X. / Yuyong, T. / Liang, F. / Perry, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structures of bacterial homologues of SWEET transporters in two distinct conformations.
著者: Xu, Y. / Tao, Y. / Cheung, L.S. / Fan, C. / Chen, L.Q. / Xu, S. / Perry, K. / Frommer, W.B. / Feng, L.
履歴
登録2014年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chemical transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0157
ポリマ－11,1221
非ポリマー1,8936
水1,17165
1
A: Chemical transport protein
ヘテロ分子

A: Chemical transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,03014
ポリマ－22,2452
非ポリマー3,78612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10870 Å2
手法PISA
2
A: Chemical transport protein
ヘテロ分子

A: Chemical transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,03014
ポリマ－22,2452
非ポリマー3,78612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x+1/2,y,-z+3/41
Buried area3230 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.236, 58.236, 172.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-224-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Chemical transport protein


分子量: 11122.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio sp. N418 (バクテリア) / 遺伝子: VIBRN418_06191 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F9RBV9
#2: 化合物 ChemComp-MYS / PENTADECANE / ペンタデカン


分子量: 212.415 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H32
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5
詳細: 50mM Mes pH6.5, 100mM MgCl2, 30% PEG400, lipid cubic phase, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月18日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.698→55.19 Å / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.883 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Rsym value: 88.3 / % possible all: 76.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.698→55.19 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 1547 9.98 %
Rwork0.1982 --
obs0.199 15505 91.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.698→55.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数760 0 117 65 942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8111178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.041362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029130
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004123
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.698-1.75280.4442930.357843X-RAY DIFFRACTION61
1.7528-1.81550.30761140.30821065X-RAY DIFFRACTION78
1.8155-1.88820.25981310.24921203X-RAY DIFFRACTION88
1.8882-1.97410.2511340.21391242X-RAY DIFFRACTION91
1.9741-2.07820.25241430.19051267X-RAY DIFFRACTION93
2.0782-2.20840.20331480.16721321X-RAY DIFFRACTION96
2.2084-2.37890.16341520.16771343X-RAY DIFFRACTION98
2.3789-2.61830.22171530.17061369X-RAY DIFFRACTION99
2.6183-2.99710.1711530.1731385X-RAY DIFFRACTION99
2.9971-3.7760.19481580.17581415X-RAY DIFFRACTION100
3.776-55.21940.19181680.2221505X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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