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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qn4 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Neuraminidase N6 | |||||||||
要素 | Neuraminidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / 6-BLADED BETA-PROPELLER / CALCIUM BINDING / GLYCOSYLATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun, X. / Li, Q. / Wu, Y. / Liu, Y. / Qi, J. / Vavricka, C.J. / Gao, G.F. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014 タイトル: Structure of influenza virus N7: the last piece of the neuraminidase "jigsaw" puzzle. 著者: Sun, X. / Li, Q. / Wu, Y. / Wang, M. / Liu, Y. / Qi, J. / Vavricka, C.J. / Gao, G.F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qn4.cif.gz | 353.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qn4.ent.gz | 287.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qn4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4qn4_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4qn4_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4qn4_validation.xml.gz | 40 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4qn4_validation.cif.gz | 62.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/4qn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/4qn4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 43194.707 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 80-470 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/chicken/Nanchang/7-010/2000(H3N6)) (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: NA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q2FCL6 |
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-糖 , 2種, 4分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 1066分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.3 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M Tris, 8%(w/v) PEG 20000, pH 8.0, EVAPORATION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月21日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 131314 / Num. obs: 131314 / % possible obs: 98.03 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1V0Z 解像度: 1.8→47.686 Å / FOM work R set: 0.9219 / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.95 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.32 Å2 / Biso mean: 13.41 Å2 / Biso min: 1.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.686 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -20.4314 Å / Origin y: 50.2772 Å / Origin z: -37.2658 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |