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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qn3 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Neuraminidase N7 | |||||||||
![]() | Neuraminidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / 6-BLADED BETA-PROPELLER / CALCIUM BINDING / GLYCOSYLATION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sun, X. / Li, Q. / Wu, Y. / Liu, Y. / Qi, J. / Vavricka, C.J. / Gao, G.F. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of influenza virus N7: the last piece of the neuraminidase "jigsaw" puzzle. 著者: Sun, X. / Li, Q. / Wu, Y. / Wang, M. / Liu, Y. / Qi, J. / Vavricka, C.J. / Gao, G.F. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 320.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 265.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 42955.070 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 81-470 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: NA 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q20R18 |
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-糖 , 3種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | #3: 多糖 | #5: 糖 | |
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-非ポリマー , 2種, 522分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M calcium acetate, 0.1M sodium acetate, 10%(w/v) polyethylene glycol 4000, pH 4.5, EVAPORATION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月12日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.092→50 Å / Num. all: 44404 / Num. obs: 44404 / % possible obs: 98.55 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 91.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.2 Å2 / Biso mean: 26.77 Å2 / Biso min: 10.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.092→33.587 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -14.0777 Å / Origin y: -15.8532 Å / Origin z: 31.1462 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |