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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4h53 | |||||||||
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Title | Influenza N2-Tyr406Asp neuraminidase in complex with beta-Neu5Ac | |||||||||
![]() | Neuraminidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / NEURAMINIDASE / INFLUENZA VIRUS SURFACE | |||||||||
Function / homology | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Vavricka, C.J. / Liu, Y. / Kiyota, H. / Sriwilaijaroen, N. / Qi, J. / Tanaka, K. / Wu, Y. / Li, Q. / Li, Y. / Yan, J. ...Vavricka, C.J. / Liu, Y. / Kiyota, H. / Sriwilaijaroen, N. / Qi, J. / Tanaka, K. / Wu, Y. / Li, Q. / Li, Y. / Yan, J. / Suzuki, Y. / Gao, G.F. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Influenza neuraminidase operates via a nucleophilic mechanism and can be targeted by covalent inhibitors Authors: Vavricka, C.J. / Liu, Y. / Kiyota, H. / Sriwilaijaroen, N. / Qi, J. / Tanaka, K. / Wu, Y. / Li, Q. / Li, Y. / Yan, J. / Suzuki, Y. / Gao, G.F. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 522.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 4.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 77 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 118.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4h52C ![]() 3tiaS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 43006.688 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: ECTODOMAIN, UNP residues 82-469 / Mutation: Y406D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 7 types, 14 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/SLB.gif)
![](data/chem/img/SLB.gif)
#2: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||||||||||
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#3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #8: Sugar | ChemComp-NAG / | #9: Sugar | |
-Non-polymers , 3 types, 2190 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-GOL / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.1M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/v Polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 30, 2012 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 248232 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.55 Å / % possible all: 99.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3TIA Resolution: 1.5→39.051 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / FOM work R set: 0.9266 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / Phase error: 14.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.664 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 60.62 Å2 / Biso mean: 12.3543 Å2 / Biso min: 3.2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→39.051 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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