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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qmq | ||||||
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タイトル | MST3 in complex with CP-673451 | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase 24 | ||||||
キーワード | Transferase/transferase inhibitor / PROTEIN KINASE / MST3 / STK24 / STERILE 20-LIKE KINASE / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / SERINE/THREONINE-TRANSFERASE / Transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Apoptotic execution phase / FAR/SIN/STRIPAK complex / regulation of axon regeneration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / execution phase of apoptosis / positive regulation of axon regeneration / Apoptotic cleavage of cellular proteins / cellular response to starvation / negative regulation of cell migration / cellular response to oxidative stress ...Apoptotic execution phase / FAR/SIN/STRIPAK complex / regulation of axon regeneration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / execution phase of apoptosis / positive regulation of axon regeneration / Apoptotic cleavage of cellular proteins / cellular response to starvation / negative regulation of cell migration / cellular response to oxidative stress / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cadherin binding / protein phosphorylation / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.769 Å | ||||||
データ登録者 | Olesen, S.H. / Watts, C. / Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2016 タイトル: Discovery of Diverse Small-Molecule Inhibitors of Mammalian Sterile20-like Kinase 3 (MST3). 著者: Olesen, S.H. / Zhu, J.Y. / Martin, M.P. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qmq.cif.gz | 79.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qmq.ent.gz | 57.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qmq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4qmq_validation.pdf.gz | 741.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4qmq_full_validation.pdf.gz | 744.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4qmq_validation.xml.gz | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4qmq_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/4qmq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/4qmq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4qmlC 4qmmC 4qmnC 4qmoC 4qmpC 4qmsC 4qmtC 4qmuC 4qmvC 4qmwC 4qmxC 4qmyC 4qmzC 4qnaC 4qo9C 3ckwS 4qmr C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | monomer per ASU |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35023.934 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MST3, STK24, STK3 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL 参照: UniProt: Q9Y6E0, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-34U / |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE CRYSTALLIZ |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12.5 mg/mL MST3, 1 mM CP-673451, 25 mM TRIS, PH 8.0, 50 MM HEPES pH 7.5, 125 mM SODIUM CHLORIDE, 100 mM MAGNESIUM CHLORIDE, 15% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月26日 |
放射 | モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL SI(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→20 Å / Num. obs: 34556 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 33 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.317 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3CKW 解像度: 1.769→19.885 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.769→19.885 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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