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- PDB-4qlp: Atomic structure of tuberculosis necrotizing toxin (TNT) complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qlp
タイトルAtomic structure of tuberculosis necrotizing toxin (TNT) complexed with its immunity factor IFT
要素
  • Alanine and proline rich protein, tuberculosis necrotizing toxin (TNT)
  • immunity factor IFT
キーワードhydrolase/protein binding / DUF4237 / NAD-binding domain / b-NAD+ glycohydrolase / factor Rv3902c renamed here as immunity factor of TNT / Membrane / hydrolase-protein binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Phagocyte cell death caused by cytosolic Mtb / NAD+ glycohydrolase / NADP+ nucleosidase activity / NAD+ nucleosidase activity / symbiont-mediated killing of host cell / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / host cell cytosol / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport ...Phagocyte cell death caused by cytosolic Mtb / NAD+ glycohydrolase / NADP+ nucleosidase activity / NAD+ nucleosidase activity / symbiont-mediated killing of host cell / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / host cell cytosol / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / peptidoglycan-based cell wall / cell outer membrane / toxin activity / cell surface / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunity protein IFT-like / Immunity protein 61 / Tuberculosis necrotizing toxin / Tuberculosis necrotizing toxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane channel protein CpnT / Immunity factor for TNT
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Cingolani, G. / Lokareddy, R.K. / Sun, J. / Siroy, A. / Speer, A. / Doornbos, K.S. / Niederweis, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: The tuberculosis necrotizing toxin kills macrophages by hydrolyzing NAD.
著者: Sun, J. / Siroy, A. / Lokareddy, R.K. / Speer, A. / Doornbos, K.S. / Cingolani, G. / Niederweis, M.
履歴
登録2014年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Structure summary
改定 1.22015年9月30日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: immunity factor IFT
B: Alanine and proline rich protein, tuberculosis necrotizing toxin (TNT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6142
ポリマ－42,6142
非ポリマー00
水12,322684
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area16540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.618, 86.295, 62.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 immunity factor IFT


分子量: 19809.291 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 2-176 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv
遺伝子: HKBT1_4117, Rv3902c, Rv3903c, RVBD_3902c, RVBD_3903c
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05443
#2: タンパク質 Alanine and proline rich protein, tuberculosis necrotizing toxin (TNT)


分子量: 22805.186 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 651-846 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv
遺伝子: HKBT1_4118, Rv3902c, Rv3903c, RVBD_3902c, RVBD_3903c
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05442
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.2 M ammonium formate, 24% (w/v) PEG 3,350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X6A10.972
シンクロトロンNSLS X29A21.07
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 270r1CCD2014年4月9日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2014年4月10日
放射モノクロメーター: channel-cut Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9721
21.071
反射解像度: 1.1→20 Å / Num. all: 141169 / Num. obs: 141169 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.6 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.1-1.148.84.5285300.52155.5
1.14-1.1810.16.68116320.446175.7
1.18-1.2412.19.88146840.337195.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1696)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4O6G

4o6g


解像度: 1.1→20.598 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 13.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.143 1994 1.42 %RANDOM
Rwork0.1285 ---
obs0.1287 140877 90.71 %-
all-141169 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→20.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2996 0 0 684 3680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4024407
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2541213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1001-1.12760.2118820.21055709X-RAY DIFFRACTION53
1.1276-1.15810.19511030.17467129X-RAY DIFFRACTION65
1.1581-1.19220.1661290.16058976X-RAY DIFFRACTION83
1.1922-1.23070.18591490.160110352X-RAY DIFFRACTION95
1.2307-1.27470.15451480.13910380X-RAY DIFFRACTION96
1.2747-1.32570.13731490.121610467X-RAY DIFFRACTION96
1.3257-1.3860.13461530.114610556X-RAY DIFFRACTION97
1.386-1.45910.12471520.111110593X-RAY DIFFRACTION97
1.4591-1.55050.121530.107210636X-RAY DIFFRACTION98
1.5505-1.67010.11271530.106610715X-RAY DIFFRACTION98
1.6701-1.83810.11521540.112510800X-RAY DIFFRACTION98
1.8381-2.10380.1351570.112610878X-RAY DIFFRACTION99
2.1038-2.64970.12421580.12111022X-RAY DIFFRACTION100
2.6497-20.60130.16991540.147410670X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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