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- PDB-4ql9: Crystal structure of C-terminus truncated Alkylhydroperoxide Redu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ql9
タイトルCrystal structure of C-terminus truncated Alkylhydroperoxide Reductase subunit C (AhpC1-182) from E. coli
要素Alkylhydroperoxide Reductase subunit C
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin / AhpC
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / peroxiredoxin activity / peroxidase activity / response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin ...Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkyl hydroperoxide reductase C / Alkyl hydroperoxide reductase C
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nartey, W. / Kamariah, N. / Gruber, G.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Key roles of the Escherichia coli AhpC C-terminus in assembly and catalysis of alkylhydroperoxide reductase, an enzyme essential for the alleviation of oxidative stress.
著者: Dip, P.V. / Kamariah, N. / Nartey, W. / Beushausen, C. / Kostyuchenko, V.A. / Ng, T.S. / Lok, S.M. / Saw, W.G. / Eisenhaber, F. / Eisenhaber, B. / Gruber, G.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: The ups and downs in AhpF: Structure, mechanism and ensemble formation of the Alkylhydroperoxide Reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
著者: Dip, P.V. / Kamariah, N. / Manimekalai, M.S.S. / Nartey, W. / Balakrishna, A.M. / Eisenhaber, F. / Eisenhaber, B. / Gruber, G.
履歴
登録2014年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C
B: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C
C: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C
D: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C
E: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,3745
ポリマ－101,3745
非ポリマー00
水00
1
A: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C
B: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C
C: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C
D: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C
E: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C

A: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C
B: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C
C: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C
D: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C
E: Alkylhydroperoxide Reductase subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,74710
ポリマ－202,74710
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area18920 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area67980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.908, 136.908, 147.807
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 160 / Label seq-ID: 1 - 160

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE

-
要素

#1: タンパク質
Alkylhydroperoxide Reductase subunit C / Alkyl hydroperoxide reductase / C22 subunit / Peroxiredoxin


分子量: 20274.730 Da / 分子数: 5 / 断片: C-terminus truncated form, UNP residues 1-182 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 DE3 / 遺伝子: ahpc / プラスミド: pET9-d1(+)-His6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: C6EK89, UniProt: A0A140NC97*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.82 % / Mosaicity: 0.403 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. all: 22425 / Num. obs: 22425 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 0.794 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.4-3.5280.50922230.596100
3.52-3.6680.35322160.629100
3.66-3.8380.26522220.663100
3.83-4.0380.19222220.716100
4.03-4.2880.13122120.794100
4.28-4.617.90.0922210.86799.9
4.61-5.077.80.08122501.00399.8
5.07-5.87.80.09522360.92599.7
5.8-7.297.50.07422760.93799.7
7.29-307.10.04123470.82798.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O5R

4o5r


解像度: 3.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 49.219 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.463 / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1142 5.1 %RANDOM
Rwork0.2121 ---
obs0.2133 22401 99.55 %-
all-22401 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.58 Å2 / Biso mean: 55.202 Å2 / Biso min: 28.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å2-0.31 Å20 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3---0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6535 0 0 0 6535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.026689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7121.9369062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.625824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.83424.615325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.708151108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.7611530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2994
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0215125
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1265 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: MEDIUM POSITIONAL / Weight position: 0.5

Dom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
1A0.44
2B0.29
3C0.3
4D0.34
5E0.38
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 85 -
Rwork0.273 1437 -
all-1522 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4302-0.0799-1.19223.4375-0.00184.5236-0.1068-0.5084-0.2450.1148-0.03060.01210.42890.06510.13740.0984-0.0055-0.06710.1301-0.01410.215139.4276-89.2554-35.6273
26.3013-1.6095-1.69293.09820.79493.3767-0.1747-0.4446-0.31660.27730.2559-0.03960.27020.1745-0.08120.10330.0677-0.10760.308-0.04870.169643.587-73.306-14.6865
35.0204-3.1044-0.79253.47950.28642.6025-0.16-0.54610.28480.4420.1492-0.0021-0.02720.24820.01080.0805-0.02460.03050.3608-0.06350.22815.0223-55.6077-7.1496
44.0648-1.47911.52993.6018-0.90464.6554-0.0411-0.4720.25980.47330.1378-0.1962-0.5132-0.0374-0.09670.3061-0.130.11380.3852-0.14270.48619.7459-29.8351-11.7328
51.7626-0.39740.84173.0736-0.47634.4622-0.07630.30430.29230.12020.19070.2353-0.5478-0.3389-0.11450.2651-0.08270.2270.50220.07370.53861.2819-20.3244-39.4049
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 167
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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