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- PDB-4ql8: Crystal structure of Androgen Receptor in complex with the ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ql8
タイトルCrystal structure of Androgen Receptor in complex with the ligand
要素Androgen receptor
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


male somatic sex determination / : / lateral sprouting involved in mammary gland duct morphogenesis / POU domain binding / negative regulation of integrin biosynthetic process / regulation of developmental growth / male genitalia morphogenesis / positive regulation of integrin biosynthetic process / intracellular receptor signaling pathway / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis ...male somatic sex determination / : / lateral sprouting involved in mammary gland duct morphogenesis / POU domain binding / negative regulation of integrin biosynthetic process / regulation of developmental growth / male genitalia morphogenesis / positive regulation of integrin biosynthetic process / intracellular receptor signaling pathway / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / animal organ formation / androgen binding / Leydig cell differentiation / regulation of systemic arterial blood pressure / epithelial cell morphogenesis / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / membraneless organelle assembly / prostate gland epithelium morphogenesis / cellular response to testosterone stimulus / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / cellular response to steroid hormone stimulus / morphogenesis of an epithelial fold / seminiferous tubule development / androgen receptor signaling pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / single fertilization / mammary gland alveolus development / regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / estrogen receptor signaling pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of cell differentiation / molecular condensate scaffold activity / SUMOylation of intracellular receptors / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / multicellular organism growth / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of miRNA transcription / Nuclear Receptor transcription pathway / male gonad development / nuclear receptor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / MAPK cascade / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ATPase binding / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Androgen receptor / Androgen receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Androgen receptor / Androgen receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JAD / Androgen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Krishnamurthy, N. / Sangeetha, R. / Ghadiyaram, C. / Sasmal, S. / Subramanya, H.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: 3-alkoxy-pyrrolo[1,2-b]pyrazolines as selective androgen receptor modulators with ideal physicochemical properties for transdermal administration
著者: Ullrich, T. / Sasmal, S. / Boorgu, V. / Pasagadi, S. / Cheera, S. / Rajagopalan, S. / Bhumireddy, A. / Shashikumar, D. / Chelur, S. / Belliappa, C. / Pandit, C. / Krishnamurthy, N. / ...著者: Ullrich, T. / Sasmal, S. / Boorgu, V. / Pasagadi, S. / Cheera, S. / Rajagopalan, S. / Bhumireddy, A. / Shashikumar, D. / Chelur, S. / Belliappa, C. / Pandit, C. / Krishnamurthy, N. / Mukherjee, S. / Ramanathan, A. / Ghadiyaram, C. / Ramachandra, M. / Santos, P.G. / Lagu, B. / Bock, M.G. / Perrone, M.H. / Weiler, S. / Keller, H.
履歴
登録2014年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Androgen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4572
ポリマ－30,1511
非ポリマー3061
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.129, 65.476, 68.964
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Androgen receptor / Dihydrotestosterone receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 4


分子量: 30151.219 Da / 分子数: 1
断片: Androgen receptor ligand binding domain, UNP residues 662-919
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AR, DHTR, NR3C4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10275
#2: 化合物 ChemComp-JAD / 2-chloro-4-[(3S,3aS,4S)-4-hydroxy-3-methoxy-3a,4,5,6-tetrahydro-3H-pyrrolo[1,2-b]pyrazol-2-yl]-3-methylbenzonitrile / 4-[(3S)-4β-ヒドロキシ-3β-メトキシ-3aβ,4,5,6-テトラヒドロ-3H-ピロロ[1,2-b]ピラゾ-(以下略)


分子量: 305.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16ClN3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES pH (6.5-8.5), 1.5M MgSO4 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
PH範囲: 6.5 to 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 14439 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 22.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 1172 / % possible all: 80.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0001精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Z95

1z95


解像度: 2.1→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 6.189 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27502 723 5 %RANDOM
Rwork0.24363 ---
obs0.24522 13660 100 %-
all-14439 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.407 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.38 Å20 Å20 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1941 0 21 41 2003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0222019
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7841.9632733
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67134319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1495240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.51623.40791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.09715354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5151512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.022196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1770.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1360.21896
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0780.21081
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0850.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1150.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1510.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0950.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1591.51260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0171.5482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.27221943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.2283892
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.3724.5789
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 40 -
Rwork0.261 598 -
obs-1172 80.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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