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- PDB-4qky: Crystal Structure Analysis of the Membrane Transporter FhaC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qky
タイトルCrystal Structure Analysis of the Membrane Transporter FhaC
要素Filamentous hemagglutinin transporter protein FhaC
キーワードPROTEIN TRANSPORT / BETA BARREL / POTRA DOMAIN / outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


type V protein secretion system complex / protein secretion by the type V secretion system / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Two partner secretion pathway transporter / ShlB, POTRA domain / POTRA domain / Haemolysin activator HlyB, C-terminal / Haemolysin secretion/activation protein ShlB/FhaC/HecB / Polypeptide-transport-associated, ShlB-type / POTRA domain, ShlB-type / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac / POTRA domain ...Two partner secretion pathway transporter / ShlB, POTRA domain / POTRA domain / Haemolysin activator HlyB, C-terminal / Haemolysin secretion/activation protein ShlB/FhaC/HecB / Polypeptide-transport-associated, ShlB-type / POTRA domain, ShlB-type / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac / POTRA domain / POTRA domain profile. / Porin / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Filamentous hemagglutinin transporter protein FhaC
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Maier, T. / Clantin, B. / Gruss, F. / Dewitte, F. / Delattre, A.S. / Jacob-Dubuisson, F. / Hiller, S. / Villeret, V.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Conserved Omp85 lid-lock structure and substrate recognition in FhaC
著者: Maier, T. / Clantin, B. / Gruss, F. / Dewitte, F. / Delattre, A.S. / Jacob-Dubuisson, F. / Hiller, S. / Villeret, V.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Translocation path of a substrate protein through its Omp85 transporter
著者: Baud, C. / Guerin, J. / Petit, E. / Lesne, E. / Dupre, E. / Locht, C. / Jacob-Dubuisson, F.
#2: ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structure of the membrane protein FhaC: a member of the Omp85-TpsB transporter superfamily
著者: Clantin, B. / Delattre, A.S. / Rucktooa, P. / Saint, N. / Meli, A.C. / Locht, C. / Jacob-Dubuisson, F. / Villeret, V.
履歴
登録2014年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2014年10月22日ID: 2QDZ
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Filamentous hemagglutinin transporter protein FhaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5082
ポリマ－61,4131
非ポリマー951
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.600, 136.650, 112.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Filamentous hemagglutinin transporter protein FhaC / TpsB transporter


分子量: 61412.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 株: Tohama I / ATCC BAA-589 / NCTC 13251 / 遺伝子: BP1884, fhaC / プラスミド: PT7FCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-OMP5 / 参照: UniProt: P35077
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 32% PEG 1000, 1% beta-octyl-glucoside, 400mM imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.978951 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月7日
放射モノクロメーター: monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→39.34 Å / Num. all: 18626 / Num. obs: 18626 / % possible obs: 98.77 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 87.88 Å2
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→39.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8664 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8356 / SU R Cruickshank DPI: 0.648 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.606 / SU Rfree Blow DPI: 0.353 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.364 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2793 1854 9.95 %RANDOM
Rwork0.2218 ---
all0.2274 18626 --
obs0.2274 18626 98.77 %-
原子変位パラメータBiso mean: 91.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--22.9631 Å20 Å20 Å2
2--11.3135 Å20 Å2
3---11.6496 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.449 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3726 0 5 0 3731
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1731SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes93HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes559HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3805HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion468SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4008SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3805HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5151HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.6
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 279 9.44 %
Rwork0.2144 2675 -
all0.2189 2954 -
obs-2954 98.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10-1.0502-0.00655.4566-1.25672.907-0.0544-0.12940.129-0.0670.0325-0.0468-0.143-0.03480.02190.06250.152-0.0226-0.00270.0385-0.2201-30.275533.323864.1735
22.8927-0.8358-0.62332.1915-0.61248.3155-0.0824-0.54420.23870.3616-0.0052-0.32040.04250.31760.08760.1026-0.02360.0426-0.107-0.0395-0.197417.01342.444228.7658
33.20250.46420.54623.0431-1.66146.3390.10440.38150.22490.39260.11630.5442-0.5442-0.4532-0.2208-0.09080.04610.1168-0.2042-0.0628-0.03258.721811.86981.0701
41.85571.0307-0.2632.8613-0.84832.38190.27490.13940.28490.1236-0.13050.0649-0.54420.1629-0.1444-0.0971-0.1520.1328-0.1680.0489-0.236431.223435.5978-8.8335
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|7 - A|35 }A7 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|58 - A|133 }A58 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|134 - A|208 }A134 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|209 - A|554 }A209 - 554

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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