PDB-4qkw: Crystal structure of the zebrafish cavin4a HR1 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qkw

タイトル

Crystal structure of the zebrafish cavin4a HR1 domain

要素

Muscle-related coiled-coil protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / coiled-coil / signalling / plasma membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

T-tubule organization / muscle organ development / sarcomere / caveola / regulation of gene expression / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kovtun, O. / Tillu, V. / Parton, R.G. / Collins, B.M.

引用

ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the organization of the cavin membrane coat complex
著者: Kovtun, O. / Tillu, V.A. / Jung, W. / Leneva, N. / Ariotti, N. / Chaudhary, N. / Mandyam, R.A. / Ferguson, C. / Morgan, G.P. / Johnston, W.A. / Harrop, S.J. / Alexandrov, K. / Parton, R.G. / Collins, B.M.

履歴

登録	2014年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qkw.cif.gz	132.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qkw.ent.gz	105.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qkw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/4qkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/4qkw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qkvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wpq-d 5wme-d 5i8d-d 5tfm-d 5tfk-d 5wjb-2 5wjb-1 5w4t-2 5uz8-d 4ytd-d 2wps-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Muscle-related coiled-coil protein

B: Muscle-related coiled-coil protein

C: Muscle-related coiled-coil protein

ヘテロ分子

36.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.861, 31.961, 84.764
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.46, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Muscle-related coiled-coil protein / Muscle-restricted coiled-coil protein 分子量: 12182.922 Da / 分子数: 3 / 断片: HR1 domain, UNP residues 16-123 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: murc, zgc:158664 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: A1L260
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.04 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Hepes (pH 7.5), 20% PEG400, 30% 1,2 propanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013
放射	モノクロメーター: undulator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→45.8 Å / Num. obs: 211025 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.826 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 30445 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→42.254 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2449	1731	5.04 %
R_work	0.2123	-	-
obs	0.2139	34336	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.254 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2333	0	1	238	2572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2359
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.83	3174
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.768	943
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	400
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	406

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.7-1.75	0.3117	141	0.2722	2659
1.75-1.8065	0.3009	149	0.2681	2691
1.8065-1.8711	0.2709	128	0.2374	2708
1.8711-1.946	0.2694	134	0.2363	2659
1.946-2.0346	0.2747	151	0.2328	2714
2.0346-2.1418	0.257	169	0.2106	2694
2.1418-2.276	0.2182	152	0.1912	2702
2.276-2.4517	0.2383	137	0.1909	2706
2.4517-2.6984	0.241	135	0.191	2730
2.6984-3.0888	0.2313	142	0.1999	2728
3.0888-3.8911	0.2209	142	0.1954	2764
3.8911-42.2668	0.2573	151	0.2333	2850

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.3026	0.8896	-4.1998	-0.4774	-0.0663	2.0985	0.485	0.3315	0.9886	0.0377	-0.0994	0.0911	-0.1459	-0.1368	-0.4095	0.2306	0.0463	0.0581	0.2744	0.0301	0.4114	-7.1971	14.0399	74.9769
2	6.3797	-1.6235	-3.6007	-0.2621	0.9612	1.2555	-0.2278	1.337	-0.6889	-0.101	-0.1222	0.0593	-0.1316	-0.5475	-0.0117	0.3026	0.1495	-0.0075	0.4105	-0.0188	0.3121	54.0587	5.4207	51.8094
3	2.087	0.604	-0.4668	5.9192	0.2103	7.0559	-0.2251	-0.1371	-0.9338	-0.0409	0.2882	-0.9186	0.0108	1.0994	0.0982	0.2895	0.0645	0.0637	0.3924	0.0216	0.4266	89.9332	1.7377	48.7216
4	4.072	0.0417	-1.3216	0.0402	0.0185	0.3392	0.0924	0.2458	0.1345	-0.043	-0.0178	0.0078	-0.0087	-0.0282	-0.0927	0.1659	0.0439	-0.0015	0.2236	0.0176	0.2186	21.1768	9.7105	67.3103
5	3.8995	-3.6451	-2.0163	4.3891	2.873	3.243	0.01	1.031	0.2432	-0.7174	-0.1056	-0.6852	-0.4077	-0.2379	-0.0395	0.3675	-0.0162	0.0737	0.2566	0.017	0.2403	86.2551	7.3557	38.2409
6	6.0524	-2.267	-1.779	0.6999	0.5259	0.3204	0.0612	0.55	-0.5957	-0.062	-0.1053	0.2048	0.0268	-0.1145	-0.0273	0.2201	0.0746	-0.0546	0.3179	-0.0115	0.3731	-2.3899	8.2652	68.4068
7	5.0089	1.5384	-3.2546	0.553	-1.1996	2.3797	0.4948	-1.0364	-0.7458	0.1282	-0.3595	0.0181	-0.0865	0.1794	0.0752	0.2943	0.1675	0.0546	0.4481	0.1172	0.3852	54.2622	5.465	62.178
8	2.274	2.8957	-3.0414	5.2362	-2.5741	7.7289	0.1356	-0.6231	-0.1302	0.2702	-0.2212	-0.4358	-0.2941	0.6861	0.138	0.2526	0.0647	-0.0488	0.2022	-0.0231	0.1847	82.0883	10.8407	52.3289

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 18 through 68 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 69 through 106 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 107 through 118 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 20 through 105 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 106 through 118 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 20 through 76 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 77 through 96 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 97 through 116 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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