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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qkk | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of an oligonucleotide containing 5-formylcytosine | ||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Oligonucleotide / Epigenetic Ten-Eleven / Translocation proteins / Thymine DNA glycosylase / Formylcytosine | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / P-SAD / 解像度: 1.4 Å | データ登録者 | Raiber, E.-A. / Murat, P. / Chirgadze, D.Y. / Luisi, B.F. / Balasubramanian, S. | 引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015 | タイトル: 5-Formylcytosine alters the structure of the DNA double helix. 著者: Raiber, E.A. / Murat, P. / Chirgadze, D.Y. / Beraldi, D. / Luisi, B.F. / Balasubramanian, S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qkk.cif.gz | 27.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qkk.ent.gz | 19.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qkk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4qkk_validation.pdf.gz | 366.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4qkk_full_validation.pdf.gz | 368.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4qkk_validation.xml.gz | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4qkk_validation.cif.gz | 4.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/4qkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/4qkk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3747.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.01M magnesium sulphate, 0.05M sodium cacodylate, 1.8M lithium sulphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月17日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→46.25 Å / Num. all: 9608 / Num. obs: 9608 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1715 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1347 / Rsym value: 0.1715 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: P-SAD / 解像度: 1.4→25.974 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→25.974 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %
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