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- PDB-4qkk: Crystal structure of an oligonucleotide containing 5-formylcytosine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qkk
タイトルCrystal structure of an oligonucleotide containing 5-formylcytosine
要素DNA (5'-D(*CP*TP*AP*(5FC)P*GP*(5FC)P*GP*(5FC)P*GP*TP*AP*G)-3')
キーワードDNA / Oligonucleotide / Epigenetic Ten-Eleven / Translocation proteins / Thymine DNA glycosylase / Formylcytosine
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / P-SAD / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Raiber, E.-A. / Murat, P. / Chirgadze, D.Y. / Luisi, B.F. / Balasubramanian, S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: 5-Formylcytosine alters the structure of the DNA double helix.
著者: Raiber, E.A. / Murat, P. / Chirgadze, D.Y. / Beraldi, D. / Luisi, B.F. / Balasubramanian, S.
履歴
登録2014年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entity_src_syn / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*(5FC)P*GP*(5FC)P*GP*(5FC)P*GP*TP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7471
ポリマ－3,7471
非ポリマー00
水97354
1
A: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*(5FC)P*GP*(5FC)P*GP*(5FC)P*GP*TP*AP*G)-3')

A: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*(5FC)P*GP*(5FC)P*GP*(5FC)P*GP*TP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4952
ポリマ－7,4952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)44.393, 44.393, 46.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*(5FC)P*GP*(5FC)P*GP*(5FC)P*GP*TP*AP*G)-3')


分子量: 3747.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.01M magnesium sulphate, 0.05M sodium cacodylate, 1.8M lithium sulphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月17日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→46.25 Å / Num. all: 9608 / Num. obs: 9608 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1715 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1347 / Rsym value: 0.1715 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: P-SAD / 解像度: 1.4→25.974 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1593 479 5.01 %Random
Rwork0.1401 ---
all0.1411 9567 --
obs0.1411 9567 99.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→25.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 249 0 54 303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.377427
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.801101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0844
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01112
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.4-1.60260.2961520.21042954
1.6026-2.0190.1651620.16312986
2.019-25.97840.14651650.12883148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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