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- PDB-4qkc: Influenza A M2 wild type TM domain at low pH in the lipidic cubic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qkc
タイトルInfluenza A M2 wild type TM domain at low pH in the lipidic cubic phase under cryo diffraction conditions
要素influenza M2 monomer
キーワードVIRAL PROTEIN / transmembrane alpha helix / pH-activated proton channel
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host autophagy / : / proton transmembrane transporter activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus matrix protein 2 / Influenza Matrix protein (M2)
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Matrix protein 2 / Matrix protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Thomaston, J.L. / DeGrado, W.F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: High-resolution structures of the M2 channel from influenza A virus reveal dynamic pathways for proton stabilization and transduction.
著者: Thomaston, J.L. / Alfonso-Prieto, M. / Woldeyes, R.A. / Fraser, J.S. / Klein, M.L. / Fiorin, G. / DeGrado, W.F.
履歴
登録2014年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: influenza M2 monomer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6457
ポリマ－2,7541
非ポリマー8916
水75742
1
A: influenza M2 monomer
ヘテロ分子

A: influenza M2 monomer
ヘテロ分子

A: influenza M2 monomer
ヘテロ分子

A: influenza M2 monomer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,58028
ポリマ－11,0174
非ポリマー3,56324
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-240 kcal/mol
Surface area6510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.310, 29.310, 67.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-46-

LEU

21A-101-

CA

31A-102-

CL

41A-216-

HOH

51A-217-

HOH

61A-218-

HOH

71A-225-

HOH

81A-226-

HOH

91A-233-

HOH

101A-237-

HOH

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質・ペプチド influenza M2 monomer


分子量: 2754.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is found in the influenza A virus (strain A/Udorn/307/1972 H3N2) and was manually synthesized using Fmoc chemistry. N- and C-terminal modifications are present.
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: W8PGZ1, UniProt: P0DOF5*PLUS

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非ポリマー , 5種, 48分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 283 K / 手法: lcp sandwich plates / pH: 5.5
詳細: 1.8 M calcium chloride, 0.9 M MES pH 5.5, 39.6% v/v PEG 400, 5% v/v Jeffamine M-600 pH 7.0 additive, LCP sandwich plates, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.953724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月11日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→20.73 Å / Num. all: 11654 / Num. obs: 11596 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 9.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.1→1.11 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: chain A of 3C9J

3c9j


解像度: 1.1→13.064 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1276 1157 10.1 %
Rwork0.1077 --
obs0.1097 11453 99.37 %
all-11654 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→13.064 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数196 0 57 42 295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.043421
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.054564
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.463175
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00858
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1001-1.15010.18891440.1561273X-RAY DIFFRACTION99
1.1501-1.21070.12541450.11191279X-RAY DIFFRACTION99
1.2107-1.28650.11141450.09371299X-RAY DIFFRACTION100
1.2865-1.38570.12241440.09271295X-RAY DIFFRACTION100
1.3857-1.5250.12291420.0811283X-RAY DIFFRACTION100
1.525-1.74520.10391480.08651297X-RAY DIFFRACTION100
1.7452-2.19710.10821480.10151303X-RAY DIFFRACTION100
2.1971-13.06460.14431410.12411267X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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