PDB-4qjk: Crystal structure of M. tuberculosis phosphopantetheinyl transfer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qjk

タイトル

Crystal structure of M. tuberculosis phosphopantetheinyl transferase PptT

要素

Phosphopantetheinyl transferase PptT

キーワード

TRANSFERASE / Phosphopantetheinyl Transferase / CoA Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore metabolic process / enterobactin synthetase complex / holo-[acyl-carrier-protein] synthase / enterobactin biosynthetic process / siderophore biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Noel, J.P. / Burkart, M.D. / Vickery, C.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure, biochemistry, and inhibition of essential 4'-phosphopantetheinyl transferases from two species of mycobacteria.
著者: Vickery, C.R. / Kosa, N.M. / Casavant, E.P. / Duan, S. / Noel, J.P. / Burkart, M.D.

履歴

登録	2014年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qjk.cif.gz	99.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qjk.ent.gz	83.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qjk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qjk_validation.pdf.gz	746.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qjk_full_validation.pdf.gz	746.7 KB	表示
XML形式データ	4qjk_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	4qjk_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/4qjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/4qjk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qjlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vlb-4 4qjl-d 6qwu-d 3cbr-d 2b14-d 5fw7-d 4abw-d 1e4h-d 1x7s-d 1x7t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphopantetheinyl transferase PptT

ヘテロ分子

27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.860, 121.505, 48.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-642- HOH

#1: タンパク質	Phosphopantetheinyl transferase PptT / Phosphopantetheinyl transferase PptT 分子量: 25996.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: NP_217310, pptT, Rv2794c, RVBD_2794c / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 DE3 参照: UniProt: O33336, holo-[acyl-carrier-protein] synthase
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.2 M lithium sulfate, 30% (w/v) PEG 8000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月4日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.54→41.23 Å / Num. all: 44369 / Num. obs: 44112 / % possible obs: 99.5 %

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
4.87-41.22	9.2	0.058	23.9	1	98.6
3.44-4.87	8.6	0.077	23.7	1	98.8
2.81-3.44	9.1	0.088	19.4	1	99.9
2.43-2.81	9.3	0.118	14.1	1	100
2.18-2.43	9.4	0.166	11	1	100
1.99-2.18	9.5	0.247	8.5	1	100
1.84-1.99	9.5	0.444	5.3	1	100
1.72-1.84	9.5	0.836	3.2	1	100
1.62-1.72	9.5	1.467	2	1	100
1.54-1.62	7.2	2.134	1.2	1	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	dev_1469	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
BOS		データ収集
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.59→41.23 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2042	3821	4.97 %
R_work	0.1697	-	-
obs	0.1714	76828	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→41.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1752	0	58	277	2087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1888
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.395	2596
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.324	689
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	293
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	328

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.6101	0.3478	130	0.3423	2600	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6101-1.6313	0.3314	137	0.3168	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6313-1.6537	0.3446	141	0.2989	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6537-1.6773	0.2917	140	0.2863	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6773-1.7023	0.3536	141	0.2752	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7023-1.7289	0.3017	142	0.2548	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7289-1.7573	0.2677	146	0.2469	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7573-1.7876	0.2287	143	0.2167	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7876-1.8201	0.235	142	0.2047	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8201-1.8551	0.2265	143	0.1928	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8551-1.893	0.2082	146	0.1914	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.893-1.9341	0.1846	147	0.1806	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9341-1.9791	0.2284	142	0.1788	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9791-2.0286	0.2515	144	0.1798	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0286-2.0834	0.2212	143	0.1665	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0834-2.1447	0.1871	145	0.1574	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1447-2.214	0.1546	148	0.1499	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.2931	0.1776	138	0.1425	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2931-2.3849	0.1675	142	0.1362	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3849-2.4934	0.1787	138	0.1448	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4934-2.6249	0.1744	148	0.1474	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6249-2.7893	0.1936	140	0.1569	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7893-3.0046	0.2087	140	0.1566	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0046-3.3068	0.2044	141	0.1625	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3068-3.785	0.2035	138	0.147	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
3.785-4.7676	0.1641	137	0.1288	2666	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7676-41.2436	0.1772	139	0.1656	2687	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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