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- PDB-4qip: Crystal Structure of Major Birch Pollen Allergen Bet v 1 isoform ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qip
タイトルCrystal Structure of Major Birch Pollen Allergen Bet v 1 isoform a in complex with Sodium Dodecyl Sulfate
要素Major pollen allergen Bet v 1-A
キーワードALLERGEN / PR-10 PROTEIN / Bet v 1-like Superfamily / Defense Response / Response to Biotic Stimulus
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related protein Bet v I family / Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major pollen allergen Bet v 1-A
類似検索 - 構成要素
生物種Betula pendula (シダレカンバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Freier, R.A. / Kofler, S.G. / Brandstetter, H.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2014
タイトル: Ligand binding modulates the structural dynamics and compactness of the major birch pollen allergen
著者: Grutsch, S. / Fuchs, J.E. / Freier, R. / Kofler, S. / Bibi, M. / Asam, C. / Wallner, M. / Ferreira, F. / Brandstetter, H. / Liedl, K.R. / Tollinger, M.
履歴
登録2014年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major pollen allergen Bet v 1-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0904
ポリマ－17,4621
非ポリマー6293
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.710, 55.590, 37.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Major pollen allergen Bet v 1-A / Allergen Bet v I-A


分子量: 17461.594 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-160 / 変異: D125A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Betula pendula (シダレカンバ) / 遺伝子: BETVIA, BETVI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: P15494
#2: 化合物 ChemComp-SDS / DODECYL SULFATE / 硫酸ドデシル


分子量: 266.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O4S / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.71 % / Mosaicity: 0.983 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2M AMMONIUM SULFATE 1.5% 2-METHYL-2,4-PENTANDIOL, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月26日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→37.83 Å / Num. all: 13028 / Num. obs: 13028 / % possible obs: 98.99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.38 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 8.124
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) allNum. measured allNum. unique all% possible all
1.78-1.873.130.322.175793185397.12
1.87-1.993.350.232.075985178798.07
1.99-2.123.420.153.435710166999.24
2.12-2.293.410.152.625376157598.85
2.29-2.513.560.088.055192145999.96
2.51-2.813.510.078.9446381322100
2.81-3.243.450.0610.814050117399.69
3.24-3.973.370.0610.44330898399.84
3.97-5.623.140.0412.87243277499.87
5.62-37.833.520.0316.63152543398.83

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.78 Å37.83 Å
Translation1.78 Å37.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALACCP4_3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MxCuBEデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A88

4a88


解像度: 2→37.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / WRfactor Rfree: 0.3084 / WRfactor Rwork: 0.2685 / FOM work R set: 0.777 / SU B: 11.504 / SU ML: 0.17 / SU R Cruickshank DPI: 0.307 / SU Rfree: 0.2275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2877 445 4.8 %RANDOM
Rwork0.2447 ---
all0.261 9169 --
obs0.2467 8758 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.27 Å2 / Biso mean: 19.636 Å2 / Biso min: 7.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20.95 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 39 48 1304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9331.9911759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9225166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.62925.71456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.33915211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.804153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0771.706643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7062.539804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7451.89655
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 30 -
Rwork0.291 642 -
all-672 -
obs--99.41 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.1005 Å / Origin y: 1.0657 Å / Origin z: 10.3951 Å
111213212223313233
T0.0091 Å20.0015 Å20.0012 Å2-0.0031 Å2-0.0052 Å2--0.0193 Å2
L0.2985 °20.1256 °20.0327 °2-0.2034 °2-0.1814 °2--0.2573 °2
S-0.0036 Å °-0.0046 Å °0.0178 Å °-0.001 Å °0.0106 Å °0.0109 Å °-0.0018 Å °-0.0168 Å °-0.007 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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