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- PDB-4qi7: Cellobiose dehydrogenase from Neurospora crassa, NcCDH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qi7
タイトルCellobiose dehydrogenase from Neurospora crassa, NcCDH
要素Cellobiose dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / immunoglobulin-like beta-sandwich (cytochrome) / FAD/NAD(P)-binding domain (dehydrogenase domain) / cellobiose oxidizing / electron transfer / lignocellulose degradation / cellobiose / LPMO
機能・相同性
機能・相同性情報


cellobiose dehydrogenase (acceptor) activity / cellulose binding / flavin adenine dinucleotide binding / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cellobiose dehydrogenase, cytochrome domain / Cytochrome domain of cellobiose dehydrogenase / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain ...: / Cellobiose dehydrogenase, cytochrome domain / Cytochrome domain of cellobiose dehydrogenase / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / alpha-D-mannopyranose / : / Cellobiose dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tan, T.C. / Gandini, R. / Sygmund, C. / Kittl, R. / Haltrich, D. / Ludwig, R. / Hallberg, B.M. / Divne, C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for cellobiose dehydrogenase action during oxidative cellulose degradation.
著者: Tan, T.C. / Kracher, D. / Gandini, R. / Sygmund, C. / Kittl, R. / Haltrich, D. / Hallberg, B.M. / Ludwig, R. / Divne, C.
履歴
登録2014年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiose dehydrogenase
B: Cellobiose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,87147
ポリマ－172,4722
非ポリマー10,39945
水00
1
A: Cellobiose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,96127
ポリマ－86,2361
非ポリマー5,72526
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cellobiose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,91120
ポリマ－86,2361
非ポリマー4,67519
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14080 Å2
ΔGint-325 kcal/mol
Surface area60710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.599, 141.851, 146.998
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cellobiose dehydrogenase


分子量: 86236.000 Da / 分子数: 2 / 断片: cellobiose dehydrogenase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 株: OR74A / 遺伝子: cdh-1, NCU00206 / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q7RXM0

-
糖 , 2種, 17分子

#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 28分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Mes-OH pH 6.5, 1.5 M magnesium sulfate, 0.02 M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0597
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0597 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→58.64 Å / Num. obs: 62494 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1477)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→51.04 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 1994 3.19 %
Rwork0.185 --
obs0.187 62460 99.9 %
all-62460 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→51.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12040 0 442 0 12482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01112821
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.65617537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4694481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581951
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072229
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.97260.46151360.40044275X-RAY DIFFRACTION100
2.9726-3.05290.41491480.33774259X-RAY DIFFRACTION100
3.0529-3.14270.35771360.31594280X-RAY DIFFRACTION100
3.1427-3.24420.36811420.28664247X-RAY DIFFRACTION100
3.2442-3.36010.33951410.25394298X-RAY DIFFRACTION100
3.3601-3.49460.26611390.20264258X-RAY DIFFRACTION100
3.4946-3.65360.23781480.17954275X-RAY DIFFRACTION100
3.6536-3.84620.2241360.15264313X-RAY DIFFRACTION100
3.8462-4.0870.20651430.14914314X-RAY DIFFRACTION100
4.087-4.40240.15831450.12554301X-RAY DIFFRACTION100
4.4024-4.84520.16461480.12064340X-RAY DIFFRACTION100
4.8452-5.54550.19221410.14234366X-RAY DIFFRACTION100
5.5455-6.9840.19171420.18214403X-RAY DIFFRACTION100
6.984-51.04530.24281490.19114537X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0395-0.01730.03580.0115-0.00530.02550.0081-0.0202-0.0224-0.1840.08720.0363-0.124-0.039700.8735-0.06240.05340.68740.00520.7002129.7641-28.518162.7006
20.0240.01740.05520.0522-0.01560.07280.01190.1122-0.17230.01740.09030.02180.0374-0.07550.00840.34470.06930.06530.16670.06410.3294133.9525-2.9267166.6186
30.46720.1579-0.13220.2454-0.20330.4093-0.0889-0.1654-0.429-0.02660.0583-0.135-0.41450.0674-0.02270.18310.0633-0.04330.23450.12640.0851150.476627.9552172.4699
40.01470.0125-0.00310.01710.01130.0259-0.00460.02860.15660.03430.0796-0.00990.0721-0.0445-01.2058-0.13060.25430.98410.0940.9926167.8689-28.2147154.1353
50.02460.01-0.0153-0.00850.03850.01970.0687-0.1073-0.0554-0.1008-0.07310.0960.1246-0.026300.8178-0.06290.23310.68510.06830.7642165.8161-29.8062158.1673
60.43730.3948-0.14560.684-0.25850.42760.11250.40920.11830.68730.20710.0179-0.192-0.20080.44590.0318-0.02090.1670.10030.20590.1345151.1894-9.5942211.9655
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 188 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 189 through 251 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 252 through 806 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 2 through 130 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 131 through 225 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 226 through 806 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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