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万見
- PDB-4qi2: X-ray structure of the ROQ domain from murine Roquin-1 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qi2
タイトルX-ray structure of the ROQ domain from murine Roquin-1 in complex with a 23-mer Tnf-CDE RNA
要素
  • RNA (5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
  • Roquin-1
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / ROQ domain / winged-helix domain / RNA binding / Tnf CDE RNA / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of germinal center formation / negative regulation of T-helper cell differentiation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CCR4-NOT complex binding / regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of miRNA metabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of mRNA catabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / T follicular helper cell differentiation ...negative regulation of germinal center formation / negative regulation of T-helper cell differentiation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CCR4-NOT complex binding / regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of miRNA metabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of mRNA catabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / T follicular helper cell differentiation / regulation of germinal center formation / P-body assembly / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / miRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / post-transcriptional regulation of gene expression / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of activated T cell proliferation / T cell homeostasis / B cell homeostasis / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to interleukin-1 / lymph node development / T cell proliferation / spleen development / regulation of mRNA stability / mRNA 3'-UTR binding / P-body / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / RING-type E3 ubiquitin transferase / RNA stem-loop binding / protein polyubiquitination / cytoplasmic stress granule / ubiquitin-protein transferase activity / double-stranded RNA binding / T cell receptor signaling pathway / regulation of gene expression / mRNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1790 / Roquin II / : / : / Roquin II domain / Roquin 1/2-like, ROQ domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1790 / Roquin II / : / : / Roquin II domain / Roquin 1/2-like, ROQ domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Roquin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Janowski, R. / Schlundt, A. / Sattler, M. / Niessing, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for RNA recognition in roquin-mediated post-transcriptional gene regulation.
著者: Schlundt, A. / Heinz, G.A. / Janowski, R. / Geerlof, A. / Stehle, R. / Heissmeyer, V. / Niessing, D. / Sattler, M.
履歴
登録2014年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Roquin-1
B: Roquin-1
C: Roquin-1
D: Roquin-1
E: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
F: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
G: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
H: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,6728
ポリマ－111,6728
非ポリマー00
水57632
1
A: Roquin-1
E: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9182
ポリマ－27,9182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10380 Å2
手法PISA
2
B: Roquin-1
F: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9182
ポリマ－27,9182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10320 Å2
手法PISA
3
C: Roquin-1
G: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9182
ポリマ－27,9182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10430 Å2
手法PISA
4
D: Roquin-1
H: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9182
ポリマ－27,9182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.560, 60.410, 84.370
Angle α, β, γ (deg.)105.68, 101.36, 95.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D
17E
27F
18E
28G
19E
29H
110F
210G
111F
211H
112G
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISGLNGLNAA173 - 32527 - 179
21HISHISGLNGLNBB173 - 32527 - 179
12GLNGLNLEULEUAA174 - 32428 - 178
22GLNGLNLEULEUCC174 - 32428 - 178
13HISHISLEULEUAA173 - 32427 - 178
23HISHISLEULEUDD173 - 32427 - 178
14GLNGLNLEULEUBB174 - 32428 - 178
24GLNGLNLEULEUCC174 - 32428 - 178
15HISHISLEULEUBB173 - 32427 - 178
25HISHISLEULEUDD173 - 32427 - 178
16GLNGLNLEULEUCC174 - 32428 - 178
26GLNGLNLEULEUDD174 - 32428 - 178
17UUGGEE4 - 204 - 20
27UUGGFF4 - 204 - 20
18UUGGEE4 - 204 - 20
28UUGGGG4 - 204 - 20
19UUGGEE4 - 204 - 20
29UUGGHH4 - 204 - 20
110UUGGFF4 - 204 - 20
210UUGGGG4 - 204 - 20
111UUGGFF4 - 214 - 21
211UUGGHH4 - 214 - 21
112UUGGGG4 - 204 - 20
212UUGGHH4 - 204 - 20

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
Roquin-1 / Roquin / Protein Sanroque / RING finger and C3H zinc finger protein 1 / RING finger and CCCH-type ...Roquin / Protein Sanroque / RING finger and C3H zinc finger protein 1 / RING finger and CCCH-type zinc finger domain-containing protein 1


分子量: 20528.561 Da / 分子数: 4 / 断片: ROQ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gm551, Kiaa2025, Rc3h1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q4VGL6
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*G)-3')


分子量: 7389.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA oligomer was chemically synthesized
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 200 mM NaCl, 100 mM Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 19951 / Num. obs: 19951 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4QI0

4qi0


解像度: 3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 22.868 / SU ML: 0.399 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.449 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24679 1020 5.1 %RANDOM
Rwork0.20316 ---
obs0.20549 18931 95.82 %-
all-18931 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.711 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.29 Å26.88 Å2-1.27 Å2
2---5.25 Å20.73 Å2
3----1.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4895 1576 0 32 6503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0176784
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5131.7639510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.166313035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5895608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.79823.875240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.24315941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6191544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.9217.6482444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.9087.6482443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.8811.4653048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.87911.4663049
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.6378.1754340
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.6338.1744339
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.99212.2126463
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.41666.8628364
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.41766.8728364
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A96520.06
12B96520.06
21A94670.06
22C94670.06
31A95250.06
32D95250.06
41B94600.07
42C94600.07
51B94830.08
52D94830.08
61C93130.06
62D93130.06
71E13730.1
72F13730.1
81E13420.09
82G13420.09
91E13440.09
92H13440.09
101F13750.08
102G13750.08
111F14200.11
112H14200.11
121G13940.03
122H13940.03
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 68 -
Rwork0.384 1390 -
obs--96.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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