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- PDB-4qi0: X-ray structure of the ROQ domain from murine Roquin-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qi0
タイトルX-ray structure of the ROQ domain from murine Roquin-1
要素Roquin-1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ROQ domain / winged-helix domain / RNA binding / Tnf CDE RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of germinal center formation / negative regulation of T-helper cell differentiation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CCR4-NOT complex binding / regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of miRNA metabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of mRNA catabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / T follicular helper cell differentiation ...negative regulation of germinal center formation / negative regulation of T-helper cell differentiation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CCR4-NOT complex binding / regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of miRNA metabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of mRNA catabolic process / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / T follicular helper cell differentiation / regulation of germinal center formation / miRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / P-body assembly / post-transcriptional regulation of gene expression / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of activated T cell proliferation / T cell homeostasis / B cell homeostasis / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to interleukin-1 / lymph node development / T cell proliferation / spleen development / regulation of mRNA stability / mRNA 3'-UTR binding / P-body / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / RING-type E3 ubiquitin transferase / RNA stem-loop binding / protein polyubiquitination / cytoplasmic stress granule / ubiquitin-protein transferase activity / T cell receptor signaling pathway / double-stranded RNA binding / regulation of gene expression / mRNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1790 / Roquin II / : / : / Roquin II domain / Roquin 1/2-like, ROQ domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1790 / Roquin II / : / : / Roquin II domain / Roquin 1/2-like, ROQ domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Janowski, R. / Schlundt, A. / Sattler, M. / Niessing, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for RNA recognition in roquin-mediated post-transcriptional gene regulation.
著者: Schlundt, A. / Heinz, G.A. / Janowski, R. / Geerlof, A. / Stehle, R. / Heissmeyer, V. / Niessing, D. / Sattler, M.
履歴
登録2014年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roquin-1
B: Roquin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1193
ポリマ－41,0572
非ポリマー621
水5,819323
1
A: Roquin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5912
ポリマ－20,5291
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Roquin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5291
ポリマ－20,5291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.220, 79.510, 184.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-471-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Roquin-1 / Roquin / Protein Sanroque / RING finger and C3H zinc finger protein 1 / RING finger and CCCH-type ...Roquin / Protein Sanroque / RING finger and C3H zinc finger protein 1 / RING finger and CCCH-type zinc finger domain-containing protein 1


分子量: 20528.561 Da / 分子数: 2 / 断片: ROQ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gm551, Kiaa2025, Rc3h1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q4VGL6
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 300 mM Na Tartrate, 100 mM Bis-Tris-Propane, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.90745 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.90745 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 30555 / Num. obs: 30555 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
Auto-Rickshaw位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.94→92.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 6.092 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20556 1251 4.1 %RANDOM
Rwork0.16141 ---
obs0.16327 29304 99.85 %-
all-29304 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.014 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→92.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2515 0 4 323 2842
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192714
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.881.9713694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94436209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1055362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.49424.211133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.315530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9681524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6331.3771308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6331.3751307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.522.0421644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5192.0461645
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.081.6871405
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.081.6881405
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3892.4332026
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.95712.3423319
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.69711.5393178
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 88 -
Rwork0.308 2123 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53790.04520.11620.69470.27281.46720.03770.027-0.05090.0402-0.00830.00440.01460.0053-0.02940.0214-0.00340.00430.0392-0.00540.0406-19.597-14.5175.586
20.28310.53650.43651.91661.3911.3054-0.0282-0.02650.0369-0.00290.00130.0981-0.051-0.01260.02690.1136-0.0056-0.02690.0727-0.00280.0239-13.3096.51637.47
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A174 - 326
2X-RAY DIFFRACTION2B165 - 326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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