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Yorodumi- PDB-4qhs: Crystal structure of AAA+sigma 54 activator domain of the flagell... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4qhs | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of AAA+sigma 54 activator domain of the flagellar regulatory protein FlrC of Vibrio cholerae in nucleotide free state | ||||||
Components | Flagellar regulatory protein C | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / AAA+ ATPase domain / ATPase activity | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationphosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Dey, S. / Biswas, M. / Sen, U. / Dasgupta, J. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2015Title: Unique ATPase site architecture triggers cis-mediated synchronized ATP binding in heptameric AAA+-ATPase domain of flagellar regulatory protein FlrC Authors: Dey, S. / Biswas, M. / Sen, U. / Dasgupta, J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4qhs.cif.gz | 687.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4qhs.ent.gz | 573.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4qhs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4qhs_validation.pdf.gz | 511.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4qhs_full_validation.pdf.gz | 551 KB | Display | |
| Data in XML | 4qhs_validation.xml.gz | 70 KB | Display | |
| Data in CIF | 4qhs_validation.cif.gz | 97.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/4qhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/4qhs | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4qhtC ![]() 3dzdS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 29832.258 Da / Num. of mol.: 7 / Fragment: UNP residues 132-381 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 59.03 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 10% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.98 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2013 |
| Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.3→49.387 Å / Num. all: 108073 / Num. obs: 96306 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
| Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / % possible all: 89.01 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3DZD Resolution: 2.3→49.387 Å / FOM work R set: 0.7949 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.21 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 148.38 Å2 / Biso mean: 55.4 Å2 / Biso min: 25.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→49.387 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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