PDB-4qh1: The GLIC pentameric Ligand-Gated Ion Channel (wild-type) in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qh1

タイトル

The GLIC pentameric Ligand-Gated Ion Channel (wild-type) in complex with bromoacetate

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) /

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

membrane (生体膜)

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex /

potassium channel activity /

regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection /

シグナル伝達 / identical protein binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Fourati, Z. / Delarue, M. / Sauguet, L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural characterization of potential modulation sites in the extracellular domain of the prokaryotic pentameric proton-gated ion channel GLIC
著者: Fourati, Z. / Delarue, M. / Sauguet, L.

履歴

登録	2014年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qh1.cif.gz	633.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qh1.ent.gz	541.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qh1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/4qh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/4qh1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qh5C 4qh4 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hfh-d 6f10-d 6f0j-d 6hjb-d 4il4-d 6hy5-d 3uu6-d 6f12-d 6hjz-2 3uub-1 6hz1-d 6hjz-1 3uu5-d 6f0r-d 4hfi-d 3uu8-d 6f0m-d 4ila-d 6hj3-d 6hji-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (7) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

183 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.431, 134.021, 158.861
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.86, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36220.672 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物分子量: 79.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-BXA / bromoacetic acid / ブロモ酢酸 / ブロモ酢酸分子量: 138.948 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃BrO₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.43 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 400 mM Sodium Isothiocyanate, 100 mM Sodium acetate, 16% glycerol, 12-15% PEG4000 2% DMSO, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9191 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月21日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9191 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.39→49.4 Å / Num. all: 317163 / Num. obs: 100895 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / B_iso Wilson estimate: 94.55 Å²
反射シェル	解像度: 3.39→3.57 Å / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
REFMAC		精密化
BUSTER	2.11.4	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.4→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8911 / SU R Cruickshank DPI: 8.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2251	2593	5.08 %	RANDOM
R_work	0.2022	-	-	-
obs	0.2033	51007	99.9 %	-
all	-	51007	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 120.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.1756 Å²	0 Å²	30.3243 Å²
2-	-	-9.4581 Å²	0 Å²
3-	-	-	24.6337 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.795 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12625	0	56	9	12690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13045	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.01	17840	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4320	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		261	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1892	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13045	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.78
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.55
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1761	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14953	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3013	205	5.45 %
R_work	0.2731	3554	-
all	0.2746	3759	-
obs	-	-	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2443	0.1134	1.9542	1.2863	-0.1941	4.0227	-0.0667	-0.1043	0.1302	-0.0546	0.1163	0.1035	-0.4612	-0.2937	-0.0496	0.1687	0.168	-0.2462	-0.3538	-0.0358	-0.2218	40.348	-6.6024	29.6105
2	2.7339	0.2388	2.8633	0.9412	0.3615	4.2553	0.0841	-0.1164	-0.1068	0.0016	0.0211	0.2102	-0.1419	-0.3923	-0.1053	-0.0731	0.0413	-0.2303	-0.0523	-0.0001	-0.1762	28.3742	-27.9653	35.6136
3	1.5573	0.2739	1.6133	1.6332	0.5916	3.4118	0.2664	-0.0729	-0.3602	-0.1258	-0.0434	0.1705	0.3564	-0.295	-0.223	0.0053	0.0549	-0.3016	-0.2818	-0.0524	-0.1333	42.2951	-47.6139	28.6465
4	1.3819	0.0847	1.5046	1.0498	-0.0363	4.9377	-0.0017	0.2078	-0.1625	-0.2425	-0.0027	-0.0791	-0.1436	0.4302	0.0045	0.0841	0.2079	-0.2644	-0.2158	-0.1278	-0.2236	63.1223	-38.5491	17.6516
5	0.8949	-0.3595	0.9524	1.1015	-0.7944	3.9162	-0.0288	0.152	0.0818	-0.2441	-0.0063	-0.0994	-0.1614	0.2975	0.0352	0.1789	-0.0877	-0.2459	-0.2296	0.0446	-0.2129	61.8866	-13.1469	18.3099

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	5 - 315
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	5 - 315
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	5 - 315
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	5 - 315
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	5 - 315

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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