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- PDB-4qh0: Crystal structure of NucA from Streptococcus agalactiae with magn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qh0
タイトルCrystal structure of NucA from Streptococcus agalactiae with magnesium ion bound
要素DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease)
キーワードHYDROLASE / Nuclease / beta beta alpha metal finger / virulence factor
機能・相同性Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Streptococcus agalactiae ILRI112 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Moon, A.F. / Gaudu, P. / Pedersen, L.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural characterization of the virulence factor nuclease A from Streptococcus agalactiae.
著者: Moon, A.F. / Gaudu, P. / Pedersen, L.C.
履歴
登録2014年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease)
B: DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease)
C: DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease)
D: DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,60239
ポリマ－100,9584
非ポリマー2,64435
水13,872770
1
A: DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8159
ポリマ－25,2401
非ポリマー5768
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8408
ポリマ－25,2401
非ポリマー6017
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,91110
ポリマ－25,2401
非ポリマー6729
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,03512
ポリマ－25,2401
非ポリマー79611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease)
C: DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,72619
ポリマ－50,4792
非ポリマー1,24717
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
6
B: DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease)
D: DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,87620
ポリマ－50,4792
非ポリマー1,39618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.721, 123.721, 157.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease)


分子量: 25239.607 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain / 変異: H148A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae ILRI112 (バクテリア)
遺伝子: SAIL_8320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R5A2Y6

-
非ポリマー , 5種, 805分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50mM Tris, 1.6M, ammonium sulfate, 10mM MgCl2 and 1:136 molar ratio of protein to 8mer duplex of 5'-GCGATCGC-3' DNA (not visible in structure), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月26日 / 詳細: VariMaxHF
放射モノクロメーター: VariMaxHF Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 89816 / Num. obs: 89816 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 7329 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 79.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4QGO

4qgo


解像度: 2→24.854 Å / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.61 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1903 1976 2.2 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.1575 89709 97.11 %-
all-89816 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.854 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6839 0 133 770 7742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8169786
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5532520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491055
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031299
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9976-2.04750.27621070.25044953X-RAY DIFFRACTION76
2.0475-2.10290.25971220.21965801X-RAY DIFFRACTION88
2.1029-2.16470.2881380.21436398X-RAY DIFFRACTION97
2.1647-2.23450.21521390.20356405X-RAY DIFFRACTION98
2.2345-2.31430.2371440.20246424X-RAY DIFFRACTION98
2.3143-2.40690.21981440.20616412X-RAY DIFFRACTION98
2.4069-2.51630.22311430.19566432X-RAY DIFFRACTION98
2.5163-2.64880.21581440.18656414X-RAY DIFFRACTION98
2.6488-2.81450.21531400.17996436X-RAY DIFFRACTION97
2.8145-3.03140.18491440.1596413X-RAY DIFFRACTION97
3.0314-3.33570.18431420.14976416X-RAY DIFFRACTION98
3.3357-3.81660.18931470.12836398X-RAY DIFFRACTION97
3.8166-4.80190.13511400.10826396X-RAY DIFFRACTION97
4.8019-23.56230.15691340.13636406X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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