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- PDB-4qgs: Substrate and cofactor-free form of the Aldehyde Reductase YqhD f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qgs
タイトルSubstrate and cofactor-free form of the Aldehyde Reductase YqhD from E. coli.
要素Alcohol dehydrogenase YqhD
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADPH-dependent Aldehyde reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase [NAD(P)+] activity / butanol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / response to reactive oxygen species / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Butanol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / : / Fe-containing alcohol dehydrogenase family, C-terminal / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase ...Butanol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / : / Fe-containing alcohol dehydrogenase family, C-terminal / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADPH-dependent aldehyde reductase YqhD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者LaMattina, J.W. / Kapoor, S. / Lanzilotta, W.N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Open form of E. coli YqhD
著者: LaMattina, J.W. / Kapoor, S. / Gouvea, I. / Slovic, A. / Lanzilotta, W.N.
履歴
登録2014年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase YqhD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5413
ポリマ－43,4401
非ポリマー1012
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Alcohol dehydrogenase YqhD
ヘテロ分子

A: Alcohol dehydrogenase YqhD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0826
ポリマ－86,8802
非ポリマー2024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_754-x+2,y,-z-11
Buried area3720 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area30880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.402, 68.441, 66.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase YqhD


分子量: 43440.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yqhD, b3011, JW2978
参照: UniProt: Q46856, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.3 M NaCl, 25 % (w/v) PEG 3000, and 0.1 M TRIS, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月18日
放射モノクロメーター: 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 35

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1639) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→32.668 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2191 3882 4.61 %Random
Rwork0.186 ---
all0.19 87508 --
obs0.1875 84210 96.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.668 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2921 0 2 267 3190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1494103
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5861099
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005536
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.72070.28711100.24842323X-RAY DIFFRACTION79
1.7207-1.74250.3183880.22982513X-RAY DIFFRACTION82
1.7425-1.76540.24341290.23142653X-RAY DIFFRACTION88
1.7654-1.78960.26871360.21522669X-RAY DIFFRACTION91
1.7896-1.81520.28721340.20392787X-RAY DIFFRACTION93
1.8152-1.84230.2291250.20722847X-RAY DIFFRACTION96
1.8423-1.87110.22291380.20142886X-RAY DIFFRACTION97
1.8711-1.90170.24161540.19332893X-RAY DIFFRACTION97
1.9017-1.93450.19021430.19312879X-RAY DIFFRACTION98
1.9345-1.96970.24051450.20142935X-RAY DIFFRACTION98
1.9697-2.00760.23191400.2022934X-RAY DIFFRACTION98
2.0076-2.04860.24661360.18632934X-RAY DIFFRACTION99
2.0486-2.09310.22571350.18052929X-RAY DIFFRACTION98
2.0931-2.14180.20071590.1922956X-RAY DIFFRACTION98
2.1418-2.19530.23611410.18062908X-RAY DIFFRACTION99
2.1953-2.25470.23861420.17642907X-RAY DIFFRACTION99
2.2547-2.3210.18641480.1832942X-RAY DIFFRACTION99
2.321-2.39590.18581210.18232979X-RAY DIFFRACTION99
2.3959-2.48150.23681680.18462939X-RAY DIFFRACTION99
2.4815-2.58080.24211400.19372936X-RAY DIFFRACTION99
2.5808-2.69820.23581530.19972950X-RAY DIFFRACTION99
2.6982-2.84040.23441450.19982954X-RAY DIFFRACTION99
2.8404-3.01820.22331540.19722930X-RAY DIFFRACTION99
3.0182-3.25110.21491380.193018X-RAY DIFFRACTION100
3.2511-3.57790.22351480.18222959X-RAY DIFFRACTION100
3.5779-4.09480.19191450.16272976X-RAY DIFFRACTION100
4.0948-5.15570.17031410.15652963X-RAY DIFFRACTION100
5.1557-32.67390.24761260.19342829X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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