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万見
- PDB-4qgc: crystal structure of PKM2-K422R mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qgc
タイトルcrystal structure of PKM2-K422R mutant
要素Pyruvate kinase PKM
キーワードTRANSFERASE / tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / programmed cell death / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / histone H3T11 kinase activity / programmed cell death / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cilium / cellular response to insulin stimulus / extracellular vesicle / MHC class II protein complex binding / protein tyrosine kinase activity / secretory granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / non-specific serine/threonine protein kinase / cadherin binding / phosphorylation / mRNA binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.296 Å
データ登録者Wang, P. / Sun, C. / Zhu, T. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2015
タイトル: Structural insight into mechanisms for dynamic regulation of PKM2.
著者: Wang, P. / Sun, C. / Zhu, T. / Xu, Y.
履歴
登録2014年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Structure summary
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase PKM
B: Pyruvate kinase PKM
C: Pyruvate kinase PKM
D: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,76221
ポリマ－233,3734
非ポリマー1,38917
水10,791599
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18450 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area75760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.095, 70.916, 169.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Pyruvate kinase PKM / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate kinase 2/3 / Pyruvate kinase muscle isozyme / Thyroid hormone-binding protein 1 / THBP1 / Tumor M2-PK / p58


分子量: 58343.172 Da / 分子数: 4 / 変異: K422R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM, OIP3, PK2, PK3, PKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M K2SO4, 20% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月5日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.296→50 Å / Num. all: 98424 / Num. obs: 98391 / % possible obs: 96.69 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.296→39.908 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 4930 5.01 %
Rwork0.1974 --
obs0.1995 98391 96.69 %
all-98424 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.296→39.908 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15374 0 73 599 16046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215670
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59921145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8285929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022735
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2962-2.32220.33531210.2522242676
2.3222-2.34960.30381720.2351304496
2.3496-2.37820.27161610.2341306396
2.3782-2.40830.28091370.2227307896
2.4083-2.440.27871670.2248308396
2.44-2.47340.26761560.2174304096
2.4734-2.50880.25341800.2279307496
2.5088-2.54620.30251750.2207309996
2.5462-2.5860.26751570.2223304296
2.586-2.62840.30881930.2269311296
2.6284-2.67370.24621360.212306997
2.6737-2.72230.29951740.2084315697
2.7223-2.77460.29461590.2173308097
2.7746-2.83120.27031610.2054310097
2.8312-2.89280.25411630.2168311898
2.8928-2.96010.2851690.2297316497
2.9601-3.03410.27531520.2244315298
3.0341-3.11610.29891600.2191317998
3.1161-3.20770.26621680.213317698
3.2077-3.31120.24241570.2107313799
3.3112-3.42950.23781660.2078320899
3.4295-3.56670.22841770.1991320499
3.5667-3.72890.2331720.1815320399
3.7289-3.92540.21661710.1842318499
3.9254-4.17110.2171550.1782324299
4.1711-4.49270.1761750.1637318399
4.4927-4.94410.1891700.1565320199
4.9441-5.65780.22281740.184322899
5.6578-7.12160.26411630.2165327299
7.1216-39.91360.19241890.1675314494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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