[日本語] English
万見
- PDB-4qg5: Crystal structure of phosphoglucomutase from Leishmania major at ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qg5
タイトルCrystal structure of phosphoglucomutase from Leishmania major at 3.5 angstrom resolution
要素Putative phosphoglucomutase
キーワードISOMERASE / Phosphohexomutase / Phosphotransferase / metal-binding region / Alpha and beta proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


intramolecular phosphotransferase activity / phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglucomutase / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II ...Phosphoglucomutase / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, C-terminal domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 3 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate, subunit A, domain 3 / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain / Alpha-D-phosphohexomutase superfamily / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain II / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain III / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain II / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain III / Alpha-D-phosphohexomutase, conserved site / Phosphoglucomutase and phosphomannomutase phosphoserine signature. / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha domain I / Alpha-D-phosphohexomutase, alpha/beta/alpha I/II/III / Alpha-D-phosphohexomutase, C-terminal domain superfamily / Phosphoglucomutase/phosphomannomutase, alpha/beta/alpha domain I / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Waugh, B. / Sen, U. / Banerjee, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of phosphoglucomutase from Leishmania major at 3.5 angstrom resolution
著者: Waugh, B. / Sen, U. / Banerjee, R.
履歴
登録2014年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Experimental preparation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative phosphoglucomutase
B: Putative phosphoglucomutase
C: Putative phosphoglucomutase
D: Putative phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,0828
ポリマ－256,9844
非ポリマー974
水00
1
A: Putative phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2702
ポリマ－64,2461
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2702
ポリマ－64,2461
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2702
ポリマ－64,2461
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Putative phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2702
ポリマ－64,2461
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)202.358, 114.971, 125.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Putative phosphoglucomutase


分子量: 64246.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: Friedlin / 遺伝子: LMJF_21_0640 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q4QCF1, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.06 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, 10% (w/v) PEG 3350, 10mM MgCl2, 0.02% Sodium Azide, Hanging drop vapor diffusion method, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→39.655 Å / Num. obs: 29659 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.5→3.71 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 88.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PMG

3pmg


解像度: 3.5→38.167 Å / SU ML: 0.62 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3147 1488 5.02 %
Rwork0.2379 --
obs0.2417 29635 86.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→38.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17132 0 4 0 17136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00717546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01923858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6386229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0352688
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063128
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5001-3.6130.40911140.30082633X-RAY DIFFRACTION89
3.613-3.7420.37821400.29092607X-RAY DIFFRACTION88
3.742-3.89170.35371540.28062576X-RAY DIFFRACTION88
3.8917-4.06860.36041270.26192564X-RAY DIFFRACTION87
4.0686-4.28280.30351310.23882594X-RAY DIFFRACTION88
4.2828-4.55080.2991470.21822545X-RAY DIFFRACTION87
4.5508-4.90150.30351410.2132555X-RAY DIFFRACTION86
4.9015-5.39350.29771350.22182548X-RAY DIFFRACTION86
5.3935-6.17110.36541270.26152537X-RAY DIFFRACTION85
6.1711-7.76420.27781490.25072514X-RAY DIFFRACTION84
7.7642-38.16910.25041230.18342474X-RAY DIFFRACTION81

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る