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万見
- PDB-4qft: Structure of COP9 signalosome complex subunit 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qft
タイトルStructure of COP9 signalosome complex subunit 6
要素COP9 signalosome complex subunit 6
キーワードSIGNALING PROTEIN / subunit of the Cop9 signalosome
機能・相同性
機能・相同性情報


protein deneddylation / regulation of protein neddylation / COP9 signalosome / protein neddylation / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm ...protein deneddylation / regulation of protein neddylation / COP9 signalosome / protein neddylation / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
COP9 signalosome subunit 6 / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. ...COP9 signalosome subunit 6 / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COP9 signalosome complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Birol, M. / Hoh, F. / Dumas, C. / Echalier, A.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2014
タイトル: Structural and biochemical characterization of the Cop9 signalosome CSN5/CSN6 heterodimer.
著者: Birol, M. / Enchev, R.I. / Padilla, A. / Stengel, F. / Aebersold, R. / Betzi, S. / Yang, Y. / Hoh, F. / Peter, M. / Dumas, C. / Echalier, A.
履歴
登録2014年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COP9 signalosome complex subunit 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7801
ポリマ－20,7801
非ポリマー00
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: COP9 signalosome complex subunit 6

A: COP9 signalosome complex subunit 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5602
ポリマ－41,5602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_674x-y+1,-y+2,-z-1/31
Buried area4960 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area16450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.838, 96.838, 48.333
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-312-

HOH

21A-428-

HOH

31A-470-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 6 / SGN6 / Signalosome subunit 6 / JAB1-containing signalosome subunit 6 / MOV34 homolog / Vpr- ...SGN6 / Signalosome subunit 6 / JAB1-containing signalosome subunit 6 / MOV34 homolog / Vpr-interacting protein / hVIP


分子量: 20779.758 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 31-211 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS6, CSN6, HVIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7L5N1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Tri-Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月4日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→48 Å / Num. all: 26172 / Num. obs: 26172 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.76→1.86 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.709 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20604 1330 5.1 %RANDOM
Rwork0.15274 ---
obs0.1554 24826 99.99 %-
all-263696 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20.68 Å20 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----2.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1371 0 0 175 1546
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191517
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1641.9582074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0065192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.32724.63869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.66615272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.017157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211159
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.34731517
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free34.822544
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.35851611
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 85 -
Rwork0.183 1827 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.396 Å / Origin y: 74.93 Å / Origin z: -0.417 Å
111213212223313233
T0.0349 Å20.0009 Å2-0.0035 Å2-0.0446 Å2-0.0088 Å2--0.0209 Å2
L0.3902 °2-0.0308 °20.0402 °2-0.4782 °2-0.1852 °2--0.4161 °2
S0.0389 Å °0.0198 Å °-0.0523 Å °-0.0235 Å °-0.0532 Å °0.0474 Å °0.0739 Å °0.0145 Å °0.0142 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 125
2X-RAY DIFFRACTION1A155 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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