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- PDB-4qfk: Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalterom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qfk
タイトルCrystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. SM9913
要素ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / dipeptide binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle ...Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic dipeptide-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudoalteromonas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.288 Å
データ登録者Li, C.Y. / Zhang, Y.Z.
引用ジャーナル: J. Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
著者: Li, C.Y. / Chen, X.L. / Qin, Q.L. / Wang, P. / Zhang, W.X. / Xie, B.B. / Su, H.N. / Zhang, X.Y. / Zhou, B.C. / Zhang, Y.Z.
履歴
登録2014年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
A: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
B: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
C: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
D: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
E: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
F: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
G: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)494,1038
ポリマ－494,1038
非ポリマー00
水30,3011682
1
H: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7631
ポリマ－61,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7631
ポリマ－61,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7631
ポリマ－61,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7631
ポリマ－61,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7631
ポリマ－61,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
E: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7631
ポリマ－61,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
F: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7631
ポリマ－61,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
G: ABC transporter periplasmic peptide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7631
ポリマ－61,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.386, 93.970, 140.549
Angle α, β, γ (deg.)80.03, 84.43, 69.84
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
ABC transporter periplasmic peptide-binding protein / Periplasmic dipeptide-binding protein


分子量: 61762.934 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudoalteromonas (バクテリア) / 株: SM9913 / 遺伝子: dppA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7Y7W1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9.2
詳細: 0.2M potassium phosphate dibasic, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 9.2, EVAPORATION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月1日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.288→50 Å / Num. all: 185390 / Num. obs: 185390 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1dpe

1dpe


解像度: 2.288→42.629 Å / FOM work R set: 0.7975 / SU ML: 0.33 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 27.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 8883 5.03 %
Rwork0.1913 --
obs0.1946 176680 88.69 %
all-185390 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.525 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.81 Å2 / Biso mean: 29.32 Å2 / Biso min: 6.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3673 Å2-2.9062 Å2-0.0214 Å2
2---6.8966 Å2-2.5764 Å2
3---1.5293 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.288→42.629 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32488 0 0 1682 34170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00833344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18345336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065888
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.76212160
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.288-2.3140.288820.23971942202431
2.314-2.34120.34162980.24145217551582
2.3412-2.36970.32072670.22415287555484
2.3697-2.39970.32682400.22955389562985
2.3997-2.43130.32053190.23265291561085
2.4313-2.46460.34032830.23535373565685
2.4646-2.49980.33112710.22965399567086
2.4998-2.53710.3232890.20985507579687
2.5371-2.57680.31142920.22165407569987
2.5768-2.6190.30823080.23315526583487
2.619-2.66420.33482840.22965535581988
2.6642-2.71260.30752580.22795615587388
2.7126-2.76480.31593250.2265644596989
2.7648-2.82120.30622970.22525699599690
2.8212-2.88250.28973150.2315714602991
2.8825-2.94960.31213240.22315752607692
2.9496-3.02330.29383300.21025777610792
3.0233-3.1050.2813140.21855868618293
3.105-3.19640.27812930.20955971626494
3.1964-3.29950.28133230.20255939626295
3.2995-3.41740.25283180.20035972629094
3.4174-3.55410.23542990.18985981628095
3.5541-3.71580.22873440.17866054639896
3.7158-3.91160.21323070.15765938624595
3.9116-4.15650.19122990.14095994629395
4.1565-4.47710.1913080.14536013632195
4.4771-4.9270.19543410.14595921626294
4.927-5.63860.21943070.16065992629995
5.6386-7.09870.21673270.17166101642897
7.0987-42.63620.22833210.1795979630095

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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