PDB-4qff: Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric ol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qff

タイトル

Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, quadruple mutant, P212121 form

要素

Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

キーワード

OXIDOREDUCTASE / VIRAL PROTEIN / protein design / bionanotechnology / protein assembly / symmetry / biomaterials

機能・相同性

機能・相同性情報

Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces aureofaciens (バクテリア)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 7.811 Å

データ登録者

Lai, Y.-T. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural transition of a protein nanocage as a function of pH and salt concentration
著者: Lai, Y.-T. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月26日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qff.cif.gz	973 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qff.ent.gz	818.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qff.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4qff_validation.pdf.gz	563.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qff_full_validation.pdf.gz	681.2 KB	表示
XML形式データ	4qff_validation.xml.gz	178.3 KB	表示
CIF形式データ	4qff_validation.cif.gz	237.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/4qff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/4qff	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4qes 4qf0
類似構造データ	4ivj-1 4qes-1 4qf0-1 9196 5722 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (25) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (21) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (25)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (21)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (3)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

B: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

C: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

D: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

E: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

F: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

G: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

H: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

I: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

J: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

K: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

L: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

602 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.500, 156.520, 325.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 441 / Label seq-ID: 2 - 442

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera / Designed 16nm tetrahedral protein cage / BPO2 / Bromide peroxidase / M1 分子量: 50189.266 Da / 分子数: 12 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: K118A, L279Q, Q24T, Y51A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア), (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: bpoA2, M / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P29715, UniProt: P03485, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
配列の詳細	THE DESIGNED PROTEIN CONSTRUCT IS A CHIMERA COMPRISING BPO2 (UNP P29715) AND RESIDUES 2-164 (UNP ...THE DESIGNED PROTEIN CONSTRUCT IS A CHIMERA COMPRISING BPO2 (UNP P29715) AND RESIDUES 2-164 (UNP P03485) OF M1, SEPARATED BY A LINKER.

#1: タンパク質

Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera / Designed 16nm tetrahedral protein cage / BPO2 / Bromide peroxidase / M1

分子量: 50189.266 Da / 分子数: 12 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: K118A, L279Q, Q24T, Y51A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces aureofaciens (バクテリア), (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: bpoA2, M / プラスミド: pET22b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P29715, UniProt: P03485, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ

配列の詳細

THE DESIGNED PROTEIN CONSTRUCT IS A CHIMERA COMPRISING BPO2 (UNP P29715) AND RESIDUES 2-164 (UNP ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.1 M sodium/potassium phosphate, pH 5.8, 10% PEG8000, 0.2 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年1月27日

放射

モノクロメーター: VARIMAX HR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.542 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 7.81→91.273 Å / Num. obs: 8723 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 127.481 Å² / R_merge(I) obs: 0.142 / Χ²: 0.89 / Net I/σ(I): 10.67

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
7.81-8.01	0.597	2.35	1724	516	1	77.4
8.01-8.23	0.418	3.98	2643	650	1	95.9
8.23-8.47	0.33	5.11	2597	617	1	96.9
8.47-8.73	0.261	6.1	2486	605	1	95.9
8.73-9.02	0.213	7.31	2518	603	1	96.8
9.02-9.34	0.188	8.5	2339	564	1	95.4
9.34-9.69	0.147	9.92	2265	560	1	96.2
9.69-10.08	0.145	10.41	2196	518	1	95.2
10.08-10.53	0.128	11.72	2125	519	1	94.5
10.53-11.05	0.129	11.64	1989	483	1	96
11.05-11.64	0.102	14.21	1972	473	1	95
11.64-12.35	0.09	15.21	1749	424	1	93.2
12.35-13.2	0.08	16.14	1691	410	1	93.8
13.2-14.26	0.093	14.07	1546	382	1	93.4
14.26-15.62	0.072	16.22	1497	371	1	93.2
15.62-17.47	0.05	22.27	1235	312	1	92.9
17.47-20.17	0.058	20.47	1084	287	1	91.7
20.17-24.7	0.057	18.5	560	224	1	83
24.7-34.93	0.026	21.3	217	113	1	53.6
34.93-91.273	0.735	0.01	282	92	1	68.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.81 Å	91.27 Å
Translation	7.81 Å	91.27 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
REFMAC	5.8.0071	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 7.811→91.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.704 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.602 / WR_factor R_free: 0.3508 / WR_factor R_work: 0.2847 / FOM work R set: 0.7872 / SU B: 560.278 / SU ML: 4.205 / SU R_free: 6.1184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 6.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3388	437	5 %	RANDOM
R_work	0.2876	-	-	-
obs	0.2901	8723	92.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 500 Å² / B_iso mean: 241.153 Å² / B_iso min: 90.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-13.46 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-9.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	22.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 7.811→91.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	40512	0	0	0	40512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	41436
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	38664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.953	56448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.421	3	88596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.143	5	5280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.023	23.742	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.718	15	6300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.39	15	264
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	6420
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	47784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	9744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.873	24.36	21156
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.873	24.36	21155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.827	36.532	26424

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	25960	0.09
1	2	B	25960	0.09
2	1	A	25974	0.09
2	2	C	25974	0.09
3	1	A	27329	0.05
3	2	D	27329	0.05
4	1	A	27435	0.02
4	2	E	27435	0.02
5	1	A	27414	0.02
5	2	F	27414	0.02
6	1	A	27339	0.03
6	2	G	27339	0.03
7	1	A	26024	0.09
7	2	H	26024	0.09
8	1	A	25959	0.09
8	2	I	25959	0.09
9	1	A	27387	0.02
9	2	J	27387	0.02
10	1	A	25710	0.11
10	2	K	25710	0.11
11	1	A	25937	0.09
11	2	L	25937	0.09
12	1	B	27274	0.03
12	2	C	27274	0.03
13	1	B	25838	0.1
13	2	D	25838	0.1
14	1	B	25943	0.09
14	2	E	25943	0.09
15	1	B	25936	0.09
15	2	F	25936	0.09
16	1	B	25914	0.09
16	2	G	25914	0.09
17	1	B	27306	0.04
17	2	H	27306	0.04
18	1	B	27332	0.03
18	2	I	27332	0.03
19	1	B	25906	0.09
19	2	J	25906	0.09
20	1	B	27051	0.06
20	2	K	27051	0.06
21	1	B	27196	0.04
21	2	L	27196	0.04
22	1	C	25896	0.09
22	2	D	25896	0.09
23	1	C	25983	0.09
23	2	E	25983	0.09
24	1	C	25958	0.09
24	2	F	25958	0.09
25	1	C	25852	0.09
25	2	G	25852	0.09
26	1	C	27346	0.02
26	2	H	27346	0.02
27	1	C	27286	0.03
27	2	I	27286	0.03
28	1	C	25937	0.09
28	2	J	25937	0.09
29	1	C	27056	0.06
29	2	K	27056	0.06
30	1	C	27259	0.03
30	2	L	27259	0.03
31	1	D	27332	0.04
31	2	E	27332	0.04
32	1	D	27294	0.04
32	2	F	27294	0.04
33	1	D	27207	0.05
33	2	G	27207	0.05
34	1	D	25915	0.09
34	2	H	25915	0.09
35	1	D	25847	0.1
35	2	I	25847	0.1
36	1	D	27294	0.04
36	2	J	27294	0.04
37	1	D	25624	0.11
37	2	K	25624	0.11
38	1	D	25861	0.1
38	2	L	25861	0.1
39	1	E	27416	0.02
39	2	F	27416	0.02
40	1	E	27316	0.03
40	2	G	27316	0.03
41	1	E	26009	0.09
41	2	H	26009	0.09
42	1	E	25942	0.09
42	2	I	25942	0.09
43	1	E	27386	0.02
43	2	J	27386	0.02
44	1	E	25696	0.11
44	2	K	25696	0.11
45	1	E	25938	0.09
45	2	L	25938	0.09
46	1	F	27323	0.03
46	2	G	27323	0.03
47	1	F	25986	0.09
47	2	H	25986	0.09
48	1	F	25943	0.09
48	2	I	25943	0.09
49	1	F	27346	0.03
49	2	J	27346	0.03
50	1	F	25718	0.11
50	2	K	25718	0.11
51	1	F	25924	0.09
51	2	L	25924	0.09
52	1	G	25890	0.09
52	2	H	25890	0.09
53	1	G	25916	0.09
53	2	I	25916	0.09
54	1	G	27276	0.03
54	2	J	27276	0.03
55	1	G	25654	0.11
55	2	K	25654	0.11
56	1	G	25820	0.1
56	2	L	25820	0.1
57	1	H	27330	0.03
57	2	I	27330	0.03
58	1	H	25956	0.09
58	2	J	25956	0.09
59	1	H	27078	0.06
59	2	K	27078	0.06
60	1	H	27269	0.04
60	2	L	27269	0.04
61	1	I	25920	0.09
61	2	J	25920	0.09
62	1	I	27050	0.06
62	2	K	27050	0.06
63	1	I	27205	0.04
63	2	L	27205	0.04
64	1	J	25670	0.11
64	2	K	25670	0.11
65	1	J	25888	0.09
65	2	L	25888	0.09
66	1	K	26980	0.06
66	2	L	26980	0.06

LS精密化シェル

解像度: 7.811→8.013 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	26	-
R_work	0.323	484	-
all	-	510	-
obs	-	-	77.04 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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