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- PDB-4ivj: Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric ol... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ivj | ||||||
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Title | Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, triple mutant, I222 form | ||||||
![]() | Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / protein design / bionanotechnology / protein assembly / symmetric oligomeric domains / biomaterials | ||||||
Function / homology | ![]() Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral mRNA Translation / antibiotic biosynthetic process / Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases / viral budding from plasma membrane / peroxidase activity / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lai, Y.-T. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure and flexibility of nanoscale protein cages designed by symmetric self-assembly. Authors: Lai, Y.T. / Tsai, K.L. / Sawaya, M.R. / Asturias, F.J. / Yeates, T.O. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 452 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 539.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 57.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 76.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4iq4C ![]() 4itvC ![]() 1aa7S ![]() 1broS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 50281.359 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: K118A, L279Q, Q24T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / Gene: bpoA2, BROMOPEROXIDASE A2 and M1 Matrix, M / Plasmid: pET22b / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P29715, UniProt: P03485, Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.4 Details: 0.1M Na Citrate pH 4.4, 10% PEG 3000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS HTC / Detector: IMAGE PLATE / Date: Aug 29, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.542 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 7.35→29.283 Å / Num. all: 2438 / Num. obs: 2438 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 383.646 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 13.24 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1BRO and 1AA7 Resolution: 7.351→28.419 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.735 / SU ML: 0.39 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 31.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 509.25 Å2 / Biso mean: 318.4546 Å2 / Biso min: 160.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 7.351→28.419 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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