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- PDB-4qes: Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric ol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qes
タイトルStructure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, quadruple mutant, I222 form
要素Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera
キーワードOXIDOREDUCTASE / VIRAL PROTEIN / protein design / bionanotechnology / protein assembly / symmetry / biomaterials
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral mRNA Translation / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / antibiotic biosynthetic process / viral budding from plasma membrane / peroxidase activity / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / : ...Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein 1 / Non-haem bromoperoxidase BPO-A2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.193 Å
データ登録者Lai, Y.-T. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural transition of a protein nanocage as a function of pH and salt concentration.
著者: Lai, Y.-T. / Yeates, T.O.
履歴
登録2014年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera
B: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera
C: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,5683
ポリマ－150,5683
非ポリマー00
水00
1
A: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera
B: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera
C: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

A: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera
B: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera
C: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

A: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera
B: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera
C: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera

A: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera
B: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera
C: Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)602,27112
ポリマ－602,27112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area34160 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area186590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.510, 165.520, 167.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 441 / Label seq-ID: 2 - 442

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera / Designed 16nm tetrahedral protein cage / BPO2 / Bromide peroxidase / M1


分子量: 50189.266 Da / 分子数: 3 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: K118A, L279Q, Q24T, Y51A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア), (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: bpoA2, M / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P29715, UniProt: P03485, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
配列の詳細THE DESIGNED PROTEIN CONSTRUCT IS A CHIMERA COMPRISING BPO2 (UNP P29715) AND RESIDUES 2-164 (UNP ...THE DESIGNED PROTEIN CONSTRUCT IS A CHIMERA COMPRISING BPO2 (UNP P29715) AND RESIDUES 2-164 (UNP P03485) OF M1, SEPARATED BY A LINKER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 4.4, 11% PEG3000, 200 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月28日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.19→83.835 Å / Num. obs: 12914 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 161.223 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Χ2: 0.824 / Net I/σ(I): 14.16
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
4.19-4.30.8853.3211554911196.4
4.3-4.420.7364.37126429291100
4.42-4.550.6365118398761100
4.55-4.690.5835.44115228631100
4.69-4.840.4436.88109568371100
4.84-5.010.3937.6910572825199.9
5.01-5.20.3887.7398547921100
5.2-5.410.3278.6586427581100
5.41-5.650.27110.9393887241100
5.65-5.930.26711.2895237081100
5.93-6.250.22413.1890306701100
6.25-6.630.18915.5787286411100
6.63-7.090.15118.679565921100
7.09-7.660.11122.7372705641100
7.66-8.390.07628.225982508199.2
8.39-9.380.05837.9964764741100
9.38-10.830.05841.6456274201100
10.83-13.260.05841.5845833611100
13.26-18.750.06539.23220291199.3
18.75-83.8350.07541.561838170198.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.19 Å83.83 Å
Translation4.19 Å83.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0071精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.193→83.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.2867 / WRfactor Rwork: 0.2438 / FOM work R set: 0.737 / SU B: 76.252 / SU ML: 0.981 / SU Rfree: 1.1442 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2948 646 5 %RANDOM
Rwork0.2513 ---
obs0.2535 12914 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 500 Å2 / Biso mean: 198.022 Å2 / Biso min: 87.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20 Å20 Å2
2---3.72 Å2-0 Å2
3---2.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.193→83.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10128 0 0 0 10128
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01910359
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.029666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.95314112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.949322149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.27151320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.45323.742465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.472151575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2861566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it17.36719.6755289
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other17.36819.6745288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it28.12429.4766606
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A272290.05
12B272290.05
21A271710.06
22C271710.06
31B272280.05
32C272280.05
LS精密化 シェル解像度: 4.193→4.302 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 45 -
Rwork0.325 865 -
all-910 -
obs--96.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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