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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qf0 | ||||||
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タイトル | Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, quadruple mutant, P21212 form | ||||||
要素 | Non-haem bromoperoxidase BPO-A2, Matrix protein 1 chimera | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / VIRAL PROTEIN / protein design / bionanotechnology / protein assembly / symmetry / biomaterials | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral mRNA Translation / antibiotic biosynthetic process / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / viral budding from plasma membrane / peroxidase activity / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces aureofaciens (バクテリア) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.494 Å | ||||||
データ登録者 | Lai, Y.-T. / Yeates, T.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural transition of a protein nanocage as a function of pH and salt concentration. 著者: Lai, Y.-T. / Yeates, T.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qf0.cif.gz | 480.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qf0.ent.gz | 397.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qf0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4qf0_validation.pdf.gz | 502.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4qf0_full_validation.pdf.gz | 605.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4qf0_validation.xml.gz | 85.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4qf0_validation.cif.gz | 115.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/4qf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/4qf0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 441 / Label seq-ID: 2 - 442
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50189.266 Da / 分子数: 6 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: K118A, L279Q, Q24T, Y51A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア), (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: bpoA2, M / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P29715, UniProt: P03485, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ 配列の詳細 | THE DESIGNED PROTEIN CONSTRUCT IS A CHIMERA COMPRISING BPO2 (UNP P29715) AND RESIDUES 2-164 (UNP ...THE DESIGNED PROTEIN CONSTRUCT IS A CHIMERA COMPRISING | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.91 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Tris, pH 7.0, 10% PEG8000, 0.2 M magnesium chloride, 3% trehalose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 6.49→93.71 Å / Num. obs: 9001 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 410.357 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.017 / Net I/σ(I): 14.16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 6.494→93.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.841 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.3242 / WRfactor Rwork: 0.271 / FOM work R set: 0.7439 / SU B: 275.849 / SU ML: 2.448 / SU Rfree: 3.3017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 3.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 340 Å2 / Biso mean: 309.413 Å2 / Biso min: 114.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 6.494→93.71 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 6.494→6.661 Å / Total num. of bins used: 20
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