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- PDB-4qcb: Protein-DNA complex of Vaccinia virus D4 with double-stranded non... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qcb
タイトルProtein-DNA complex of Vaccinia virus D4 with double-stranded non-specific DNA
要素
  • 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*C)-3'
  • Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE/DNA / DNA repair enzyme / component of processivity factor / A20 / Poxvirus / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Schormann, N. / Banerjee, S. / Ricciardi, R. / Chattopadhyay, D.
引用ジャーナル: BMC Struct. Biol. / 年: 2015
タイトル: Binding of undamaged double stranded DNA to vaccinia virus uracil-DNA Glycosylase.
著者: Schormann, N. / Banerjee, S. / Ricciardi, R. / Chattopadhyay, D.
履歴
登録2014年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Source and taxonomy
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
B: Uracil-DNA glycosylase
C: 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4218
ポリマ－58,0534
非ポリマー3684
水2,126118
1
A: Uracil-DNA glycosylase
C: 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9656
ポリマ－32,6893
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uracil-DNA glycosylase
C: 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7814
ポリマ－32,6893
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.389, 92.327, 142.859
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 218 / Label seq-ID: 4 - 221

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase / UDG


分子量: 25364.029 Da / 分子数: 2 / 変異: D17N, Y163F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
株: Western Reserve, D4R, VACWR109 / 遺伝子: VACWR109, D4R, UNG / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P04303, uracil-DNA glycosylase
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*GP*C)-3'


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2:1 protein solution/reservoir (16% PEG6000, 0.08 M Tris, pH 8.5, 20% glycerol), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月5日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→56.5 Å / Num. all: 12298 / Num. obs: 11991 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.89→3.05 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.505 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RAPDデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DOF, CHAIN A

4dof


解像度: 2.89→56.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 20.827 / SU ML: 0.391 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.467 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2652 577 4.8 %RANDOM
Rwork0.21575 ---
obs0.21826 11389 97.28 %-
all-17647 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å20 Å2
2--0.08 Å2-0 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→56.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3432 445 24 118 4019
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0184044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1851.8475579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.29738392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1145422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.52224.267150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.73215600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9941512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02900
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.072.7881700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.072.7891699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8614.1792118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8385.1222162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7813.4682344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3784.082380
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9816.0953517
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.80432.4465021
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.79632.4655000
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 13363 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.89→2.965 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 41 -
Rwork0.297 845 -
obs--99.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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