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- PDB-4qca: Crystal structure of Vaccinia virus uracil-DNA glycosylase mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qca
タイトルCrystal structure of Vaccinia virus uracil-DNA glycosylase mutant R167AD4
要素Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / DNA repair enzyme / component of processivity factor / A20 / DNA / Poxvirus
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Uracil-DNA glycosylase / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sartmatova, D. / Nash, T. / Schormann, N. / Nuth, M. / Ricciardi, R. / Banerjee, S. / Chattopadhyay, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of three recombinant mutants of Vaccinia virus uracil DNA glycosylase.
著者: Sartmatova, D. / Nash, T. / Schormann, N. / Nuth, M. / Ricciardi, R. / Banerjee, S. / Chattopadhyay, D.
履歴
登録2014年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Source and taxonomy
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
B: Uracil-DNA glycosylase
C: Uracil-DNA glycosylase
D: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,66113
ポリマ－101,1124
非ポリマー5499
水9,764542
1
A: Uracil-DNA glycosylase
B: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7586
ポリマ－50,5562
非ポリマー2024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Uracil-DNA glycosylase
D: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9037
ポリマ－50,5562
非ポリマー3475
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.140, 118.268, 121.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Uracil-DNA glycosylase / UDG


分子量: 25277.914 Da / 分子数: 4 / 変異: D17N, R167A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
株: Western Reserve, D4R, VACWR109 / 遺伝子: ACAM3000_MVA_101, D4, MVA101R, UNG / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q91UM2, UniProt: P04303*PLUS, uracil-DNA glycosylase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 2:1:1 protein solution/water/reservoir (unbuffered 16% PEG3350, 0.15 M potassium fluoride, 10% glycerol), pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月23日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.57 Å / Num. all: 80549 / Num. obs: 80549 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 11684 / Rsym value: 0.597 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
RAPDデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DOF, CHAIN A

4dof


解像度: 1.9→42.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 3.544 / SU ML: 0.105 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2358 4036 5 %RANDOM
Rwork0.2044 ---
all0.206 80488 --
obs0.206 80488 97.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.92 Å2 / Biso mean: 24.52 Å2 / Biso min: 11.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7111 0 29 542 7682
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0197341
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026954
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1131.9529985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.757316064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8195881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.76724.255322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.783151241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.9991527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9812.3623527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9812.3623526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6723.5374404
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 302 -
Rwork0.255 5583 -
all-5885 -
obs-5885 97.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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