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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qc9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Vaccinia virus uracil-DNA glycosylase mutant 3GD4 | ||||||
![]() | Uracil-DNA glycosylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / DNA repair enzyme / component of processivity factor / A20 / DNA / Poxvirus | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sartmatova, D. / Nash, T. / Schormann, N. / Nuth, M. / Ricciardi, R. / Banerjee, S. / Chattopadhyay, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Vaccinia virus uracil-DNA glycosylase mutant 3GD4 著者: Sartmatova, D. / Nash, T. / Schormann, N. / Nuth, M. / Ricciardi, R. / Banerjee, S. / Chattopadhyay, D. #1: ![]() タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of three recombinant mutants of Vaccinia virus uracil DNA glycosylase. 著者: Sartmatova, D. / Nash, T. / Schormann, N. / Nuth, M. / Ricciardi, R. / Banerjee, S. / Chattopadhyay, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 374.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 310.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4dofS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25221.875 Da / 分子数: 4 / 変異: D17N, E171G, S172G, P173G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Western Reserve, D4R, VACWR109 / 遺伝子: ACAM3000_MVA_101, D4, MVA101R, UNG / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q91UM2, UniProt: P04303*PLUS, uracil-DNA glycosylase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.43 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2 M lithium sulfate, 50 mM MES, 5 mM magnesium chloride, 5% ethylene glycol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月23日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.259→47.53 Å / Num. all: 68116 / Num. obs: 68116 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 59.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 20.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.259→2.38 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 9832 / Rsym value: 0.508 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4DOF, CHAIN A 解像度: 2.259→46.61 Å / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 25.45 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 161.76 Å2 / Biso mean: 68.3688 Å2 / Biso min: 40.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.259→46.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.259→2.29 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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