PDB-4qc9: Crystal structure of Vaccinia virus uracil-DNA glycosylase mutant 3GD4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qc9

タイトル

Crystal structure of Vaccinia virus uracil-DNA glycosylase mutant 3GD4

要素

Uracil-DNA glycosylase

キーワード

HYDROLASE / DNA repair enzyme / component of processivity factor / A20 / DNA / Poxvirus

機能・相同性

機能・相同性情報

uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.259 Å

データ登録者

Sartmatova, D. / Nash, T. / Schormann, N. / Nuth, M. / Ricciardi, R. / Banerjee, S. / Chattopadhyay, D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Vaccinia virus uracil-DNA glycosylase mutant 3GD4
著者: Sartmatova, D. / Nash, T. / Schormann, N. / Nuth, M. / Ricciardi, R. / Banerjee, S. / Chattopadhyay, D.

履歴

登録	2014年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Source and taxonomy
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qc9.cif.gz	374.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qc9.ent.gz	310.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qc9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/4qc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/4qc9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dofS 4dog 4irb 4lzb 4qca 4qcb S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qca-2 4qca-1 4lzb-5 4lzb-1 6iby-d 4lzb-6 4lzb-4 6taj-d 7d2q-d 4lzb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uracil-DNA glycosylase

C: Uracil-DNA glycosylase

D: Uracil-DNA glycosylase

B: Uracil-DNA glycosylase

ヘテロ分子

102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uracil-DNA glycosylase

B: Uracil-DNA glycosylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Uracil-DNA glycosylase

D: Uracil-DNA glycosylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.378, 93.378, 285.182
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Uracil-DNA glycosylase / UDG 分子量: 25221.875 Da / 分子数: 4 / 変異: D17N, E171G, S172G, P173G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) 株: Western Reserve, D4R, VACWR109 / 遺伝子: ACAM3000_MVA_101, D4, MVA101R, UNG / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q91UM2, UniProt: P04303*PLUS, uracil-DNA glycosylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2 M lithium sulfate, 50 mM MES, 5 mM magnesium chloride, 5% ethylene glycol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月23日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.259→47.53 Å / Num. all: 68116 / Num. obs: 68116 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 59.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 2.259→2.38 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 9832 / R_sym value: 0.508 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
RAPD		データ収集
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DOF, CHAIN A

4dof

解像度: 2.259→46.61 Å / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 25.45 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2288	3452	5.07 %	RANDOM
R_work	0.1847	-	-	-
all	0.1869	68031	-	-
obs	0.1869	68031	99.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 161.76 Å² / B_iso mean: 68.3688 Å² / B_iso min: 40.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.259→46.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6983	0	57	236	7276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_refined_d	0.003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_refined_deg	0.791
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031
X-RAY DIFFRACTION	f_gen_planes_refined	0.003
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_1_deg	11.311

LS精密化シェル

解像度: 2.259→2.29 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	127	-
R_work	0.3294	-	-
obs	-	2643	99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3287	-4.099	-4.5837	9.5848	5.0028	4.6633	-0.2325	-0.9082	0.1613	-0.4281	-0.0526	-1.3584	-0.2928	2.0501	0.4665	0.6264	0.0117	-0.0734	0.8771	0.1872	0.7613	58.1135	-15.6312	27.8577
2	5.1237	0.2932	-4.8224	2.1769	-0.5746	4.018	-0.2751	-0.3101	0.0667	-0.0337	-0.0543	-0.0404	0.2173	1.1161	0.3751	0.5369	-0.0186	-0.0317	0.9442	0.0925	0.6194	54.0406	-15.8361	27.6621
3	9.2501	1.2232	-6.3642	9.1994	1.9812	5.2507	0.118	0.3736	0.6492	-0.0747	0.2592	-0.5828	-0.7122	0.6196	-0.415	0.657	-0.1844	-0.1002	0.8086	0.0469	0.6167	53.9615	-7.314	23.8523
4	4.5195	5.6007	-5.1108	8.8226	-5.9179	6.0742	1.1495	-0.8135	0.6448	1.0544	-0.6279	0.2855	-1.6157	0.9233	-0.51	0.8116	-0.2244	-0.0337	0.9154	-0.082	0.6181	46.5686	-7.5797	35.075
5	9.7145	-5.7712	-5.4292	4.6622	4.168	4.5594	-0.0275	-0.2126	-0.1803	0.476	-0.1195	0.0781	0.18	0.405	0.136	0.6493	-0.1075	-0.1004	0.7581	0.0732	0.5014	41.9545	-19.652	36.2046
6	6.2344	1.5746	-1.5687	2.1094	-0.2959	1.9081	-0.0358	-0.4619	-0.615	0.1364	-0.6466	0.1435	0.892	1.1017	0.5493	0.5135	-0.0341	-0.0588	0.7234	0.0847	0.4474	50.1539	-19.436	21.4055
7	3.527	-2.6701	0.7764	5.6675	1.3105	3.2368	0.2819	0.1894	0.3196	-0.0659	-0.1715	-0.3867	-0.5903	0.456	-0.0473	0.4414	-0.105	-0.0347	0.6284	0.0182	0.4582	41.0709	-18.8545	16.9955
8	0.8737	0.4343	0.1349	6.2429	4.4142	7.1091	0.0847	-0.345	-0.2357	0.6992	-0.1832	0.0991	0.1586	-0.1462	0.0896	0.4916	-0.0528	-0.0031	0.618	0.0438	0.4452	34.6138	-29.6317	21.1339
9	8.9518	4.7704	2.871	7.1287	0.9697	4.5147	0.0046	-0.5143	-0.312	0.4482	-0.1952	0.2177	0.109	-0.0324	0.2776	0.4574	0.0507	0.0548	0.712	-0.0843	0.55	34.6574	-35.669	10.2719
10	0.4799	1.5281	-0.1735	3.1937	2.092	1.6104	0.0935	-0.1897	-0.0415	-0.0771	0.2002	-0.2336	-0.2865	0.5147	-0.204	0.5217	-0.0164	-0.0288	0.7636	0.0402	0.5012	41.0632	-19.8009	20.5484
11	4.8534	4.3018	-6.7724	4.1101	-6.0464	8.9931	0.3019	-0.4333	0.8058	0.302	-0.2307	0.7469	-0.6686	0.0919	0.0221	0.5934	-0.0857	-0.0299	0.632	-0.0149	0.5672	37.0124	-11.2278	30.3013
12	5.708	4.4353	1.8325	4.6822	1.6007	6.3353	-0.0877	-0.3232	0.2226	-0.2684	-0.2966	-0.0393	-0.0411	0.4136	0.4038	0.3304	-0.0565	-0.0375	0.6501	0.0532	0.4721	43.7474	-11.2544	13.3739
13	2.459	2.4089	-4.1901	7.4806	-1.4767	8.8862	0.011	-0.4136	0.2843	-0.0166	-0.0339	0.7338	-0.7847	-0.3828	0.0256	0.5566	-0.0098	0.0515	0.8773	-0.0572	0.6172	29.5418	-11.3386	17.2308
14	5.1244	-4.3561	4.5821	4.1701	-4.0118	4.5579	-0.5502	0.1715	-0.1626	1.7431	-0.7728	-1.334	-1.0047	0.1778	1.1181	0.6804	-0.0385	-0.0855	0.7733	0.0933	0.624	38.8388	-5.3772	6.943
15	5.1281	4.8917	-1.6052	5.4222	-3.1544	7.8382	0.8286	0.0951	0.1822	0.5828	-0.6754	0.6106	-0.0594	0.3097	-0.1419	0.4813	0.0616	-0.0284	0.7064	-0.0799	0.6082	28.6354	-17.6173	13.7811
16	0.7432	-0.7259	-1.3567	0.7818	1.415	2.529	-0.6329	0.417	1.7891	0.7604	1.1809	0.787	0.9462	-0.5297	-0.8272	0.6475	-0.0793	-0.1419	0.9277	0.1247	1.3964	20.0924	-23.1131	14.7482
17	5.2619	-3.7887	3.4731	3.2062	-1.6546	10.0141	0.2803	-0.4129	-0.2575	0.3375	0.5948	1.0231	0.1491	-1.8335	-0.4692	0.5429	-0.1843	-0.0478	0.8761	0.0208	0.7458	25.3672	-24.5708	7.8967
18	7.5126	2.2773	-5.1303	8.6639	-5.674	5.7372	0.5695	-1.1229	0.2414	-0.2	-0.2558	0.4104	0.748	1.0122	-0.2191	0.5239	0.0191	-0.126	0.6448	-0.046	0.3937	34.8661	-20.2817	3.0792
19	2.4989	-2.3945	2.1798	2.3186	-1.9929	2.3012	1.1705	0.1892	-0.3136	-1.2164	-0.5331	-1.7975	1.0571	1.1113	-0.6039	0.6864	-0.0719	0.1001	0.7766	-0.0804	0.6472	42.2992	-15.5606	-2.4397
20	1.8481	-0.5064	-2.81	7.2454	-5.5058	7.0845	0.0374	0.0077	0.1994	-0.9753	-0.2133	0.0348	0.5181	0.117	0.0818	0.5211	0.0481	-0.0513	0.7469	-0.0442	0.516	41.7989	-29.3903	7.3448
21	4.4781	-3.2251	-2.9368	3.0766	2.2278	1.9939	-0.7382	0.9432	-0.8805	0.4915	-0.6733	-1.3884	0.8224	1.2958	1.2017	0.6695	-0.0526	-0.0149	0.9226	0.1361	0.9098	65.322	12.5087	18.8042
22	5.1781	-0.3494	-0.3347	2.0362	0.5845	9.7049	-0.1684	-0.1819	-0.1025	0.1881	-0.2558	-0.1463	-0.3244	0.8743	0.3496	0.5311	-0.0038	0.0758	0.5261	0.0553	0.5149	58.0985	12.8321	14.9752
23	6.9498	4.232	5.3288	6.6306	5.4389	5.1842	-0.1765	-0.5981	-1.38	0.8705	0.3591	-0.6866	0.1416	-0.2784	-0.2777	0.5979	0.1037	-0.0117	0.5121	0.1556	0.4959	55.8861	5.8592	20.3109
24	4.0746	2.1444	5.1454	7.5012	3.2587	6.5365	0.1985	0.9296	-0.8401	0.2457	-0.2391	0.6337	0.8493	-0.7225	0.099	0.5619	-0.019	0.1023	0.7608	-0.0639	0.5803	47.6365	8.0885	9.1543
25	3.7161	4.164	3.6629	4.7016	4.5224	4.183	0.0562	0.3725	0.27	-1.0595	-0.2801	0.224	-0.191	-0.9029	0.2341	0.6394	0.178	0.1025	0.8169	0.0865	0.5395	45.7281	20.907	7.1983
26	8.7266	-3.5679	6.2504	5.2047	-3.3023	8.8646	0.0982	-0.0067	0.4457	-0.1846	-0.3971	-0.4492	-0.8501	0.0705	0.2194	0.4987	-0.0251	0.0989	0.5684	-0.0004	0.5404	55.355	19.1284	19.8554
27	9.3498	0.737	4.3473	4.2649	-0.0819	4.9938	0.335	-0.116	-0.2732	0.0641	-0.0383	-0.087	0.4453	0.2083	-0.352	0.4589	0.02	0.1013	0.6704	-0.0415	0.4463	47.8358	20.6246	27.8366
28	1.5643	0.129	1.5375	8.2933	3.8458	3.4802	-0.0713	-0.0435	0.6387	-0.009	0.1198	0.2624	-0.6362	-0.3682	-0.0287	0.6035	0.0364	0.0529	0.6304	0.0277	0.6791	45.0726	32.9608	23.3306
29	2.6222	1.6675	-0.8955	4.0422	-3.6594	3.922	-0.1713	-0.022	0.687	0.2005	-0.2374	-0.0024	-0.9321	-0.4286	0.4141	0.8794	-0.0155	-0.0113	0.8032	-0.1387	0.6421	46.6991	39.4781	36.5206
30	0.8447	1.3946	0.0367	6.5175	3.7173	4.3231	0.3647	0.181	0.1936	0.3172	0.0456	-0.5287	-0.0562	0.6764	-0.3829	0.4255	-0.0341	0.0314	0.6818	-0.0589	0.5606	50.4522	24.6181	28.7116
31	5.3318	-0.2657	4.9697	7.5829	-5.1888	7.6404	-0.0466	-0.4431	0.2672	0.0823	-0.0042	0.1332	-0.3127	-0.536	0.0363	0.4959	0.1309	0.0393	0.6865	-0.0396	0.5091	39.3837	19.1474	13.0266
32	5.4267	0.0033	3.9798	7.4346	1.3826	3.7792	0.3127	-0.0622	-0.3716	0.2265	-0.4213	0.684	1.0218	-0.261	0.0385	0.435	-0.073	0.0278	0.661	0.0336	0.5855	46.0678	9.7264	22.0848
33	7.9644	-2.4048	-3.0277	7.6746	1.0077	4.2474	0.1234	-0.4657	0.1469	0.367	-0.4417	-0.3848	0.1242	-0.0556	0.2769	0.5961	-0.0358	0.02	0.7766	0.0538	0.5277	45.4316	15.8879	33.1865
34	3.0576	-5.3659	2.9111	9.9227	-5.2626	2.9185	1.2763	0.3715	-0.2674	-0.7337	-0.5861	1.4021	0.5976	-0.2243	-0.8139	0.5986	0.0411	0.0085	0.9132	-0.0204	0.8218	33.4721	15.9517	27.8205
35	9.6024	6.9443	1.712	7.3786	4.5806	4.9366	0.4783	0.4463	-0.1986	1.1196	1.0317	-0.7002	-0.0852	2.02	-1.3544	0.6482	-0.0483	-0.0306	0.8841	-0.0128	0.6393	42.1	9.0749	38.3149
36	1.7891	-0.1618	3.2894	9.4789	-2.1199	6.4003	0.1232	0.0174	0.4299	-0.0726	0.3004	0.2914	-0.6801	-0.2951	-0.4336	0.5176	0.0644	0.1064	0.8899	-0.0587	0.5469	35.9619	22.9543	32.0843
37	1.6903	-1.6525	-3.4432	1.6815	3.5095	7.1956	-0.5436	1.3204	-0.6117	-0.7087	-0.3928	1.0862	-0.0071	-2.5869	0.8379	1.2014	0.0237	-0.3999	1.4965	-0.1093	1.098	30.0434	31.9485	28.9532
38	8.2206	-1.4079	-3.9249	9.5422	-2.6191	3.3144	0.5497	0.3891	0.3293	0.5567	-0.4334	1.5973	-1.6752	-0.7554	-0.182	0.8733	0.0674	0.1629	0.9335	-0.18	0.8399	36.8148	29.1294	38.0456
39	5.5478	-5.1354	-0.3428	4.8965	0.1702	7.5413	-0.0763	-0.7348	1.2312	1.9249	-0.9043	-0.8812	-1.2916	0.1677	0.705	0.6424	-0.1574	0.0176	0.9964	-0.1549	0.5795	46.2397	21.1288	44.5063
40	0.7428	-0.1857	-1.1098	4.3016	-4.3999	7.7593	0.2002	-0.4256	0.1208	-0.0748	-0.3555	-0.4328	-0.1128	0.8798	0.1516	0.5156	-0.1141	-0.0238	0.8348	-0.0672	0.5899	51.7383	27.3354	39.4728
41	7.9753	0.8429	2.9811	2.6755	-3.6413	7.3243	0.475	-0.6931	0.801	0.9243	-0.6763	0.6173	-2.7112	-1.5768	0.3202	0.9267	0.0994	0.1955	1.5459	-0.227	1.1008	8.471	7.1462	47.1574
42	7.9144	5.8428	2.2866	4.5367	2.5283	2.147	0.2852	0.1254	-0.5132	0.1697	-0.9387	1.8089	0.3823	-0.903	0.6793	0.5966	-0.1881	0.0418	1.084	-0.1027	0.9367	12.5133	-3.4198	43.5498
43	4.9817	-3.6991	-1.2837	3.3223	1.2453	1.8893	0.0198	0.5988	-0.4052	-0.9552	-0.3897	1.4266	-0.2034	-0.2588	0.3811	0.5932	-0.0871	-0.121	0.9966	-0.1054	0.7852	17.2086	1.4962	37.4217
44	7.5203	1.0394	4.3093	5.3614	5.8482	8.0652	-0.2899	0.1984	-0.3971	-0.036	-0.2462	0.4516	0.4275	-0.2286	0.5213	0.6863	-0.2427	0.0426	0.7093	-0.0218	0.8718	23.1159	-14.5138	41.6245
45	2.2074	-3.2163	1.6197	9.2011	-1.5323	1.6952	0.0941	0.0893	-0.3441	0.9771	-0.2361	0.9212	0.1138	-0.6603	0.1142	0.5938	-0.1899	0.1079	0.8719	0.012	0.6869	19.6936	-2.4602	50.2927
46	6.5023	4.2003	-3.7683	5.1876	0.1526	4.8059	-0.8097	0.2883	1.4518	-0.3875	1.1079	1.7204	-0.7902	0.2763	-0.6049	0.6712	0.0421	0.0178	0.9315	-0.1323	0.8733	19.615	14.7376	47.0819
47	1.2296	2.0315	-0.0624	6.5596	-2.1409	1.2032	-0.1372	-0.0417	-0.1528	0.2786	0.1496	0.1316	0.0582	-0.0189	0.0939	0.5781	-0.0369	0.0449	0.7597	0.0221	0.4962	31.2027	3.6807	50.3199
48	6.7308	-2.4686	-3.2641	5.6896	1.8581	8.4599	-0.3061	-0.6186	-0.2952	0.0988	0.1684	0.9189	0.8907	0.0279	0.1078	0.6993	-0.0892	0.1241	0.8245	-0.0744	0.6298	27.5223	-2.9335	56.2172
49	2.0622	-1.2711	-0.2067	8.4346	2.2711	9.3976	0.0561	-0.9281	-1.0532	1.6145	0.0787	0.3232	0.3779	-0.2899	-0.1532	1.0455	-0.044	0.09	0.7109	-0.0275	0.6584	31.0877	-1.2598	63.4529
50	9.5968	0.6913	-1.6789	3.0396	3.4911	4.7095	-0.336	-0.583	-0.111	0.9222	0.1621	-0.8623	0.1906	0.9076	0.195	0.8177	-0.0504	-0.0466	0.7508	-0.0082	0.5168	37.127	6.2867	61.8845
51	3.6838	3.4704	-2.3848	3.8114	-0.477	9.7176	0.0367	-1.3128	-0.5216	1.9511	-0.1102	-0.6558	-0.1396	0.9862	-0.1124	0.9988	0.0538	-0.0291	0.7918	-0.073	0.6517	35.8375	12.5708	68.3487
52	3.2771	1.4347	1.7558	5.7297	0.2141	0.8607	-0.1314	-0.3699	-0.1166	0.5671	-0.1062	0.535	0.084	-0.6193	0.2188	0.4488	-0.0638	0.0593	0.6395	-0.0316	0.4472	27.293	5.9011	52.4004
53	9.5871	0.0739	5.7503	9.9306	-2.3598	4.1141	-0.1894	-0.1135	0.179	0.4681	0.0097	-0.2506	0.2712	0.6009	0.0869	0.8761	0.0035	-0.0233	0.7626	-0.0252	0.591	32.9978	-11.329	48.1345
54	4.2418	-2.6929	-0.2966	2.8603	-1.3487	2.1496	-0.1173	0.3431	-0.0307	-0.6678	-0.2296	0.5547	0.3051	-0.4318	0.3499	0.6123	-0.1086	-0.0079	0.7374	-0.0712	0.5634	26.8666	0.4556	38.3512
55	8.7915	-6.2295	1.7386	8.0808	-1.4079	2.3198	0.3631	0.2109	-0.2988	-0.4637	-0.1842	-0.1024	0.123	0.3796	-0.1913	0.512	-0.1226	0.0306	0.7208	-0.0944	0.5973	35.5273	7.4217	44.5421
56	2.9298	0.372	-1.6924	1.574	-2.3297	3.9858	0.4722	0.4729	0.76	-0.6661	0.3654	0.9565	-1.3333	0.1634	-0.8411	0.9174	-0.1698	0.0772	0.9703	-0.0322	0.8607	33.9329	8.8707	35.3482
57	8.1322	-0.5687	3.1545	2.5919	-1.1192	9.64	-0.0942	-0.4292	0.5722	0.0058	-0.0837	-1.5064	0.2727	1.1469	0.0658	0.5108	-0.0192	-0.014	0.7119	-0.1394	0.7131	39.781	8.9516	47.7307
58	5.8715	2.7521	2.227	6.1217	6.9967	8.139	-0.5715	1.7578	-0.6588	0.335	-1.7392	0.0562	-2.5286	0.7143	1.9447	1.4525	0.1244	-0.1733	1.2311	-0.0093	1.2811	46.7689	1.152	57.2369
59	8.2068	-0.8443	5.5967	10.0645	-4.7925	7.4324	0.1336	0.0614	0.2451	-0.0849	-0.1138	-0.7792	-0.4815	0.6536	-0.0351	0.5785	-0.14	0.0887	0.7618	-0.1693	0.5692	39.1986	17.6453	52.1405
60	2.577	-2.5314	1.6236	8.9727	-3.7022	4.4362	0.0988	-0.227	0.266	1.157	-0.1659	0.5228	-0.3354	-0.0305	0.0295	0.7242	-0.085	0.162	0.665	-0.0272	0.602	28.793	16.179	60.4979
61	0.1384	0.6278	-1.0699	1.7075	-3.1719	6.0516	-0.4483	-1.9022	1.0639	-0.0308	0.1828	0.3972	-0.029	-1.6754	0.9678	0.7961	0.5838	-0.0514	1.3706	-0.3583	1.1571	9.7101	12.0348	4.0995
62	1.9255	-2.5832	-3.3814	4.2557	4.977	6.1969	0.428	0.2269	0.8951	-0.4264	0.3058	0.0724	-1.1222	0.035	-0.1872	0.9643	0.6811	0.2187	1.5404	0.0606	1.4058	17.3637	22.168	3.8059
63	2.2587	3.6189	1.5706	7.4771	2.506	1.0634	-0.2827	-0.3405	0.6085	0.409	-0.107	0.7464	-0.2017	-0.4431	0.3617	0.683	0.3438	-0.0923	1.3027	-0.234	1.167	11.5361	8.3897	2.0801
64	8.0416	5.1687	-0.4895	3.9088	-0.5774	3.7515	0.2477	-0.916	0.9153	0.8851	-0.4108	1.8824	-0.4724	-1.3645	0.1723	0.6138	0.2508	-0.018	1.3129	-0.2598	0.849	18.0214	9.996	9.7058
65	0.6718	0.1237	0.4315	0.7786	-0.6029	0.7983	0.8249	-0.3144	1.9621	-1.1534	-1.5314	-1.9241	-1.355	-0.8818	0.4943	0.9641	0.3939	0.0337	0.8838	-0.153	1.0225	27.2832	22.532	6.345
66	8.8588	2.9391	2.5691	7.7781	-0.189	5.5387	0.273	-0.2464	0.8657	-0.5873	-0.4612	1.0491	-1.9897	-1.4027	0.1131	0.8304	0.6564	-0.0617	1.019	-0.121	0.7728	25.2618	19.6613	-3.2961
67	2.6848	-0.9119	0.1205	4.3555	-0.4894	1.9825	0.1938	-0.3231	0.1881	-0.5788	-0.6268	0.9151	-0.3076	-0.7935	0.4039	0.4739	0.2083	-0.1198	0.901	-0.1843	0.6395	21.3296	1.3192	-2.4409
68	7.3855	4.73	-1.5476	5.6961	2.1013	3.0299	-0.6455	-0.1281	0.3252	-1.1207	-0.0135	0.836	-0.553	0.0068	0.642	0.7575	0.278	-0.212	0.8078	0.0177	0.6318	28.3776	10.517	-10.6387
69	5.0165	1.4601	-0.3161	7.4888	0.2312	4.3721	-0.3161	0.3887	0.5607	-1.4338	-0.2409	0.3758	-1.2763	0.2333	0.5101	0.9431	0.03	-0.2086	0.75	0.0429	0.5825	32.302	2.4424	-17.8547
70	4.0808	-2.9143	-2.0154	4.133	-1.8054	7.857	-0.1929	0.5457	0.0481	-1.8495	-0.3648	-0.614	0.0255	1.0931	0.3882	1.0633	0.062	-0.0647	0.7721	-0.0345	0.6454	30.0553	-8.3214	-22.6745
71	4.4833	2.5507	-1.8431	4.0655	1.211	2.4172	-0.0042	0.3916	0.0866	-0.9127	-0.2782	0.8946	-0.2098	-0.8837	0.2758	0.5316	0.2282	-0.2124	0.8214	-0.092	0.576	22.8156	-0.7937	-11.1638
72	2.9856	1.0664	0.5983	4.7403	-3.4733	9.7013	0.1819	-0.2914	0.1661	-0.3294	-0.2116	0.7915	-1.276	-0.4211	0.0405	0.6565	0.2464	-0.0272	0.7202	-0.1443	0.5923	31.1383	12.8341	-1.2001
73	4.3012	0.7155	-4.2791	2.2791	-0.258	4.3193	0.6198	0.8839	0.1853	-0.293	-0.7207	-0.0906	-1.1288	-1.624	-0.1955	0.6903	0.0633	-0.09	0.7501	-0.1797	0.8089	36.3996	15.7201	-1.2696
74	9.4963	7.5431	-2.7096	7.2154	-1.2286	2.2571	0.0794	-0.2175	0.052	0.6682	-0.1066	0.1702	-0.4715	-0.7974	0.08	0.4467	0.144	-0.0692	0.8014	-0.1387	0.5172	28.5656	10.7045	7.9442
75	2.0064	0.3606	2.4425	6.8335	2.9169	3.8622	0.0195	-0.4633	0.0981	-0.0062	-0.2795	0.4518	0.1308	-0.5683	0.23	0.3446	0.0996	-0.0261	0.7272	-0.0436	0.4644	28.8673	-2.6304	2.0079
76	9.8275	-3.061	-6.3652	7.6701	-0.6067	5.177	-0.3746	-0.4223	-1.7005	0.1385	-0.5375	0.6942	0.5625	0.1739	0.844	0.5318	-0.0448	0.0301	0.7005	0.0079	0.7768	34.7378	-0.0623	7.482
77	6.0078	4.9912	0.2388	7.0001	-1.6331	4.9262	0.3533	-0.0739	-0.0157	0.0045	-0.3456	0.0152	-0.1956	0.2071	-0.1232	0.4643	0.1569	0.0518	0.574	0.0034	0.5498	36.7245	-3.286	-4.2021
78	5.3793	4.1112	-3.7714	4.1935	-2.7176	2.8086	1.6598	-0.1002	1.4707	-1.3316	-1.3145	-0.1155	-0.5807	1.289	-0.298	0.7581	0.1896	0.103	0.818	-0.0064	1.2729	42.8862	-4.4702	-12.3337
79	2.1887	2.3862	-4.2453	3.1801	-5.4679	9.9979	-0.7872	-0.4507	-0.8123	-1.3975	0.0482	-1.253	0.7839	-0.2302	0.7396	0.5355	0.0738	-0.023	0.6528	0.0254	0.7531	32.9526	-12.2603	-8.6841
80	2.0311	0.149	0.5704	8.3251	-2.838	3.566	0.1963	0.1942	-0.1418	-1.1166	0.3345	0.9784	0.6754	-0.6215	-0.5624	0.5466	0.1028	-0.1907	0.7118	-0.0858	0.5717	23.7346	-11.8546	-9.9909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:7)	A	0 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 8:19)	A	8 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 20:25)	A	20 - 25
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 26:36)	A	26 - 36
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 37:49)	A	37 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 50:57)	A	50 - 57
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 58:71)	A	58 - 71
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 72:96)	A	72 - 96
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 97:109)	A	97 - 109
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 110:126)	A	110 - 126
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 127:143)	A	127 - 143
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 144:156)	A	144 - 156
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 157:167)	A	157 - 167
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 168:175)	A	168 - 175
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 176:183)	A	176 - 183
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 184:188)	A	184 - 188
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 189:193)	A	189 - 193
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 194:201)	A	194 - 201
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 202:206)	A	202 - 206
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 207:218)	A	207 - 218
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 0:4)	C	0 - 4
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 5:19)	C	5 - 19
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 20:26)	C	20 - 26
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 27:36)	C	27 - 36
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 37:46)	C	37 - 46
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 47:57)	C	47 - 57
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 58:71)	C	58 - 71
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 72:95)	C	72 - 95
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 96:106)	C	96 - 106
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 107:121)	C	107 - 121
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain C and resid 122:136)	C	122 - 136
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain C and resid 137:148)	C	137 - 148
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain C and resid 149:159)	C	149 - 159
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain C and resid 160:167)	C	160 - 167
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain C and resid 168:175)	C	168 - 175
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain C and resid 176:182)	C	176 - 182
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain C and resid 183:187)	C	183 - 187
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain C and resid 188:197)	C	188 - 197
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain C and resid 198:203)	C	198 - 203
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain C and resid 204:218)	C	204 - 218
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain D and resid -1:3)	D	-1 - 3
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain D and resid 4:17)	D	4 - 17
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain D and resid 18:30)	D	18 - 30
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain D and resid 31:42)	D	31 - 42
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain D and resid 43:55)	D	43 - 55
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain D and resid 56:60)	D	56 - 60
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain D and resid 61:71)	D	61 - 71
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain D and resid 72:79)	D	72 - 79
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain D and resid 80:87)	D	80 - 87
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain D and resid 88:96)	D	88 - 96
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain D and resid 97:106)	D	97 - 106
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain D and resid 107:124)	D	107 - 124
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain D and resid 125:133)	D	125 - 133
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain D and resid 134:149)	D	134 - 149
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain D and resid 150:165)	D	150 - 165
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain D and resid 166:173)	D	166 - 173
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain D and resid 174:182)	D	174 - 182
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain D and resid 183:187)	D	183 - 187
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain D and resid 188:206)	D	188 - 206
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain D and resid 207:218)	D	207 - 218
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(chain B and resid 1:6)	B	1 - 6
62	X-RAY DIFFRACTION	62	(chain B and resid 7:11)	B	7 - 11
63	X-RAY DIFFRACTION	63	(chain B and resid 12:17)	B	12 - 17
64	X-RAY DIFFRACTION	64	(chain B and resid 18:32)	B	18 - 32
65	X-RAY DIFFRACTION	65	(chain B and resid 33:38)	B	33 - 38
66	X-RAY DIFFRACTION	66	(chain B and resid 39:49)	B	39 - 49
67	X-RAY DIFFRACTION	67	(chain B and resid 50:68)	B	50 - 68
68	X-RAY DIFFRACTION	68	(chain B and resid 69:81)	B	69 - 81
69	X-RAY DIFFRACTION	69	(chain B and resid 82:96)	B	82 - 96
70	X-RAY DIFFRACTION	70	(chain B and resid 97:105)	B	97 - 105
71	X-RAY DIFFRACTION	71	(chain B and resid 106:119)	B	106 - 119
72	X-RAY DIFFRACTION	72	(chain B and resid 120:128)	B	120 - 128
73	X-RAY DIFFRACTION	73	(chain B and resid 129:133)	B	129 - 133
74	X-RAY DIFFRACTION	74	(chain B and resid 134:144)	B	134 - 144
75	X-RAY DIFFRACTION	75	(chain B and resid 145:162)	B	145 - 162
76	X-RAY DIFFRACTION	76	(chain B and resid 163:171)	B	163 - 171
77	X-RAY DIFFRACTION	77	(chain B and resid 172:185)	B	172 - 185
78	X-RAY DIFFRACTION	78	(chain B and resid 186:192)	B	186 - 192
79	X-RAY DIFFRACTION	79	(chain B and resid 193:199)	B	193 - 199
80	X-RAY DIFFRACTION	80	(chain B and resid 200:218)	B	200 - 218

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)