PDB-4qc9: Crystal structure of Vaccinia virus uracil-DNA glycosylase mutant 3GD4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qc9

タイトル

Crystal structure of Vaccinia virus uracil-DNA glycosylase mutant 3GD4

要素

Uracil-DNA glycosylase

キーワード

HYDROLASE / DNA repair enzyme / component of processivity factor / A20 / DNA / Poxvirus

機能・相同性

機能・相同性情報

uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vaccinia virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.259 Å

データ登録者

Sartmatova, D. / Nash, T. / Schormann, N. / Nuth, M. / Ricciardi, R. / Banerjee, S. / Chattopadhyay, D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Vaccinia virus uracil-DNA glycosylase mutant 3GD4
著者: Sartmatova, D. / Nash, T. / Schormann, N. / Nuth, M. / Ricciardi, R. / Banerjee, S. / Chattopadhyay, D.

履歴

登録	2014年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Source and taxonomy
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qc9.cif.gz	374.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qc9.ent.gz	310.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qc9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4qc9_validation.pdf.gz	477.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qc9_full_validation.pdf.gz	481.8 KB	表示
XML形式データ	4qc9_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	4qc9_validation.cif.gz	46.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/4qc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/4qc9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4dofS 4dog 4irb 4lzb 4qca 4qcb S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qca-2 4qca-1 4lzb-5 4lzb-1 6iby-d 4lzb-6 4lzb-4 6taj-d 7d2q-d 4lzb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uracil-DNA glycosylase

C: Uracil-DNA glycosylase

D: Uracil-DNA glycosylase

B: Uracil-DNA glycosylase

ヘテロ分子

102 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Uracil-DNA glycosylase

B: Uracil-DNA glycosylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Uracil-DNA glycosylase

D: Uracil-DNA glycosylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.378, 93.378, 285.182
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Uracil-DNA glycosylase / UDG 分子量: 25221.875 Da / 分子数: 4 / 変異: D17N, E171G, S172G, P173G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ウイルス) / 株: Western Reserve, D4R, VACWR109 / 遺伝子: ACAM3000_MVA_101, D4, MVA101R, UNG / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q91UM2, UniProt: P04303*PLUS, uracil-DNA glycosylase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2 M lithium sulfate, 50 mM MES, 5 mM magnesium chloride, 5% ethylene glycol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月23日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.259→47.53 Å / Num. all: 68116 / Num. obs: 68116 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 59.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 2.259→2.38 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 9832 / R_sym value: 0.508 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
RAPD		データ収集
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DOF, CHAIN A

4dof

解像度: 2.259→46.61 Å / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 25.45 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2288	3452	5.07 %	RANDOM
R_work	0.1847	-	-	-
all	0.1869	68031	-	-
obs	0.1869	68031	99.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 161.76 Å² / B_iso mean: 68.3688 Å² / B_iso min: 40.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.259→46.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6983	0	57	236	7276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_refined_d	0.003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_refined_deg	0.791
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031
X-RAY DIFFRACTION	f_gen_planes_refined	0.003
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_1_deg	11.311

LS精密化シェル

解像度: 2.259→2.29 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	127	-
R_work	0.3294	-	-
obs	-	2643	99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3287	-4.099	-4.5837	9.5848	5.0028	4.6633	-0.2325	-0.9082	0.1613	-0.4281	-0.0526	-1.3584	-0.2928	2.0501	0.4665	0.6264	0.0117	-0.0734	0.8771	0.1872	0.7613	58.1135	-15.6312	27.8577
2	5.1237	0.2932	-4.8224	2.1769	-0.5746	4.018	-0.2751	-0.3101	0.0667	-0.0337	-0.0543	-0.0404	0.2173	1.1161	0.3751	0.5369	-0.0186	-0.0317	0.9442	0.0925	0.6194	54.0406	-15.8361	27.6621
3	9.2501	1.2232	-6.3642	9.1994	1.9812	5.2507	0.118	0.3736	0.6492	-0.0747	0.2592	-0.5828	-0.7122	0.6196	-0.415	0.657	-0.1844	-0.1002	0.8086	0.0469	0.6167	53.9615	-7.314	23.8523
4	4.5195	5.6007	-5.1108	8.8226	-5.9179	6.0742	1.1495	-0.8135	0.6448	1.0544	-0.6279	0.2855	-1.6157	0.9233	-0.51	0.8116	-0.2244	-0.0337	0.9154	-0.082	0.6181	46.5686	-7.5797	35.075
5	9.7145	-5.7712	-5.4292	4.6622	4.168	4.5594	-0.0275	-0.2126	-0.1803	0.476	-0.1195	0.0781	0.18	0.405	0.136	0.6493	-0.1075	-0.1004	0.7581	0.0732	0.5014	41.9545	-19.652	36.2046
6	6.2344	1.5746	-1.5687	2.1094	-0.2959	1.9081	-0.0358	-0.4619	-0.615	0.1364	-0.6466	0.1435	0.892	1.1017	0.5493	0.5135	-0.0341	-0.0588	0.7234	0.0847	0.4474	50.1539	-19.436	21.4055
7	3.527	-2.6701	0.7764	5.6675	1.3105	3.2368	0.2819	0.1894	0.3196	-0.0659	-0.1715	-0.3867	-0.5903	0.456	-0.0473	0.4414	-0.105	-0.0347	0.6284	0.0182	0.4582	41.0709	-18.8545	16.9955
8	0.8737	0.4343	0.1349	6.2429	4.4142	7.1091	0.0847	-0.345	-0.2357	0.6992	-0.1832	0.0991	0.1586	-0.1462	0.0896	0.4916	-0.0528	-0.0031	0.618	0.0438	0.4452	34.6138	-29.6317	21.1339
9	8.9518	4.7704	2.871	7.1287	0.9697	4.5147	0.0046	-0.5143	-0.312	0.4482	-0.1952	0.2177	0.109	-0.0324	0.2776	0.4574	0.0507	0.0548	0.712	-0.0843	0.55	34.6574	-35.669	10.2719
10	0.4799	1.5281	-0.1735	3.1937	2.092	1.6104	0.0935	-0.1897	-0.0415	-0.0771	0.2002	-0.2336	-0.2865	0.5147	-0.204	0.5217	-0.0164	-0.0288	0.7636	0.0402	0.5012	41.0632	-19.8009	20.5484
11	4.8534	4.3018	-6.7724	4.1101	-6.0464	8.9931	0.3019	-0.4333	0.8058	0.302	-0.2307	0.7469	-0.6686	0.0919	0.0221	0.5934	-0.0857	-0.0299	0.632	-0.0149	0.5672	37.0124	-11.2278	30.3013
12	5.708	4.4353	1.8325	4.6822	1.6007	6.3353	-0.0877	-0.3232	0.2226	-0.2684	-0.2966	-0.0393	-0.0411	0.4136	0.4038	0.3304	-0.0565	-0.0375	0.6501	0.0532	0.4721	43.7474	-11.2544	13.3739
13	2.459	2.4089	-4.1901	7.4806	-1.4767	8.8862	0.011	-0.4136	0.2843	-0.0166	-0.0339	0.7338	-0.7847	-0.3828	0.0256	0.5566	-0.0098	0.0515	0.8773	-0.0572	0.6172	29.5418	-11.3386	17.2308
14	5.1244	-4.3561	4.5821	4.1701	-4.0118	4.5579	-0.5502	0.1715	-0.1626	1.7431	-0.7728	-1.334	-1.0047	0.1778	1.1181	0.6804	-0.0385	-0.0855	0.7733	0.0933	0.624	38.8388	-5.3772	6.943
15	5.1281	4.8917	-1.6052	5.4222	-3.1544	7.8382	0.8286	0.0951	0.1822	0.5828	-0.6754	0.6106	-0.0594	0.3097	-0.1419	0.4813	0.0616	-0.0284	0.7064	-0.0799	0.6082	28.6354	-17.6173	13.7811
16	0.7432	-0.7259	-1.3567	0.7818	1.415	2.529	-0.6329	0.417	1.7891	0.7604	1.1809	0.787	0.9462	-0.5297	-0.8272	0.6475	-0.0793	-0.1419	0.9277	0.1247	1.3964	20.0924	-23.1131	14.7482
17	5.2619	-3.7887	3.4731	3.2062	-1.6546	10.0141	0.2803	-0.4129	-0.2575	0.3375	0.5948	1.0231	0.1491	-1.8335	-0.4692	0.5429	-0.1843	-0.0478	0.8761	0.0208	0.7458	25.3672	-24.5708	7.8967
18	7.5126	2.2773	-5.1303	8.6639	-5.674	5.7372	0.5695	-1.1229	0.2414	-0.2	-0.2558	0.4104	0.748	1.0122	-0.2191	0.5239	0.0191	-0.126	0.6448	-0.046	0.3937	34.8661	-20.2817	3.0792
19	2.4989	-2.3945	2.1798	2.3186	-1.9929	2.3012	1.1705	0.1892	-0.3136	-1.2164	-0.5331	-1.7975	1.0571	1.1113	-0.6039	0.6864	-0.0719	0.1001	0.7766	-0.0804	0.6472	42.2992	-15.5606	-2.4397
20	1.8481	-0.5064	-2.81	7.2454	-5.5058	7.0845	0.0374	0.0077	0.1994	-0.9753	-0.2133	0.0348	0.5181	0.117	0.0818	0.5211	0.0481	-0.0513	0.7469	-0.0442	0.516	41.7989	-29.3903	7.3448
21	4.4781	-3.2251	-2.9368	3.0766	2.2278	1.9939	-0.7382	0.9432	-0.8805	0.4915	-0.6733	-1.3884	0.8224	1.2958	1.2017	0.6695	-0.0526	-0.0149	0.9226	0.1361	0.9098	65.322	12.5087	18.8042
22	5.1781	-0.3494	-0.3347	2.0362	0.5845	9.7049	-0.1684	-0.1819	-0.1025	0.1881	-0.2558	-0.1463	-0.3244	0.8743	0.3496	0.5311	-0.0038	0.0758	0.5261	0.0553	0.5149	58.0985	12.8321	14.9752
23	6.9498	4.232	5.3288	6.6306	5.4389	5.1842	-0.1765	-0.5981	-1.38	0.8705	0.3591	-0.6866	0.1416	-0.2784	-0.2777	0.5979	0.1037	-0.0117	0.5121	0.1556	0.4959	55.8861	5.8592	20.3109
24	4.0746	2.1444	5.1454	7.5012	3.2587	6.5365	0.1985	0.9296	-0.8401	0.2457	-0.2391	0.6337	0.8493	-0.7225	0.099	0.5619	-0.019	0.1023	0.7608	-0.0639	0.5803	47.6365	8.0885	9.1543
25	3.7161	4.164	3.6629	4.7016	4.5224	4.183	0.0562	0.3725	0.27	-1.0595	-0.2801	0.224	-0.191	-0.9029	0.2341	0.6394	0.178	0.1025	0.8169	0.0865	0.5395	45.7281	20.907	7.1983
26	8.7266	-3.5679	6.2504	5.2047	-3.3023	8.8646	0.0982	-0.0067	0.4457	-0.1846	-0.3971	-0.4492	-0.8501	0.0705	0.2194	0.4987	-0.0251	0.0989	0.5684	-0.0004	0.5404	55.355	19.1284	19.8554
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79	2.1887	2.3862	-4.2453	3.1801	-5.4679	9.9979	-0.7872	-0.4507	-0.8123	-1.3975	0.0482	-1.253	0.7839	-0.2302	0.7396	0.5355	0.0738	-0.023	0.6528	0.0254	0.7531	32.9526	-12.2603	-8.6841
80	2.0311	0.149	0.5704	8.3251	-2.838	3.566	0.1963	0.1942	-0.1418	-1.1166	0.3345	0.9784	0.6754	-0.6215	-0.5624	0.5466	0.1028	-0.1907	0.7118	-0.0858	0.5717	23.7346	-11.8546	-9.9909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:7)	A	0 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 8:19)	A	8 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 20:25)	A	20 - 25
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 26:36)	A	26 - 36
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 37:49)	A	37 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 50:57)	A	50 - 57
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 58:71)	A	58 - 71
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 72:96)	A	72 - 96
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 97:109)	A	97 - 109
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 110:126)	A	110 - 126
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 127:143)	A	127 - 143
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 144:156)	A	144 - 156
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 157:167)	A	157 - 167
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 168:175)	A	168 - 175
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 176:183)	A	176 - 183
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 184:188)	A	184 - 188
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 189:193)	A	189 - 193
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 194:201)	A	194 - 201
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 202:206)	A	202 - 206
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 207:218)	A	207 - 218
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 0:4)	C	0 - 4
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 5:19)	C	5 - 19
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 20:26)	C	20 - 26
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 27:36)	C	27 - 36
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 37:46)	C	37 - 46
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 47:57)	C	47 - 57
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 58:71)	C	58 - 71
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 72:95)	C	72 - 95
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 96:106)	C	96 - 106
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 107:121)	C	107 - 121
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain C and resid 122:136)	C	122 - 136
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain C and resid 137:148)	C	137 - 148
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain C and resid 149:159)	C	149 - 159
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain C and resid 160:167)	C	160 - 167
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain C and resid 168:175)	C	168 - 175
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain C and resid 176:182)	C	176 - 182
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain C and resid 183:187)	C	183 - 187
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain C and resid 188:197)	C	188 - 197
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain C and resid 198:203)	C	198 - 203
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain C and resid 204:218)	C	204 - 218
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain D and resid -1:3)	D	-1 - 3
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain D and resid 4:17)	D	4 - 17
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain D and resid 18:30)	D	18 - 30
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain D and resid 31:42)	D	31 - 42
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain D and resid 43:55)	D	43 - 55
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain D and resid 56:60)	D	56 - 60
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain D and resid 61:71)	D	61 - 71
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain D and resid 72:79)	D	72 - 79
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain D and resid 80:87)	D	80 - 87
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain D and resid 88:96)	D	88 - 96
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain D and resid 97:106)	D	97 - 106
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain D and resid 107:124)	D	107 - 124
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain D and resid 125:133)	D	125 - 133
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain D and resid 134:149)	D	134 - 149
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain D and resid 150:165)	D	150 - 165
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain D and resid 166:173)	D	166 - 173
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain D and resid 174:182)	D	174 - 182
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain D and resid 183:187)	D	183 - 187
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain D and resid 188:206)	D	188 - 206
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain D and resid 207:218)	D	207 - 218
61	X-RAY DIFFRACTION	61	(chain B and resid 1:6)	B	1 - 6
62	X-RAY DIFFRACTION	62	(chain B and resid 7:11)	B	7 - 11
63	X-RAY DIFFRACTION	63	(chain B and resid 12:17)	B	12 - 17
64	X-RAY DIFFRACTION	64	(chain B and resid 18:32)	B	18 - 32
65	X-RAY DIFFRACTION	65	(chain B and resid 33:38)	B	33 - 38
66	X-RAY DIFFRACTION	66	(chain B and resid 39:49)	B	39 - 49
67	X-RAY DIFFRACTION	67	(chain B and resid 50:68)	B	50 - 68
68	X-RAY DIFFRACTION	68	(chain B and resid 69:81)	B	69 - 81
69	X-RAY DIFFRACTION	69	(chain B and resid 82:96)	B	82 - 96
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71	X-RAY DIFFRACTION	71	(chain B and resid 106:119)	B	106 - 119
72	X-RAY DIFFRACTION	72	(chain B and resid 120:128)	B	120 - 128
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78	X-RAY DIFFRACTION	78	(chain B and resid 186:192)	B	186 - 192
79	X-RAY DIFFRACTION	79	(chain B and resid 193:199)	B	193 - 199
80	X-RAY DIFFRACTION	80	(chain B and resid 200:218)	B	200 - 218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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