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Yorodumi- PDB-4qc9: Crystal structure of Vaccinia virus uracil-DNA glycosylase mutant 3GD4 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qc9 | ||||||
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Title | Crystal structure of Vaccinia virus uracil-DNA glycosylase mutant 3GD4 | ||||||
Components | Uracil-DNA glycosylase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / DNA repair enzyme / component of processivity factor / A20 / DNA / Poxvirus | ||||||
Function / homology | Function and homology information uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA repair / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vaccinia virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.259 Å | ||||||
Authors | Sartmatova, D. / Nash, T. / Schormann, N. / Nuth, M. / Ricciardi, R. / Banerjee, S. / Chattopadhyay, D. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of Vaccinia virus uracil-DNA glycosylase mutant 3GD4 Authors: Sartmatova, D. / Nash, T. / Schormann, N. / Nuth, M. / Ricciardi, R. / Banerjee, S. / Chattopadhyay, D. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2013 Title: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of three recombinant mutants of Vaccinia virus uracil DNA glycosylase. Authors: Sartmatova, D. / Nash, T. / Schormann, N. / Nuth, M. / Ricciardi, R. / Banerjee, S. / Chattopadhyay, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4qc9.cif.gz | 374.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4qc9.ent.gz | 310.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4qc9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4qc9_validation.pdf.gz | 477.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4qc9_full_validation.pdf.gz | 481.8 KB | Display | |
Data in XML | 4qc9_validation.xml.gz | 33.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4qc9_validation.cif.gz | 46.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/4qc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/4qc9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4dofS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25221.875 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: D17N, E171G, S172G, P173G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vaccinia virus / Strain: Western Reserve, D4R, VACWR109 / Gene: ACAM3000_MVA_101, D4, MVA101R, UNG / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta(DE3)pLysS References: UniProt: Q91UM2, UniProt: P04303*PLUS, uracil-DNA glycosylase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.56 Å3/Da / Density % sol: 65.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 2 M lithium sulfate, 50 mM MES, 5 mM magnesium chloride, 5% ethylene glycol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 23, 2012 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: Cryo-cooled double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.259→47.53 Å / Num. all: 68116 / Num. obs: 68116 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 59.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 20.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.259→2.38 Å / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 9832 / Rsym value: 0.508 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4DOF, CHAIN A Resolution: 2.259→46.61 Å / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Phase error: 25.45 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 161.76 Å2 / Biso mean: 68.3688 Å2 / Biso min: 40.54 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.259→46.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.259→2.29 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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