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- PDB-4qc6: Crystal structure of aminoglycoside 6'-acetyltransferase-Ie -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qc6
タイトルCrystal structure of aminoglycoside 6'-acetyltransferase-Ie
要素Bifunctional AAC/APH
キーワードtransferase/antibiotic / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / GNAT family / acetyltransferase / acetylcoenzyme-A / aminoglycoside (アミノグリコシド系抗生物質) / transferase (転移酵素) / transferase-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoglycoside 2''-phosphotransferase / N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / kinase activity / response to antibiotic / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / Protein kinase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-30N / ギ酸 / KANAMYCIN A / Bifunctional AAC/APH
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus warneri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Smith, C.A. / Toth, M. / Weiss, T.M. / Frase, H. / Vakulenko, S.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the bifunctional aminoglycoside-resistance enzyme AAC(6')-Ie-APH(2'')-Ia revealed by crystallographic and small-angle X-ray scattering analysis.
著者: Smith, C.A. / Toth, M. / Weiss, T.M. / Frase, H. / Vakulenko, S.B.
履歴
登録2014年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional AAC/APH
B: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,27011
ポリマ－43,4712
非ポリマー2,7989
水12,701705
1
A: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1125
ポリマ－21,7361
非ポリマー1,3764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bifunctional AAC/APH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1586
ポリマ－21,7361
非ポリマー1,4225
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.830, 89.720, 96.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional AAC/APH / 6'-aminoglycoside N-acetyltransferase / AAC(6') / 2''-aminoglycoside phosphotransferase / APH(2'')


分子量: 21735.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus warneri (バクテリア)
遺伝子: aacA-aphD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7ATH7, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; ...参照: UniProt: Q7ATH7, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物 ChemComp-KAN / KANAMYCIN A / カナマイシン / Kanamycin A


分子量: 484.499 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36N4O11 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-30N / (3R,5S,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3,5-diphosphaheptadecane-17-sulfinic acid 3,5-dioxide (non-preferred name)


分子量: 799.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O18P3S
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 705 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: unbuffered 0.2 M ammonium formate, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→19.941 Å / Num. all: 112448 / Num. obs: 112448 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 87.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→19.941 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1661 5671 5.04 %random 5%
Rwork0.1466 ---
all0.1476 112422 --
obs0.1476 112422 98.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→19.941 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3068 0 181 705 3954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063541
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2924838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9881445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006594
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.31480.25791520.2092927X-RAY DIFFRACTION82
1.3148-1.33020.2421630.19463380X-RAY DIFFRACTION94
1.3302-1.34650.20621640.18253482X-RAY DIFFRACTION97
1.3465-1.36350.21642030.16783449X-RAY DIFFRACTION98
1.3635-1.38140.18341840.1573539X-RAY DIFFRACTION99
1.3814-1.40040.18431860.15033561X-RAY DIFFRACTION99
1.4004-1.42040.18962010.14223535X-RAY DIFFRACTION100
1.4204-1.44150.161840.13483532X-RAY DIFFRACTION100
1.4415-1.46410.16322000.13573598X-RAY DIFFRACTION100
1.4641-1.48810.16551800.12843556X-RAY DIFFRACTION100
1.4881-1.51370.16031900.12243598X-RAY DIFFRACTION100
1.5137-1.54120.16251740.11573554X-RAY DIFFRACTION100
1.5412-1.57090.14172030.11683572X-RAY DIFFRACTION100
1.5709-1.60290.16171990.12123572X-RAY DIFFRACTION100
1.6029-1.63780.17782020.12143533X-RAY DIFFRACTION100
1.6378-1.67580.15161820.12143614X-RAY DIFFRACTION100
1.6758-1.71770.16341840.12323573X-RAY DIFFRACTION100
1.7177-1.76410.16841920.13193616X-RAY DIFFRACTION100
1.7641-1.8160.171980.13693553X-RAY DIFFRACTION100
1.816-1.87460.16691980.14243580X-RAY DIFFRACTION100
1.8746-1.94150.15762090.14363579X-RAY DIFFRACTION100
1.9415-2.01920.16361840.1383601X-RAY DIFFRACTION100
2.0192-2.1110.15491810.13873620X-RAY DIFFRACTION100
2.111-2.22220.14852050.14213592X-RAY DIFFRACTION100
2.2222-2.36120.1731830.14993602X-RAY DIFFRACTION100
2.3612-2.54310.1891860.16293639X-RAY DIFFRACTION100
2.5431-2.79850.1661960.16453631X-RAY DIFFRACTION100
2.7985-3.2020.16761970.16023642X-RAY DIFFRACTION100
3.202-4.02870.17351970.14833691X-RAY DIFFRACTION99
4.0287-19.94370.14231940.14953830X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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