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- PDB-4qbu: Structure of the Acyl Transferase domain of ZmaA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qbu
タイトルStructure of the Acyl Transferase domain of ZmaA
要素ZmaA
キーワードTRANSFERASE / acyl transferase / polyketide synthase / acyl carrier protein
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3290 / : / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / CurL-like, PKS C-terminal / Condensation domain / Condensation domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain ...Alpha-Beta Plaits - #3290 / : / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / CurL-like, PKS C-terminal / Condensation domain / Condensation domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / : / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / ZmaA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dyer, D.H. / Kevany, B.M. / Thomas, M.G. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: A Polyketide Synthase Acyltransferase Domain Structure Suggests a Recognition Mechanism for Its Hydroxymalonyl-Acyl Carrier Protein Substrate.
著者: Park, H. / Kevany, B.M. / Dyer, D.H. / Thomas, M.G. / Forest, K.T.
履歴
登録2014年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZmaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9052
ポリマ－50,8591
非ポリマー461
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.915, 74.250, 124.728
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ZmaA


分子量: 50858.871 Da / 分子数: 1 / 断片: acyl transferase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: UW85 / 遺伝子: zmaA / プラスミド: pET-30a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: C0JRE5
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: mother liquor 200 mM MgCl2, 20% PEG 4000, 800 mM sodium formate, 100 mM BisTris; drops equal volume 7 mg/ml protein and mother liquor, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月6日
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→25 Å / Num. all: 54447 / Num. obs: 54382 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2669 / Rsym value: 0.363 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Auto-Rickshaw位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換
開始モデル: 2QO3

2qo3


解像度: 1.7→24.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.618 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20046 2478 5.1 %RANDOM
Rwork0.17108 ---
all0.17257 46364 --
obs0.17257 46276 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.131 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3---0.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.1 Å0.104 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3515 0 3 276 3794
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193635
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7061.9584928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3825450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.69324.134179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.95415653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7431526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0491.1351758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5811.6982198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6741.4431877
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.56110.8065787
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 171 -
Rwork0.195 3387 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7434-0.47060.37212.0014-0.81492.6117-0.1194-0.0563-0.03330.19940.11970.0925-0.0875-0.2127-0.00020.04060.00410.00760.0539-0.01250.05937.68410.489545.0723
21.1693-0.021-0.17981.5042-0.36861.5366-0.03840.0324-0.11220.11590.0470.11620.1085-0.1256-0.00860.0628-0.00760.00640.0502-0.00010.07126.2788-2.110245.7119
31.7576-0.0878-0.46951.263-0.26141.81360.10470.32710.0458-0.11110.01770.13370.0369-0.2902-0.12240.01610.0117-0.01070.08520.02170.019813.72637.381516.5718
40.1065-0.1070.00920.3772-0.10370.24160.01380.03780.0105-0.08830.00520.0212-0.021-0.0216-0.0190.054-0.0018-0.01180.0567-0.00040.076627.20763.741410.9263
52.5446-1.0887-0.95892.93391.0082.5220.06120.3485-0.0749-0.1602-0.0842-0.15280.0030.03170.0230.05130.00070.01410.07340.00420.066738.2922-14.29775.5023
63.1563-1.3415-0.57245.3099-2.03724.42120.05660.2087-0.0163-0.1846-0.04910.11980.0838-0.1849-0.00750.0696-0.0089-0.03230.0956-0.01030.043930.317-19.42542.9129
71.772-0.9070.5434.20882.42454.81860.09330.203-0.1809-0.2196-0.05950.02750.18850.1625-0.03380.0788-0.01350.01040.0756-0.00210.080132.87468.0062.4118
80.9897-0.0617-0.26232.1536-0.64691.4361-0.00770.03440.0630.0184-0.0397-0.2421-0.02860.08210.04740.0222-0.0045-0.010.06240.00640.098536.64523.900118.9535
92.2517-0.97850.05272.55680.38111.4991-0.0829-0.0187-0.32020.06930.03080.07770.192-0.05120.05220.0449-0.01-0.00090.02430.01630.085124.602-8.802727.6641
100.8083-0.222-0.57630.85560.01461.71440.00340.0864-0.04810.03770.00670.10880.0362-0.1458-0.01010.035-0.0118-0.00740.05890.0070.072810.17323.18634.6191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2A28 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3A91 - 186
4X-RAY DIFFRACTION4A187 - 236
5X-RAY DIFFRACTION5A237 - 267
6X-RAY DIFFRACTION6A268 - 296
7X-RAY DIFFRACTION7A297 - 317
8X-RAY DIFFRACTION8A318 - 365
9X-RAY DIFFRACTION9A366 - 394
10X-RAY DIFFRACTION10A395 - 443

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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